MK-lərin proqramlanması dedikdə onun daxili proqram yaddaşına icra ediləcək proqramın əmrlər sistemi səviyyəsindəki (hardware dilindəki ) kodunun yüklənməsi nəzərdə tutulur.
Bu kod İnteqrə edilmiş layihələndirilmə (İDE-İntegrated development Environmant)sistemi vasitəsilə fayl şəklində hasil edilir və İDE mexanizmi ilə FP-ə qoşulmuş MK çipinə yüklənillir.
Obyekt kodunun Assembler/C proqramları əsasında generasiya edilməsi ardıcıllığı aşağıda verilir .
MK-nın FK-ə qoşulması proqrammator boardu vasitəsilə,yaxud proqrammator olmadan JTAG (Joint Test Action Group) interfeysi ilə ola bilər.
Proqrammatordan istifadə halında MK çipi board üzərindəki xüsusi soketə yerləşdirilir.
JTAG interfeysi halında isə MK çipi istemdən ayrılmadan İn system programming (İSP) texnologiyası əsasında proqramlanır.