Oliy talim, fan va innovatsiyalar vazirligi urganch davlat universiteti tabiiy va qishloq xo

BLAST ning ishlash printsipi va qo'llanilishi

BLAST (Asosiy Local Alignment Search Tool) ning ishlash printsipi so'rov va ketma-ketlik ma'lumotlar bazasi o'rtasidagi mahalliy tekislashlarni qidirishga asoslangan. BLAST algoritmining asosiy bosqichlari quyidagilardan iborat:
Ma'lumotlar bazasidan kirish ketma-ketligi belgilangan uzunlikdagi (odatda 3-5 belgidan iborat) "so'zlar" ga bo'linadi.
Ushbu so'zlar mos keladiganlarni tezda topish uchun indeks deb ataladigan maxsus ma'lumotlar tuzilmasida saqlanadi.
Har bir o'yin uchun bit tezligi deb nomlanuvchi o'xshashlik balli hisoblanadi.Bit tezligi so'rov so'zlari va ma'lumotlar bazasi o'rtasidagi tasodifiy moslashish ehtimolini baholashga imkon beradi.Hizalanishni kengaytirish uchun yuqori ball to'plangan dastlabki o'yinlardan foydalaniladi.
BLAST algoritmi bo'shliqli kengaytma deb ataladigan usuldan foydalanib, dastlabki moslikning har ikki tomoniga tekislashni kengaytiradi.
Kengaytirish jarayonida algoritm qo'shni belgilar juftlari orasidagi o'xshashlikni hisobga oladi va o'xshashlik yuqoriligicha qolar ekan, hizalanishni kengaytiradi.
BLAST hizalanishning statistik ahamiyatini baholaydi va bu tasodif tufayli yuzaga kelishi mumkinligini aniqlaydi.Bu tekislash natijalarini tasodifiy modellardan olingan kutilgan qiymatlar bilan solishtirish orqali amalga oshiriladi.
BLAST E-qiymati deb nomlanuvchi ahamiyatlilik o'lchovini hosil qiladi, bu tasodif tufayli mos kelishi ehtimolini ko'rsatadi.BLAST solishtirish jarayonini tezlashtirish uchun evristika va oldindan hisoblashlardan foydalanadi. Bu nukleotidlar va oqsillar kabi ketma-ketliklarning har xil turlari o'rtasidagi o'xshashlikni izlashga imkon beradi va bioinformatikada ketma-ketliklar orasidagi gomologiyalarni tahlil qilish va aniqlash uchun eng keng tarqalgan vositalardan biridir.
BLAST (Asosiy Local Alignment Search Tool) bioinformatikada biologik ketma-ketliklarni tahlil qilish va taqqoslashning turli vazifalari uchun keng qo'llaniladi. BLAST-dan foydalanishning bir necha asosiy usullari:
BLASTning asosiy qo'llanilishidan biri bu ikki yoki undan ortiq ketma-ketliklar orasidagi homologiyalarni topishdir.Foydalanuvchilar ma'lum va noma'lum genlar, oqsillar yoki nukleotidlar ketma-ketligi o'rtasidagi o'xshashlikni aniqlash uchun BLASTdan foydalanishlari mumkin.
BLAST o'xshashlik darajasini aniqlashga, evolyutsion munosabatlarni baholashga va allaqachon ma'lum ketma-ketliklarga o'xshashliklarga asoslangan noma'lum ketma-ketliklarning funktsiyalarini bashorat qilishga yordam beradi.
BLAST genom annotatsiyasi, ya’ni genomdagi genlar va boshqa funksional elementlarning funksiyalarini aniqlash uchun keng qo‘llaniladi.BLAST genom ketma-ketligini ma'lum genlar va oqsillar ma'lumotlar bazalari bilan solishtirishi mumkin, bu bizga genomda ifodalangan genlarni aniqlash va ularning funktsiyalarini taxmin qilish imkonini beradi.