Jscript Tutorial Wolfgang Unger and Tobias Sommer

Remarks:

• Each time the fit is executed the fit results will be appended to the file result.dat. If

result.dat doesn’t exist yet it will be created.

• It is very important to create the fit object exactly in the way:

var fit:DoasFit = new DoasFit;

fit=DoasFit.Open(fitfile);

Otherwise, the fit coefficients can not be accessed. The reason is unclear.

• Each fit result (fit coefficient, shift, squeeze, chi square...) can be individually accessed.

The approach is similar to displaying the fit coefficient in the example above. For more

information about fit results of the different reference spectra search for “DoasFitRefer-

enceInfo” in the Programming Documentation of DOASIS (Help menu - Programming

Documentation). For properties of the fit itself (like fit range, polynomial...) search

for “DoasFit”.

• If you want to display e.g. the shift value of the second spectrum of the fit scenario

the command would be:

var shift;

shift = fit.ReferencesInfo[1].Shift;

Console.WriteLine(shift);

The entry “0” of the fit.ReferencesInfo-Array refers to the first spectrum from the top,

the entry “1” to the second...

Examples for other properties:

–

Squeeze:

fit.ReferencesInfo[1].Squeeze;

–

Fit coefficient error:

fit.ReferencesInfo[1].FitCoefficientError;

–

Chi Square:

fit.ChiSquare;

• If you don’t want to fit against the active spectrum but instead load a spectrum from

a file and fit against that spectrum, make use of the commands described in section

8.9.

11.4

Modifying a fit scenario with JScript

At first it has to be mentioned that so far it is not possible to create a fit scenario solely

with JScript. An existing fit scenario has to be loaded and can then be modified. Another

important aspect is, that the number of spectra in the fit scenario cannot be changed via

JScript. Hence, if a the loaded fit scenario consists of three spectra, it is neither possible

to delete one spectrum nor to add one spectrum. In the Fitting window of DOASIS it is

easily possible to activate and deactivate spectra manually from the fit scenario by ticking

the box in front of the according reference spectrum (see Fig. 11.1). This should be possible

in JScript as well, but in reality unfortunately it isn’t (so far).

The

example

presented

here

loads

an

existing

fit

scenario

from

C:

\scripttest\fitscenario.fs and overwrites the first spectrum of the fit scenario with

the spectrum from C:\scripttest\testspec.sp2. The file name of the this first spectrum

of the fit scenario is displayed in the Output window before and after the change to verify

that the new spectrum was actually implemented. Afterwards the limit parameters for the

shift (in channels) of the first spectrum of the fit scenario are set from 2 (Low) to 4 (High)

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Figure 11.1: Fitting window of DOASIS. By ticking the boxes (marked by the red circle)

reference spectra can be activated and deactivated for the fit. This is not possible with

JScript.

Figure 11.2: Fit reference properties window. It can be activated by double clicking on

the reference spectrum in the Fitting window. The marked parameters are set within the

JScript. The default value of the shift parameter has to be in between the limit parameters.

It constitutes the starting value of the numerical calculations for the shift within the given

boundaries.

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with 3 being the default value. See Fig. 11.2. The fit range is set from 300 to 600 channels.

Finally the fit scenario is saved as C:\scripttest\newfitscenario.fs. Before running

the script make sure that a fit scenario with at least one reference spectrum exists under

C:

\scripttest\fitscenario.fs and a spectrum is available from C:\scripttest\testspec.sp2.

import System;

import DoasCore.Spectra;

import DoasCore.Math;

// create an empty spectrum called "Spectrum"

var MeasSpec :

ISpectrum = Specbar.GetSpectrum("Spectrum");

var fitfile = "C:

\\scripttest\\fitscenario.fs";

var fit:

DoasFit = new DoasFit();

// open the spectrum

MeasSpec.Open("C:

\\scripttest\\testspec.sp2");

// open the fit scenario

fit = DoasFit.Open(fitfile);

// display the file name of the first spectrum of the fit scenario

Console.WriteLine("Old file name:

"+fit.ReferencesInfo[0].ReferenceSpectrum.FileName);

// replace the first spectrum of the fit scenario by the spectrum "MeasSpec"

fit.ReferencesInfo[0].ReferenceSpectrum = MeasSpec;

// display the new file name of the replaced spectrum

Console.WriteLine("New file name:

"+fit.ReferencesInfo[0].ReferenceSpectrum.FileName);

// set the low limit for the shift

fit.ReferencesInfo[0].SetCoefficientLowLimit(DoasFitReferenceInfo.Coefficients.Shift,2);

// set the default value for the shift

fit.ReferencesInfo[0].SetCoefficientDefault(DoasFitReferenceInfo.Coefficients.Shift,3);

// set the high limit for the shift

fit.ReferencesInfo[0].SetCoefficientHighLimit(DoasFitReferenceInfo.Coefficients.Shift,4);

// activate the hard limits for the shift, be aware that the command covers 3 lines

fit.ReferencesInfo[0].SetCoefficientMode

(DoasFitReferenceInfo.Coefficients.Shift,

DoasFitReferenceInfo.CoefficientMode.LimitHard);

// set the fit range

fit.FitRanges[0].LimitLow = 300;

fit.FitRanges[0].LimitHigh = 600;

// save the modified fit scenario, "DoasFit.Save()" returns "true", if saving

// was successful, if not, "false" is returned

if(DoasFit.Save(fit, "C:

\\scripttest\\newfitscenario.fs"))

{

Console.WriteLine("Fit scenario saved!");

}

else

{

Console.WriteLine("Error while saving!");

}

After the script is executed the modified fit scenario can be opened in DOASIS from

C:

\scripttest\newfitscenario.fs and the newly implemented spectrum will appear to-

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