Curriculum Vitae of Giovanni Parmigiani

[171] Telesca D, Muller P, Parmigiani G, Freedman RS. Modeling dependent gene expression. The

Annals of Applied Statistics 6; 542–60 2012.

[172] Ding J, Trippa L, Zhong X, Parmigiani G. Hierarchical bayesian analysis of somatic mutation data

in cancer. Annals of Applied Statistics 7(2); 883–903 2013.

[173] Mazzola E, Cheng SC, Parmigiani G.

The penetrance of ductal carcinoma in situ among BRCA1

and BRCA2 mutation carriers.

Breast Cancer Res Treat 137; 315–318 Jan 2013.

PMCID:

PMC3836600.

[174] Thompson JR, G¨

ogele M, Weichenberger CX, Modenese M, Attia J, Barrett JH, Boehnke M,

Grandi AD, Domingues FS, Hicks AA, Marroni F, Pattaro C, Ruggeri F, Borsani G, Casari G,

Parmigiani G, Pastore A, Pfeufer A, Schwienbacher C, Taliun D, Consortium C, Fox CS, Pram-

staller PP, Minelli C.

SNP prioritization using a bayesian probability of association.

Genet Epi-

demiol 37; 214–221 Feb 2013. PMCID: PMC3725584.

[175] Minelli C, Grandi AD, Weichenberger CX, Ggele M, Modenese M, Attia J, Barrett JH, Boehnke M,

Borsani G, Casari G, Fox CS, Freina T, Hicks AA, Marroni F, Parmigiani G, Pastore A, Pattaro C,

Pfeufer A, Ruggeri F, Schwienbacher C, Taliun D, Pramstaller PP, Domingues FS, Thompson JR.

Importance of different types of prior knowledge in selecting genome-wide findings for follow-up.

Genet Epidemiol 37; 205–213 Feb 2013. PMCID: PMC3725558.

[176] Tomasetti C, Vogelstein B, Parmigiani G.

Half or more of the somatic mutations in cancers

of self-renewing tissues originate prior to tumor initiation.

Proc Natl Acad Sci U S A 110(6);

1999–2004 Jan 2013. PMCID: PMC3568331.

[177] Trippa L, Lee EQ, Wen PY, Batchelor TT, Cloughesy T, Parmigiani G, Alexander BM. Reply to

B. Freidlin et al. J Clin Oncol 31; 970–971 Mar 2013.

[178] Ganzfried BF, Riester M, Haibe-Kains B, Risch T, Tyekucheva S, Jazic I, Wang XV, Ahmadifar

M, Birrer MJ, Parmigiani G, Huttenhower C, Waldron L.

curatedOvarianData: clinically anno-

tated data for the ovarian cancer transcriptome.

Database Oxford 2013; bat013 2013. PMCID:

PMC3625954.

[179] Biswas S, Atienza P, Chipman J, Hughes K, Barrera AMG, Amos CI, Arun B, Parmigiani G.

Simplifying clinical use of the genetic risk prediction model BRCAPRO.

Breast Cancer Res Treat

139; 571–579 Jun 2013. PMCID: PMC3699331.

[180] Chipman J, Drohan B, Blackford A, Parmigiani G, Hughes K, Bosinoff P.

Providing access to

risk prediction tools via the HL7 XML-formatted risk web service.

Breast Cancer Res Treat 140;

187–193 Jun 2013. PMCID: PMC3760685.

[181] Gorfine M, Hsu L, Zucker DM, Parmigiani G.

Calibrated predictions for multivariate competing

risks models.

Lifetime Data Anal 20(2); 234–51 May 2013. PMCID: PMC3884047.

[182] Ahn J, Yuan Y, Parmigiani G, Suraokar MB, Diao L, Wistuba II, Wang W.

DeMix: deconvolution

for mixed cancer transcriptomes using raw measured data.

Bioinformatics Jun 2013. PMCID:

PMC3841439.

[183] Boca SM, Bravo HC, Caffo B, Leek JT, Parmigiani G.

A decision-theory approach to inter-

pretable set analysis for high-dimensional data.

Biometrics 69(3); 614–623 Aug 2013. PMCID:

PMC3927844.

17

---

[184] Gartner JJ, Parker SCJ, Prickett TD, Dutton-Regester K, Stitzel ML, Lin JC, Davis S, Simhadri

VL, Jha S, Katagiri N, Gotea V, Teer JK, Wei X, Morken MA, Bhanot UK, Program NISCCS,

Chen G, Elnitski LL, Davies MA, Gershenwald JE, Carter H, Karchin R, Robinson W, Robinson S,

Rosenberg SA, Collins FS, Parmigiani G, Komar AA, Kimchi-Sarfaty C, Hayward NK, Margulies

EH, Samuels Y.

Whole-genome sequencing identifies a recurrent functional synonymous mutation

in melanoma.

Proc Natl Acad Sci U S A 110; 13481–13486 Aug 2013. PMCID: PMC3746936.

[185] Alexander BM, Wen PY, Trippa L, Reardon DA, Yung WKA, Parmigiani G, Berry DA.

Biomarker-

based adaptive trials for patients with glioblastoma–lessons from I-SPY 2.

Neuro Oncol 15(8);

972–978 Aug 2013. PMCID: PMC3714161.

[186] Parmigiani G, Trippa L. Bayesian nonparametric inference why and how comment. Bayesian Ana

8(2); 346 2013.

[187] Tomasetti C, Demetri GD, Parmigiani G. Why tyrosine kinase inhibitor resistance is common in

advanced gastrointestinal stromal tumors. F1000 Research 2; 152 2013. PMCID: PMC3892920.

[188] Biswas S, Arun B, Parmigiani G.

Reclassification of predictions for uncovering subgroup specific

improvement.

Stat Med 33(11); 1914–27 Dec 2014. PMCID: PMC4008681.

[189] Pal J, Ding J, Kumar S, Hunter Z, Calimeri T, Lin J, Gkotzamanidou M, Parmigiani G, Treon

S, Shammas M, Munshi N. Telomerase contributes to repair of DNA breaks in myeloma cells by

incorporating TTAGGG sequences within genome: Biological and translational significance. Blood

122(21); 1249 2013.

[190] Gorfine M, Hsu L, Parmigiani G. Frailty models for familial risk with application to breast cancer.

J Am Stat Assoc 108; 1205–1215 Dec 2013. PMCID:PMC3963469.

[191] Cope L, Naiman DQ, Parmigiani G. Integrative correlation: properties and relation to canonical

correlations. Journal of Multivariate Analysis 123; 270–280 2014.

[192] Bolli N, Avet-Loiseau H, Wedge DC, Loo PV, Alexandrov LB, Martincorena I, Dawson KJ, Iorio

F, Nik-Zainal S, Bignell GR, Hinton JW, Li Y, Tubio JMC, McLaren S, Meara SO, Butler AP,

Teague JW, Mudie L, Anderson E, Rashid N, Tai YT, Shammas MA, Sperling AS, Fulciniti M,

Richardson PG, Parmigiani G, Magrangeas F, Minvielle S, Moreau P, Attal M, Facon T, Futreal

PA, Anderson KC, Campbell PJ, Munshi NC.

Heterogeneity of genomic evolution and mutational

profiles in multiple myeloma.

Nat Commun 5; 2997 Jan 2014. PMCID: PMC3905727.

[193] Ho YY, Cope LM, Parmigiani G. Modular network construction using eQTL data: an analysis of

computational costs and benefits. Frontiers in Genetics Bioinformatics and Computational Biology

5; 40 2014. PMCID: PMC3935177.

[194] Waldron L, Haibe-Kains B, Culhane AC, Riester M, Ding J, Wang XV, Ahmadifar M, Tyekucheva

S, Bernau C, Risch T, Ganzfried BF, Huttenhower C, Birrer M, Parmigiani G.

Comparative

meta-analysis of prognostic gene signatures for late-stage ovarian cancer.

J Natl Cancer Inst Apr

2014.

[195] Riester M, Wei W, Waldron L, Culhane AC, Trippa L, Oliva E, Kim SH, Michor F, Huttenhower

C, Parmigiani G, Birrer MJ.

Risk prediction for late-stage ovarian cancer by meta-analysis of 1525

patient samples.

J Natl Cancer Inst Apr 2014.

[196] Hammerling D, Cefalu M, Cisewski J, Dominici F, Parmigiani G, Paulson C, Smith RL.

Completing

the results of the 2013 Boston Marathon.

PLoS One 9; e93800 2014. PMCID: PMC3984103.

18

---