Genomun nukleotid ardıcıllığının oxunma prinsipləri By: Ocaqi Cavid
Yüklə 25,02 Kb. Pdf görüntüsü
|
| Genomun Sanger üsulu əsasında nukleotid ardıcıllığının oxunması
tərəfindən və digəri Amerikada Maxam və Gilbert tərəfindən eyni zamanda genomun nukleotid ardıcıllığının oxunmasına nail olmuşlar və 1980-ci ildə birlikdə Nobel mükafati ilə təltif edilmişlər. Sanger tərəfindən izah edilmiş metod asan və eyni zamanda DNT-nin təbii amplifikasiya proseslərinə tam oxşar olduğundan, Sanger-in şərəfinə sanger üsulu adlandırılmışdır. Eyni zamanda dideoxy ardıcıllığının oxunması (didoxy sequencing) və həmçinin zəncirin terminasiyası (chain termination) kimi adlanan Sanger metodu dideoxy nukleotidləri (ddNTP’s) və normal nukleotidlərin əsasında həyata keçirilir. Dideoxy nukleotidləri mahiyyətcə normal nukleotidlərə oxşar olub, 3’ karbon hissəsində hidroksil (OH) qrupu əvəzinə, hidrogen (H) atomuna malikdirlər.
Didoxcy nukleotidləri kimi modifikasiya olunmuş nukleotidlər, bir sequencing daxilinə integrasiya olunan zaman digər nukleotidlərin əlavə edilməsinin qarşısını alır. Didoxcy nukleotid ilə sequencing-ə qoşulan növbəti nukleotid arasında fosfodiefir rabitəsi yarana bilmədiyindən, DNT zəncirinin qurulması (uzanması) sona çatır. Praymer
GAATGTCCTTTCTCTAAG 3' Fərz edək ki, aşağıda göstərilən 49 nukleotiddən ibarət bir DNT fraqmentinin ardıcıllığını oxumaq istəyirik.
vasitəsilə artırılan zəncirə əlavə olunmağa başlanırlar. Lakin DNT zənciri artırılan zaman normal nukleotid yerinə zəncirdə dideoxcynukleotidinin yerləşməsı ana zəncirin uzadılmasının dayandırılması ilə nəticələnir. Misal olaraq, “G” tyubuna baxdıqda, müxtəlif məhsullara rast gəlmək mümkündür. Sonra zəncirvari polimeraza reaksiyası yerinə yetirilir və hər tyubda olan PZR məhsulları poliakrilamid geli üzərində elektroforez edilir.
CTTACAGGAAAGAGATTC AGGATTCAGGAGGCCTACCATGAAGATCAAG 5' 5' TCCTAAGTCCTCCGGATGGTACTTCTAGTTC 3' 5' GAATGTCCTTTCTCTAAG 3' Praymer 1974-cü ildən bəri texnologiyaların təkmilləşdirilməsi sahəsində əldə olunmuş çoxsaylı nailiyyətlərin mövcudluğu tədricən Sanger üsulunun köhnəlməsində təəccüb doğurmur. Lakin Sanger metodunu əvəz edən yeni texnologiyaların hamısı Sanger üsulunun işləmə prinsiplərinə əsaslanır. Avtomatlaşdırılmış sequencing qısa zaman fasiləsində genomun böyük hissəsinin oxunmasına şərait yaradır. Avtomatlaşdırılmış prosesdə ddNTP-lərin hər biri fərqli rənglərlə etiketlənir və bir yerdə bütün reaksiyalar yalnız bir tyub daxilində yerinə yetirilir. Ion Torrent
polimerləşməsi nəticəsində ayrılan hidrogen ionu əsasında DNT ardıcıllığının oxunma metodudur.
Mikro çiplər üzürində milyonlarla mikroyuvacıqlar (microwells) mövcuddur. Bir zəncirli DNT fraqmentlərinin hər biri amplifikasiya nəticəsində müxtəlif sayda bir beadlə birləşərək, təsadüfi şəkildə çiplərdəki yuvacıqlarda paylanırlar. Hər bead bir fraqment deməkdir, beləliklə, milyonlarla bead milyon fraqmentin təzahürü deməkdir.
Hər yuvacıq altında ISFET ( ion-sensitive field-effect transistor ) adlı ion sensor mövcuddur. Yüklə 25,02 Kb. Dostları ilə paylaş:
|