The platon crystallographic package

Notes:
1. The Lp-correction applied is that for the Debije-Scherrer technique. 
2. The reflection profiles are Lorentzian: L(x) = I(obs) / (1 + A * x**2). 
3.
Given a file name.fcf reflection CIF, no additional file will be needed: invoke platon 
name.fcf. 
4.
Given a name.cif and name.fcf a powder pattern is generated by invoking platon -P 
name.cif. 
5.
Given a name.ins and name.hkl a powder pattern is generated by invoking platon -P 
name.ins. 
Alternative keyboard instruction: POWDER IOBS (ttm) 
The optional parameter ttm can be used to select the twotheta range: 
1 = 20, 2 = 40, 3 = 60, 4 = 80 and 5 = 180 degrees. 
 
Fig. 1. 3.1.10 – Powder pattern simulated from h,k,l, I(obs) data.
Command line options: 
platon -P name.res - Direct path to I(obs) powder pattern on display. 

---

platon -o -P name.ins - Will produce an I(obs) powder pattern as a postscript file and a .cpi 
SIETRONICS style file. 
Sub-Menu #0 – (Section 1.4.21) –  Options 
1.3.1.11 – SimPowderP - Simulated Powder Pattern
A Powder pattern is generated for the supplied coordinate set in .res, .cif or .spf format. 
Alternative keyboard instruction: POWDER (ttm) 
The reflection profile used is Lorentzian (Reverse Lp corrected I(calc)) : 
L(x) = I(calc) / (1 + A * x**2). 
The optional parameter ttm can be used to select the two-theta range: 
1 = 20, 2 = 40, 3 = 60, 4 = 80 and 5 = 180 degrees. 
A simulated powder pattern from the structure parameters in invoked directly with platon 
-Q name.ins etc. 
platon -o -Q name.cif will produce without display output a postscript file with the powder 
pattern and a .cpi file.
Sub-Menu #0 – (Section 1.4.21) –  Options 

---

1.3.1.12 – RadDisFun - Simulated Radial Distribution Function
A Radial Distribution Function (Fig. 1.3.1.12-1) is generated for the coordinate set supplied 
in .res, .cif or .spf format. Alternative keyboard instruction: CALC RDF (radius (width)) 
Example: CALC RDF 5 5 
Sub-Menu #0 – (Section 1.4.28) –  Options 
Fig. 1.3.1.12-1 – Radial distribution function.
1.3.1.13 – PATTERSON
This link generates a Patterson map (in terms of peaks). It is intended mainly for diagnostic 
purposes (i.e. to guess between a light verses an heavy atom structure dataset). Heavy atom 
structures are characterized by sudden drops in peak hight as compared to light atom 
structures. However multiple overlapping vectors of a planar multi ring molecule or a linear 
aliphatic chain may hamper a correct guess.
 
 
1.3.1.15 - PLUTON-Native
The PLATON subprogram PLUTON, a descendent of the stand-alone program PLUTON 
(an extended version of the program PLUTO (Motherwell & Clegg)), is from the user point 
of view an independent program. It is part of the PLATON package largely for operational 

---

and maintenance reasons, sharing common routines and data structures. PLUTON is 
internally called and used by several other PLATON tools.
Clicking on this button provides a direct path to the PLUTON tool using the input file as 
supplied in the PLATON invocation. Alternatively, PLUTON can be invoked directly via 
'platon -p' or with the instruction 'PLUTON NATIVE' in the input file. All other invocations 
of PLUTON will be driven by coordinate data generated by PLATON in order to have 
PLUTON-PLATON compatibility. 
Default instructions for PLUTON
PLUTON (i.e. the PLUTON path through PLATON) starts to read data from an input file 
(e.g. compound_name.res). That file usually, but not necessarily, contains the pertinent 
data for the structure only. Before switching to interactive input (console or menu) a file 
named compound_name.def is read. This file may be used to execute a number of 
instructions before the first plot. 
Example of the contents of a .def  file:
STRAW COLOR
LABEL
PLOT 
Such a file is generated automatically when PLUTON is run in the PLATON-Compatibility 
mode via the PLUTONauto button. 
PLUTON comes with six sub-menus as detailed in the indicated sections. The default is #0. 
Other sub-menu's  are selected by clicking in one of the other OptionMenus box's.
Sub-Menu #0 – (Section 1.4.2) – Main Options
Sub-Menu #1 – (Section 1.4.3) – Plot Content Options
Sub-Menu #2 – (Section 1.4.4) – Plot Style Options
Sub-Menu #3 – (Section 1.4.5) – Plot Viewing/Orientation Options
Sub-Menu #4 – (Section 1.4.6) – (Interactive) Geometry Options
Sub-Menu #5 – (Section 1.4.7) – Auxiliary Options
1.3.2.1 - CALC ALL
A complete range of geometry and validation calculation is done. This includes a check for missed 
symmetry, intra- and inter-molecular geometry,  rigid body analysis, hydrogen bond geometry, 
coordination geometry and a search for missed solvent accessible voids in the structure.  The result 
of the analysis is written to a .lis file with a copy in PostScript format. See  Appendix VI for a 
detailed explanation of the listing file and Chapter 2 about the PLATON tool.
1.3.2.2 - CALC INTRA
The result of a completely automatic scan for intra-molecular geometry is written to a listing 
file including a search for planar parts and rings in a structure. The corresponding keyboard 
instruction is  CALC INTRA. This calculation is done automatically as part of a CALC 
instruction. A limited version of CALC INTRA is available as CALC GEOM. Aditional 

---