BAKTERIYA VA BIR HUJAYRALI EUKARIOT GENOMLARI
TUZILISHINING BIR -BIRIDAN FARQ QILUVCHI XUSUSIYATLARI
Reja:
1.
BAKTERIYA VA BIR HUJAYRALI EUKARIOT GENOMLARI
2.
TUZILISHINING BIR -BIRIDAN FARQ QILUVCHI XUSUSIYATLARI
Prokariotik genomlarga mustaqil genlar va operonlar kiradi. Mustaqil genlar
qo'shni genlardan kodlanmagan qismlar (speyserlar) tomonidan ajratilgan, ular
odatda transkripsiya qilinmaydi. Mustaqil genlardan farqli o'laroq, operon umumiy
tartibga solish tizimiga ega bo'lgan, tuzilma genlar guruhidir. Ushbu genlar har
qanday biokimyoviy jarayonning izchil bosqichlarini amalga oshirishda ishtirok
etadi. Dastlab, operonning modeli 1960 yilda frantsuz biokimyogarlari F. Jakob va
J. Mono tomonidan laktozani bijg’ishi jarayoni misolida ishlab chiqilgan. Laktoza
operonining kompleksiga sut shakarini fermentatsiyalash jarayonida ishtirok
etadigan uchta fermentni kodlovchi uchta tarkibiy gen (Z, Y, A) kiradi. Asosiy
ferment β-galaktozidaza. Operonni boshqarish tizimi promotor, operator va gen-
regulyatorni o'z ichiga oladi. Eukaryotik genomning axborot makromolekulasi bu
DNK bo'lib, u bir nechta xromosomalarga ko'p sonli oqsillar bilan komplekslar
shaklida notekis taqsimlangan.
Prokaryotik va eukaryotik genomning o'rtasidagi faoliyati bilan taqqoslaganda
genlar ta'sirini boshqarishining ko'p bosqichli tabiati sezilarli farq bo’lib
hisoblanadi. Prokaryotlarda faqat bitta uslubda boshqarish mumkin - operon
tizimidan foydalangan holda transkripsiya darajasida. Eukaryotlarda, genlarning
uzluksiz tuzilishi tufayli, ushbu boshqarish turiga posttranskriptiv (splaysing,
modifikatsiya) boshqarish va translyatsiya darajasida (translyatsiya noaniqligi)
qo'shiladi. Bundan tashqari, xromosomalarda gistonlar mavjudligi DNKning
strukturaviy o'zgarishi mexanizmi yordamida xromosoma hududlarini faol
(euxromatik) holatdan faol (geteroxromatik) holatga o'tkazish orqali genlarning
ta'sirini guruhli nazorat qilish imkonini beradi. Bunday o'zgarishlar ba'zan butun
xromosomalarga va hatto butun genomga ta'sir qiladi. Eukaryotlardagi
genlarning boshqarishilishi aksariyati RNK polimeraza genga bog'langanida sodir
bo’ladi - transkripsiyaning boshlanishi. Prokaryotik hujayralar singari eukaryotik
hujayralar boshqarish genlarga ega. Ammo eukaryotik boshqarislish genlari
ko'proq oqsillarni o'z ichiga oladi va o'zaro ta'siri yanada murakkabroqdir.
Prokaryotlarning molekulyar tashkil etilishining asosiy xususiyati ularning
hujayralarida (yoki virionlarlarda - virus zarralari, viruslar bo’lsa) sitoplazmasida
yadro membranasi bilan o'ralgan yadro yo'qligi. Yadro yo'qligi - bu prokaryotlarda
genomning maxsus tashkil etilishining tashqi ko'rinishidir, bu esa eukaryotik
organizmlarda tubdan farq qiladi. Eukaryotlardan farqli o'laroq, prokaryotik genom
juda ixcham tarzda qurilgan. Kodlanmaydigan nukleotidlar soni minimal, intronlar
kam. Bundan tashqari, prokaryotlarda bir xil genli nukleotidlar ketma-ketligining
ikki yoki hamma uchta qayd etish chegarasida oqsillarni kodlash uchun ishlatiladi,
bu ularning hajmini ko'paytirmasdan ularning genomlarini kodlash potentsialini
oshiradi. Prokaryotlarda eukaryotlarda ishlatiladigan gen ekspressiyasini
boshqarishning ko'plab mexanizmlari hech qachon topilmaydi. Bu, eukaryotik
hujayralarning
hujayra
ichidagi parazitlari sifatida,
o'zlarining genetik
potentsialining zaruriy qismini o'z ehtiyojlari uchun ishlatadigan hayvonlar va
o'simliklarning viruslariga taalluqli emas. Shunday qilib, prokaryotik genom
tuzilishining soddaligi, birinchi navbatda, ularning soddalashtirilgan hayot sikli
bilan namoyon bo’ladi, bu davrda prokaryotik hujayralar, qoida tariqasida,
eukaryotlarning ontogenetik rivojlanishida sodir bo'ladigan, ba'zi bir guruh
genlaridan boshqalarga global miqyoda almashtirishlari yoki ularning ifoda
darajalarining nozik o'zgarishi bilan bog'liq emas.
H. Frenkel-Konratning so'zlariga ko'ra, "viruslar bir yoki bir nechta DNK yoki
RNK molekulalaridan tashkil topgan zarrachalar bo'lib, odatda (lekin har doim
ham emas) oqsil qobig’i bilan o'ralgan; viruslar o'zlarining nuklein kislotalarini
bitta ho’jayin xujayradan boshqasiga o'tkazib, undan foydalanishlari mumkin va
hujayra ichidagi replikatsiyani amalga oshiradigan fermentativ uskuna, ho’jayin
xujayrasi ma'lumotlariga o'z ma'lumotlarini qo'shish orqali, ba'zan viruslar
o'zlarining genomlarini teskari ravishda
ho’jayin genomlariga kiritishi
(integratsiya) mumkin va keyin ular "yashirin mavjudlik" ga olib keladi, yoki
qandaydir tarzda ho’jayin hujayraning xususiyatlarini o'zgartiradi "2.
Viruslar hujayra ichidagi parazitlar bo'lib, ko'payish uchun ho’jayin hujayraning
oqsil sintez qiluvchi apparatlaridan foydalanadilar. Virusning hayot aylanishi
hujayraga kirib borishdan boshlanadi. Buning uchun u uning yuzasidagi maxsus
retseptorlari bilan bog'lanadi yoki hujayraga nuklein kislotasini yuboradi, virion
oqsillarini uning yuzasida qoldiradi yoki endotsitoz natijasida butunlay kirib
boradi. Oxirida virus hujayra ichiga kirgandan keyin uni yechish kerak - membrana
oqsillaridan genomik nuklein kislotalarning chiqishi, bu esa hujayrani ferment
tizimlariga virusning gen ifodasini ta’minlaydigan virus genomini ochib beradi .
Virus hujayraga kirgandan so'ng, uning ko'payishi sodir bo'lishi mumkin,
ko'pincha hujayraning o'zi (virusning rivojlanish yo'li) nobud bo'lishi bilan
xarakterlanadi. Bundan tashqari, virus uzoq vaqt davomida o'zini namoyon
qilmasdan (latent infektsiya) hujayraning ichida mavjud bo'lishi mumkin. Bunday
holda, uning genomi ho’jayin hujayraning genomiga qo'shilib, u bilan ko'payadi
yoki xromosomadan tashqari holatda bo'ladi. Virusli genomli nuklein kislotasi
hujayraga kirgandan so'ng, unda mavjud bo'lgan irsiy ma'lumotlar ho’jayin genetik
tizimlar tomonidan dekodlanishi va virus zarralarining tarkibiy qismlarini sintez
qilish uchun ishlatilishi kerak. Viruslar ko'payish uchun asosan ho’jayin
xujayraning ferment tizimlaridan foydalanganligi sababli, ularning genomlari
nisbatan kichik o'lchamlar bilan ajralib turadi va virionlarning tarkibiy oqsillarini,
shuningdek viruslarning ko'payishi ehtiyojlari uchun hujayra metabolizmini
tartibga soluvchi oqsil va fermentlarni kodlaydi, bu viruslarni ko'paytirish
jarayonini iloji boricha samarali qiladi. Virionlar ichiga o'ralgan virusli genom
bitta zanjirli yoki ikki zanjirli DNK yoki RNK bilan ifodalanishi mumkin. Bundan
tashqari, barcha virusli genlar bir xil xromosomada joylashishi yoki bir nechta
bloklarga (xromosomalarga) bo'linishi mumkin, ular birgalikda bunday
viruslarning genomini tashkil qiladi. Masalan, retroviruslarda genom ikki zanjirli
RNK bilan ifodalangan va o'nta segmentdan iborat. Bir zanjirli RNKni o'z ichiga
olgan viruslarning genomlari ham yaxlit bo'lishi mumkin (masalan, retroviruslar)
yoki segmentlangan (masalan, ortomiksoviruslar yoki adenaviruslar). RNK o'z
ichiga olgan viruslarning genomlari faqat chiziqli RNK molekulalari bilan
ifodalanadi. DNKni o'z ichiga olgan barcha ma'lum umurtqali viruslar bitta
xromosomaga, chiziqli yoki dumaloq, bitta yoki juft tarmoqli o'ralgan genomga
ega. Ba'zi viruslarda, masalan, gepatit B virusi, genom halqa shaklida yopiq holda
yopilgan ikki zanjirli DNK molekulasi bo'lib, ikkala zanjirda bitta zanjirli
mintaqalar turli joylarda joylashgan. Bir necha avlodlarda, masalan, adeno bilan
bog'liq viruslar, turli xil virus zarrachalarida DNK to'ldiruvchi qo'shimcha
elementlar mavjud.
Elektron mikroskop yordamida yengil sharoitda bakterial hujayralarni dastlabki
kimyoviy fiksatsiyasiz o'rganish shuni ko'rsatdiki, nukleoidlar ribosomalardan xoli
bo'lgan rangli diffusion joylashgan. Bunday holda, nukleoidlarning tashqi
qismidagi DNKning cho'zilgan bo'laklari atrofdagi sitoplazma tomon yo'naltiriladi.
Maxsus antitanalar yordamida RNK polimeraza, DNK topoizomeraza I va gistonga
o'xshash HU oqsillarining molekulalari nukleoidlar bilan bog'langanligi aniqlandi.
DNKning nukleoid atrofidagi bo'shliqlari odatda transkripsiyada ishtirok etadigan
bakterial xromosoma segmentlari sifatida talqin etiladi. Ushbu saytlar hujayraning
fiziologik holatiga qarab, transkripsiya holatida bo'lgan yoki transkripsiya
bostirilganida nukleoid ichiga tushadigan bakterial xromosomaning DNK
zanjirlaridan iborat deb yuritiladi. A. Reiter va A. Changning fikriga ko'ra, elektron
mikroskop ostida ko'rinadigan nukleoidlar yuzasining loyqa tuzilishi faol
transkriptlangan DNK halqalarining harakatchan holatini aks ettiradi. Bakterial
hujayralarning turli o'sish fazalarida nukleoid doimiy ravishda shaklini o'zgartiradi
va bu ma'lum bakterial genlarning transkripsiya faoliyati bilan bog'liqdir.
Eukaryotik
xromosomalarda
bo'lgani
kabi,
nukleoid
DNK
bakterial
xromosomalarning ishlashiga va ularning hujayra ichidagi siqilishiga katta ta'sir
ko'rsatadigan ko'plab DNKni bog'laydigan oqsillar, xususan, histonga o'xshash
HU, H-NS va IHF oqsillari bilan birlashadi. Biroq, bakterial DNKning labiyali
"kompaktosomalar" paydo bo'lishi (molekulyar mexanizmlarning barqaror turg'un
nukleosomalariga o'xshashligi) hali ham noma'lum. So'nggi paytlarda protein
tarkibiy qismi nisbatan past bo'lganligi bilan ajralib turadigan LP-xromatin (kam
proteinli xromatin) bakteriyalariga qiziqish ortib bormoqda. Shunga o'xshash LP
xromatin
viruslarda,
mitoxondriyada,
plastidlarda
va
dinoflagellatlarda
(flagellatlar) uchraydi. Shuning uchun, genetik materialning bunday strukturaviy
tashkiloti universal deb ta’kidlanadi va prokaryotik organizmlarga xos bo'lgan gen
ekspressiyasini tartibga solishning ma'lum shakllari bilan bog'liq. Bir hujayrali
organizm bo'lgan bakteriya E. coli xromosomasi 4,6 × 106 nukleotid juftligi
bo'lgan bitta dumaloq DNK molekulasidan iborat. Ushbu DNK taxminan 4,300
oqsilni kodlaydi, ammo bu oqsillarning faqat bir qismi hujayrada ma'lum bir
vaqtda sintezlanadi. [1], [13].
Archaebakteriyalar jamiyati - bu prokaryotlarning o'ziga xos va kam o'rganilgan
taksonomik guruhidir. Arxeabakteriyalar ularning morfologiyasida odatiy
eubakteriyalarga o'xshash bo'lishiga qaramay, molekulyar darajada ular
eukariotlarga yaqin. Ushbu mikroorganizmlar ko'pincha
eukaryotlarning
prokaryotik
evolyutsion
ajdodlari
deb
hisoblanadi,
shuning
uchun
arxaebakteriyalar genomining tuzilishini batafsil ko'rib chiqish o'rinli bo'ladi.
Archaebacterium Methanococcus jannaschii, birinchi genom tuzilishi 1996 yilda
aniqlangan, dengizning issiq, chuqur dengiz manbalarida topilgan. M. jannaschii
genomi asosiy halqa xromosomasi va o'lchamlari mos ravishda 1700, 58 va 16 kb
bo'lgan ikkita kichik xromosomadan tashqari elementlardan iborat. Shunga
o'xshash genom o'lchamlari arxeo va eubakteriyalar uchun xosdir. Shunisi qiziqki,
ushbu ta’rif qilingan termofilning DNKidagi GC tarkibi past va atigi 31% ni
tashkil qiladi. Genom ixcham tarzda tashkil qilingan: DNKning kodlashning 1700
potentsial hududlari aniqlandi, har 1000 j.n.ga bittadan M. jannaschii-ning ko'pgina
DNK joylari allaqachon ma'lum ketma-ketliklar bilan gomologiyani ko'rsatmaydi.
Shunday qilib, M. Jannaschii boshqa prokaryotlar va eukaryotlardan o'ziga xos
bo'lgan ko'plab genlar va funktsiyalar to'plamida farq qiladi. M. jannaschii genom
tuzilishini tahlil qilish shuni ko'rsatdiki, genetik ma'lumotni qayta ishlash
tizimlarini tashkil etuvchi genlar - transkripsiya, translyatsiya va DNK
replikatsiyasi bakteriyalarga qaraganda eukaryotik genlarni ko'proq eslatadi. Shu
bilan birga, translyatsiya tizimining genlari prokaryotlar, eukaryotlar va
arxaebakteriyalarda eng konservativ (eng katta gomologiyaga ega) bo'lib chiqdi.
Ulardan, rRNA genlari, shuningdek ba'zi ribosomal oqsillarning genlari
universaldir. M. Jannaschiining o'ziga xos ribosomal oqsillari eukaryotlarda
gomologga ega, ammo eubakteriyalarda emas. Ushbu arxaebakteriyadagi ma’lum
translyatsiya omillarining aksariyati ham eukaryotik turga mansub bo'lgan. Xuddi
shu narsa, ozroq bo'lsa-da, aminokislotali tRNK sintezlariga taalluqlidir.
Transkripsiya tizimining genlarini qiyosiy tahlil qilish natijasida, M. jannaschii va
eubakteriyalar RNK polimerazalari minimal fermentni tashkil etuvchi sub'ektlar
orasida
gomologiyani
ko'rsatganligi
aniqlandi,
ammo
arxebakteriyada
eubakteriyalarga xos bo'lmagan kichik qo'shimcha qismlar mavjud va ularning
gomologlari eukaryotik RNK polimerazalarida bo'ladi. M. jannaschii asosiy
transkripsiya omillaridan faqat ikkitasi eukaryotlarga xosdir va bir yoki ikkita omil
tegishli eukaryotik omillarning "odatiy" shakllari deb hisoblanadi. M. jannaschii
genomini DNK polimerazasini kodlovchi Eukaryotik DNK polimerazasiga
o'xshash bittagina gen topildi. Eubakteriyalarda DNKni ko'paytiradigan DNK
polimeraza Pol III, M. jannaschii-da gomologga ega emas. Boshqa arxeakteriya
oqsillari, shuningdek, eukaryotik oqsillar bilan yuqori gomologiyani ko'rsatadi:
gistonlar,
hujayralar
bo'linishini
boshqaruvchi
oqsillar,
proteasomalar,
translyatsiyani uzaytirish omillari va rekonstruksiya va transport tizimlarining
oqsillari M. jannaschii uchun, shuningdek, eubakteriyalar uchun, operonlar
shaklida genlarning tashkil etilishi xarakterlidir. Biroq, birinchi holda, operonlar
kamdan-kam uchraydi va deyarli har doim protein komplekslarining subbirlik
genlarini birlashtiradi, masalan, RNK polimeraza, ribosomalar yoki metil koenzim
M reduktaza. Shu bilan birga, ketma-ket metabolik reaktsiyalarni boshqarish
printsipiga muvofiq birlashtirilgan genlarni o'z ichiga olgan operonlar juda kam
uchraydi. M. jannaschida bunday genlarni tasodifiy ravishda genomga taqsimlash
mumkin. Shunday qilib, arxaebakteriyalar maxsus jamiyatni tashkil etishiga va bir
qator genetik xususiyatlariga ko'ra eukaryotlarga yaqinlashishiga qaramay,
ularning genomlari hajmi va asosiy genlar to'plami mustaqil tirik bakteriyalarga
xos bo'lib qolmoqda. [2], [4].
Prokaryotlardan farqli o'laroq, eukaryotik genomning asosiy qismi yadro deb
ataladigan maxsus hujayra tarkibiy qismida (organella) joylashgan bo'lib, ancha
kichik qismi mitoxondriyalarda, xloroplastlarda va boshqa plastidalarda
joylashgan.
Prokaryotlar
singari,
eukaryotik
genomning
ma'lumotli
makromolekulasi DNK bo'lib, u bir nechta xromosoma bo'ylab ko'p sonli
oqsillarga ega komplekslar shaklida taqsimlanmagan. Ushbu eukaryotlarning
DNK-oqsil komplekslariga xromatin deyiladi. Hujayra sikli davomida xromatin
ketma-ket kondensatsiya - dekondensatsiya ko'rinishida yuqori darajada buyurtma
qilingan strukturaviy o'zgarishlarga uchraydi. Mitoz metafazasida maksimal
kondansatsiyaga ega bo'lgan somatik hujayralarda bu o'zgarishlar mikroskopda
ko'rinadigan metafaza xromosomalarining shakllanishi bilan birga keladi.
Xromosoma eukaryotlar to'plamining tashqi belgilar to'plamiga
Dostları ilə paylaş: |