Computational Molecular Docking Models and Design of Diarylpentanoids for the Androgen Receptor

7.1.2
 
LBD – Generalized 
Table 2 shows the results of the various ligands bound in the LBD without specifications to 
binding location.
Table 2: MolSoft ICM LBD-General Results 
These are the same ligands that were bound to the previous pocket however this trial tested the 
entire ligand binding domain, not just the specific LBD pocket. In this trial, the VLS Scores of 
significance were DHT (-31.95), ca27 (-16.36), ca58 (-22.81), and Docetaxel (-3.99).

---

28 
Figure 13:
 
Docking Results for the various ligands in general LBD. A is DHT. B is 
ca27. C is ca51. D is ca58. E is ca27 without MA. F is ca27 with OH groups. G is 
Docetaxel. F is MG132. 
When binding to the entire pocket with no specifications, these models are validated by DHT 
binding in the exact same location and orientation as the previous model, to the DHT binding 
pocket. If DHT did not bind to the DHT binding pocket, the validity of this model would be in 
question. However, when binding ca27 and its various analogs, they did not show any binding tot 
the DHT binding pocket (outlined in blue). Instead, each of the analogs attempted to bind in a 
slightly smaller space very near the DHT binding pocket. Further analysis of this new binding site 
identified possible chemical bonds that could occur in the area.
In Figure 14, we view a comparison of the original DHT binding pocket to the new ca27 binding 
pocket. We can see that the ca27 binding pocket is slightly smaller in size compared to the DHT 
binding pocket, however, it is still within the “drug-like” volume and size defined by the software 
to be a valid therapeutic target. This second pocket would cause misfolding within the protein and 
lead to cell death which explains the experimental results seen in previous research. 

---

29 
Figure 14: