Microsoft Word Ksi\271\277ka abstrakt\363w doc

 
 
 
 
 
 
 
XIV
h
 International Conference on Molecular Spectroscopy, Białka Tatrzańska 2017
 
224
T2: P–9 
I nteraction of  HMGB1 and HMGB2 chromosomal proteins 
with DNA in presence of cisplatin 
 
Chikhirzhina Elena
1
, Veronika Travkina
1
, and Polyanichko Alexander
1,2
 
 
1 
Institute of Cytology, Russian Science Academy, 4 Tikhoretsky ave., Saint-Petersburg, 194064, 
Russian Federation, e-mail: [e-mail] 
2 
Saint Petersburg State University, 7/9 Universitetskaya nab., Saint-Petersburg, 199034, 
Russian Federation 
 
 
Cis
-DDP (cisplatin) is a chemotherapeutic agent widely used to treat several types of human 
malignancies.  Biological  activity  of  platinum  coordination  compounds  based  on  the  ability  to 
form stable adducts on DNA. A biochemical and structural analysis of cis-DDP adducts reveals 
major  distortions  of the  DNA  double helix including  bending and  unwinding  and  prohibits  its 
proper functioning in living cell. Some nuclear proteins can recognize the  distortions of DNA. 
Among such proteins, the most interesting are the proteins HMGB1 and HMGB2. Non-histone 
chromosomal  proteins  HMGB1/2  are  the  members  of  a  large  family  of  High  Mobility  Group 
proteins  and  provide  additional  levels  of  structural  and  functional  unity  of  chromatin.  Despite 
the fact that HMGB1/2 present in the cells of all investigated organisms their functions remain 
unclear.  Sometimes  HMGB1/2  are  considered  as  an  architectural  transcription  factor,  because 
they  are  involved  in  formation  of  DNA–protein  complexes  responsible  for  activation  of  gene 
transcription.  The  interest  to  these  proteins  is  also  explained  by  the  fact  that  structural  motifs 
similar to its DNA-binding domains (known as HMGB domains) were found in many regulatory 
proteins; all these motifs were shown to be active in DNA binding. 
 
We  have  studied  the  conformational  changes  of  DNA  upon  the  interaction  with  proteins 
HMGB1 and  HMGB2 in presence  of cis-DDP using UV  Circular Dichroism (CD) and IR/UV 
absorption spectroscopy. It was shown that both HMGB1/2 proteins are able to interact with cis-
DDP,  forming  coordination  complexes  involving  sulfur  atoms  of  amino  acid  residues  in  the 
DNA-binding domains. However, the manner of the interaction of the proteins with cis-DDP is 
different  for  HMGB1  and  2.  We  also  observe  two  different  mechanisms  of  the  interaction  of 
HMGB1 and  HMGB2 with DNA damaged by cisplatin. The interaction HMGB2 show higher 
affinity to DNA/cisplatin adducts compared to HMGB1. We suggest that HMGB2 protein forms 
supramolecular structures with DNA-modified  by platinum (II). Thus, despite the similarity in 
their primary structures, the mechanisms of the interactions of HMGB1 and HMGB2 with DNA 
are different, that might determine the differences in their functioning in the living cell. 
 
Keywords: circular dichroism; FTIR spectroscopy; non-histone chromosomal proteins HMGB1 and HMGB2; 
 
 
    DNA/proteins interactions; cisplatin 
 
Acknowledgment 
The work was supported by Russian Foundation for Basic Research (RFBR, grant 15-08-06876). 
 
 
 
 
 
 
 

---

 
 
 
 
 
 
 
XIV
h
 International Conference on Molecular Spectroscopy, Białka Tatrzańska 2017
 
 
225
T2: P–10 
Surface-enhanced Raman spectroscopy and principal component 
analysis for the detection and identification of human fungal pathogens 
 
Evelin Witkowska
1
, Agnieszka Kamińska
1
, Tomasz Jagielski
2
, 
Aneta Kowalska
1
, and Jacek Waluk
1
 
 
1 
Institute of Physical Chemistry, Polish Academy of Sciences, Kasprzaka 44/52, 01-224 Warsaw, 
Poland, e-mail: [e-mail],[e-mail]  
2 
University of Warsaw, Faculty of Biology, Department of Applied Microbiology, I. Miecznikowa 1, 
02-096 Warsaw, Poland 
 
 
The  work  demonstrates  that  surface-enhanced  Raman  spectroscopy  (SERS)  coupled  with 
principal component analysis (PCA) can serve as a fast and reliable technique for detection and 
identification  of  human  fungal  pathogens,  such  as  Trychophyton  rubrum  (Fig.  1),  Candida 
krusei, Scopulariopsis brumptii, and  Aspergillus flavus. Fungal infections  have become  one of 
the  leading  infectious  cause  of  morbidity  and  mortality  among  hospitalized  patients  and/or 
immunocompromised  hosts  [1].  Hence,  there  is  a  strong  need  for  the  development  of  new 
technologies allowing for fast and reliable diagnosis of fungal diseases. 
 
Our  study  shows  that  SERS  technique  effectively  distinguishes  between  selected  common 
fungal  pathogens,  thus  offers  taxonomic  affiliation  of  fungi  within  several  minutes. 
Additionally,  the  PCA  analysis  allows  to  perform  the  statistical  classification  of  fungal 
pathogens studied and to identify the fungal spectrum directly from a clinical sample [2]. 
 
 
Fig. 1. SEM image and SERS spectrum of T. rubrum. 
 
Keywords: fungi; mycosis; SERS, PCA  
 
References  
[1] 
B. Willinger, Curr. Drug Targets 7 (2006) 513.
 
[2]  E. Witkowska, T. Jagielski, A. Kamińska, A. Kowalska, A. Hryncewicz-Gwóźdź, J. Waluk, 
Anal. Methods 8 (2016) 8427.
 
 
 
 

---