An effective deuterium exchange method for a neutron structure analysis by use of unfolding-refolding processes. Akiko Kita and Yukio Morimoto

---

Poster Titles submitted to ISDSB2016 

発表総数

  30 の内 6 件（#1, #4, #5, #10, #14, #23）が日本からの参加者によるもの 

 

1)

 

An effective deuterium exchange method for a neutron structure analysis 

by use of unfolding-refolding processes. Akiko Kita and Yukio Morimoto 

(Research Reactor Institute, Kyoto University). 

2)

 

Flanking Mismatches Alter the Structure and Function of the APE1/DNA 

Complex. AM Whitaker, MS Fairlamb and BD Freduenthal. 

3)

 

Developing semi-synthetic composite materials for investigating cellulose 

and matrix polymer interactions during pretreatment. Riddhi Shah, 

Hugh O’Neill, Daisuke Sawada, Sai Venkatesh Pingali, Loukas Petridis, 

Volker Urban, Paul Langan, Arthur J. Ragauskas, Jeremy C Smith. 

4)

 

TRAIL-R 2 Superoligomerization Induced by Human Monoclonal 

Agonistic Antibody KMTR2. Taro Tamada, Daisuke Shinmi, Masahiro 

Ikeda, Eiji Mori, Kazuhiro Motoki. 

5)

 

High-resolution crystal structures of the hemi-binding domain of porcine 

cytochrome b

5. 

Yu Hirano, Shigenobu Kimura, Taro Tamada, Tokai 

Quant. Beam Sci. Cent., QST 

2

Fac. Of Engin, Ibaraki Univ. 

6)

 

Structural determination of DNA polymerase complex from 

Nanoarchaeum equitans using segmental labelling and small-angle 

scattering techniques. Qiu Zhang, Ryan C, Oliver, Sai Venkatesh Pingali, 

Leighton Coates, Hugh O’Neill, and Volker Urban. 

7)

 

Understanding Trichoderma reesiCel7A Mechanism of Cellulose 

Depolymerization Through Crystallography. Annette Bodenheimer, Flora 

Meilleur. 

8)

 

Joint X-ray/Neutron Structures of the Helicobacter pylori 

5’-methylthioadenosine Nucleosidase Describe Proton Sharing and 

Protonation States. Michael T. Banco, Vidhi Mishra, Andreas Ostermann, 

Tobias E. Schrader, Gary B. Evans, Andrey Y. Kovalevsky, and Donald R. 

Ronning. 

9)

 

DFT/MM Simulations of the L-arabinose-Xylose Isonerase Complex with 

MG

2+

 and Cd

2+

. Troy Wymore, Jerry M. Parks, Jeremy C. Smith, Paul 

Langan, and Andrey Kovalevsky. 

10)

 

Neutron diffractometer for protein crystallography covering crystals with 

large unit cell volume at J-PARC. Kazuo Kurihara, Katsuaki Tomoyori, 

Yu Hirano, Taro Tamada. 

---

11)

 

SANS Study of Moisture-Induced Changes in Chemically Treated Wood 

Cell Walls. Nayomi Plaza, Charles Frihart, Dan Yelle, Chris Hunt, Don 

Stone, Sai Venkatesh Pingali, Joseph E. Jakes. 

12)

 

Tension wood provides insight into structural changes in biomass 

resulting from chemical pretreatment. Sai Venkatesh Pingali, Daisuke 

Sawada, Udaya Kalluri, Hugh O’Neill, Volker Urban, Paul Langan, and 

Brian H. Davison. 

13)

 

Highly resistant HIV-1 proteases and strategies for their inhibition. 

Andres Wong-Sam, Daniel W. Kneller, and Irene T. Weber. 

14)

 

Application of profile fitting method to neutron time-of-flight protein 

single crystal diffraction data collected at the IBiX. Naomine Yano, Taro 

Yamada, Takaaki Hosoya, Takashi Ohhara, Ichiro Tanaka, Katsuhiro 

Kusaka. 

15)

 

New Capabilities at the Oak Ridge National Lab Center for Structural 

Molecular Biology. Ryan C. Oliver, Volker Urban, Sai Venkatesh Pingali, 

Shuo Qian, Hugh O’Neill, Kevin L. Weiss, Qiu Zhang, Paul Langan. 

16)

 

Visualizing the Bohr effect in hemoglobin: neutron structure of equine 

cyanomet-hemoglobin in the R-state and comparison with human 

deoxy-hemoglobin in the T-state. Steven Dajnowicz, Sean Seaver, Leif 

Hanson, S. Zoe Fisher, Paul Langan, Andrey Kovalevsky, Timothy 

Mueser. 

17)

 

A Structural, Computational, and Inhibitory Study of 

Mycobacterium 

tuberculosis Ag85C Covalently Modified by Ebselen Derivatives. 

Christopher M. Goins, Sandeep Thanna, Steven Dajnowicz, Steven J. 

Sucheck, Donald R. Ronning. 

18)

 

Inhibitor development against aspartate semialdehyde dehydrogenase: 

X-ray crystallography, docking and molecular dynamics approaches. 

Gopal P. Dahal and Ronald E. Viola. 

19)

 

GlgE: the addition of maltose to an a-glucan through an S

N

1 mechanism. 

Cecile Petit, Jared Lindenberger, Sandeep Thanna, Sri Kamar Veleti, 

Steven J. Sucheck, and Donald Ronning. 

20)

 

Mutation of putative nucleophile Glu303 has a differential effect on 

kinetics and structure of the human ABO(H) blood group 

glycosyltransferases GTA and GTB. Susannah M.L. Gagnon, Ryan J. 

Blacker, Robert Polakowski, Natisha Rose, Ruixiang Zheng, James A. 

Letts, Asha Johal, Brock Schuman, Svetlana N. Borisova, Monica M. 

Palcic, Stephen V. Evans. 

---

21)

 

Increasing terpene content in foliage of Eucalyptus for specialty biofuels. 

Aparna Annamraju, Durgesh K. Rai, Ritesh Mewalal, Lee E Gunter, Paul 

E Abraham, Sai Venkatesh Pingali, Hugh O’Neill, Nancy L Engle, 

Timothy J Tschplanski and Gerald A Tuskan. 

22)

 

In-Vivo Probing Lateral Organization of Lipid Membranes using SANS. S. 

Chatterjee, J. Nickels, J. Katsaras, R. F. Standaert, D. A. A. Myles, and J. 

G. Elkins. 

23)

 

Analysis of the Catalytic Mechanism of Copper Amine Oxidase from 

Arthrobacter Globiformis. Hiroshi Yamaguchi, Takeshi Murakawa, 

Misumi Kataoka, Yoshiaki Kawano, Hideyuki Hayashi, Katsuyuki 

Tanizawa, and Toshihide Okajima. 

24)

 

Neutron Crystallographic Studies of HIV-1 Protease: Drug Binding, Drug 

Resistance, and Proton Transfer.   Andrey Kovalevsky, Oksana Gerlits, 

Troy Wymore, Amit Das, Chen-Hsian Shen, Jerry M. Parks, Jeremy C. 

Smith, Kevin Weiss, David A. Keen, Matthew P. Blakeley, John M. Louis, 

Paul Langan, and Irene Weber. 

25)

 

Neutron Diffraction Studies of a HAD Superfamily Model Enzyme, 

KDN9DD.   Katherine H. O'Toole, Tyrel Bryan, Daniel Saltzberg, Andrey 

Kovalevsky, Debra Dunaway-Mariano, Karen N. Allen.  

26)

 

Making an Aquaporin Water-tight:   The Structural Basis of Selectivity of 

Plant Nodulin 26-Intrinsic Proteins.   Zach Beamer, Tian Li, Andrey 

Kovalevsky, and Daniel M. Roberts. 

27)

 

Crystallographic Studies of Human Acetylcholinesterase Reactivation by 

Oximes. Oksana Gerlits, Mikolai Fajer, Xiaolin Cheng, Donald 

Blumenthal, Palmer Taylor, Zoran Radic, and Andrey Kovalevsky.  

28)

 

Protonation States and pK

a

s in Xylanase II, Combining Neutron 

Crystallography and Molecular Simulation.   Jerry M. Parks, Qun Wan, 

B. Leif Hanson, Suzanne Zoe Fisher, Andreas Ostermann, Tobias E. 

Schrader, David E. Graham, Leighton Coates, Paul Langan, and Andrey 

Kovalevsky. 

29)

 

Structural and Dynamical Insights into Substrate Recognition by 

Maltose-binding Proteins in 

Thermotoga Maritima.   Shantanu Shukla, 

Caeley A. Gullett, Khushboo Bafna, Pratul K. Agarwal, Dean A. A. Myles, 

and Mathew J. Cuneo. 

30)

 

Investigating the Multiple Functions of Dehaloperoxidase Through 

Ligand Binding and H-bonding Networks: An X-ray and Neutron 

Crystallographic Study.   Leiah M. Carey, Flora Meilleur, Dean A. A. 

Myles, Reza A. Ghiladi.