Adventist Heritage From



Yüklə 451,74 Kb.
Pdf görüntüsü
tarix19.07.2018
ölçüsü451,74 Kb.
#56803


1

Adventist  Heritage

From:

noreply+feedproxy@google.com on behalf of Educate Truth



Sent:

Thursday, November 28, 2013 6:30 AM



To:

Adventist  Heritage



Subject:

Dr. Richard Lenski’s “Unicorns”

Dr. Richard Lenski’s “Unicorns”

Dr. Richard Lenski’s “Unicorns”

  

Posted: 27 Nov 2013 09:08 AM PST 



by Sean Pitman . Richard E. Lenski is an American evolutionary biologist, best known for his 25-year long-term E. 

coli evolution experiment, and his work with digital organisms, using Avida. What is impressive about Dr. Lenski is 

that he is trying to show how random mutations and natural selection... 

 

Click on the title to read more. 



 

 

You are subscribed to email updates from 



Educate Truth

  

To stop receiving these emails, you may 



unsubscribe now

Email delivery powered by Google 



Google Inc., 20 West Kinzie, Chicago IL USA 60610 

 

Spam



 

Not spam


 

Forget previous vote

 



Dr. Richard Lenski’s “Unicorns” | Educate Truth

http://www.educatetruth.com/featured/dr-richard-lenskis-unicorns/[12/16/2013 5:18:39 PM]

EMAIL

POSTS


Dr. Richard Lenski’s “Unicorns”

NOVEMBER 27, 2013 

11 COMMENTS

by 

Sean Pitman

.

Richard E. Lenski is an American evolutionary biologist,



best known for his 25-year long-term E. coli evolution

experiment and his work with digital organisms using

Avida.

What is impressive about Dr. Lenski is that he is trying



to show how random mutations and natural selection

(the Darwinian mechanism for evolution) can create

functionally complex systems within living things.  He

argues that very small gradual changes can add up over

time to produce very dramatic functional changes,

exactly as Darwin predicted.

Of course, those who favor the concept of intelligent

design or the Biblical concept of Creation have long

argued that “micro-evolution” is possible, but “macro-

evolution” is not.  In other words, small changes cannot

add up over time to produce highly complex biological

systems.  In fact, the demonstration of macro-evolution is claimed to be equivalent to finding

the mythical unicorn.

So, who is right?  Has Dr. Lenski really found the elusive “unicorn”? 

Has he actually shown how macro-evolution via the Darwinian

mechanism is really a plausible theory?

Well, in 2012 Dr. Lenski and a few others published a very interesting

paper claiming to have demonstrated this very thing (

Link



Link



).  He

produced E. coli bacteria that, after ~31,000 generations, evolved the

ability to use citrate for energy under oxygenated conditions –

something they weren’t able to do before.  And, they achieved this

novel function via random mutations and natural selection – right in

line with predictions for the Darwinian mechanism.

Of course, many people got very excited over the

implications of this experiment.  In September of 2012

the well-known science journal Nature published an

article about Lenski’s experiment entitled, “Evolution:



How the unicorn got its horn“, by 

Hendrickson

 and

Rainey


.  Here’s part of what they wrote about the

implications of this experiment:



Recent Comments

Gene Fortner on 

“Blindingly Obvious

Artifacts” of Intelligent Design

Sean Pitman

 on 


Science, Methodological

Naturalism, and Faith

Sean Pitman

 on 


Science, Methodological

Naturalism, and Faith

george on 

Science, Methodological

Naturalism, and Faith

george on 

Science, Methodological

Naturalism, and Faith

Bob Helm on 

Science, Methodological

Naturalism, and Faith

Sean Pitman

 on 

Science, Methodological



Naturalism, and Faith

Sean Pitman

 on 

Science, Methodological



Naturalism, and Faith

Bob Helm on 

Science, Methodological

Naturalism, and Faith

george on 

Science, Methodological

Naturalism, and Faith

Recent Posts

Dr. Richard Lenski’s “Unicorns”

The Basis of Biblical Credibility

2013 Annual Council Votes to Change

Wording of Adventist Fundamental Belief #6

“Blindingly Obvious Artifacts” of Intelligent

Design

Science, Methodological Naturalism, and



Faith

Dr. Paul Cameron and the God of the Gaps

LSU Removes Dr. Lee Grismer as Chairman

of the Biology Department



Editorials

Theology

News

La Sierra

HOME


ABOUT

CONTACT


THE HISTORY

WHAT WE BELIEVE

LSU BOARD OF TRUSTEES

Enter keywords...



Dr. Richard Lenski’s “Unicorns” | Educate Truth

http://www.educatetruth.com/featured/dr-richard-lenskis-unicorns/[12/16/2013 5:18:39 PM]

The discovery of the Cit + mutants in Lenski’s

experiment has been a mote in the eye for those suggesting that major phenotypic

innovations cannot be explained by micro-evolutionary (gradual) processes. Indeed,

for anti-evolutionists, lack of mechanistic detail has even allowed room for divine

intervention. After several attempts to politely address the concerns of one critic,

Lenski responded publicly in what has proven to be one of the most competent and

direct defenses of science versus dogma for some time. It includes the memorable

phrase, “In other words, it’s not that we claim to have glimpsed ‘a unicorn in the

garden’ — we have a whole population of them living in my lab!”. (

Link


)

Game over!

Finally, those pesky creationists and IDist have been put in their place once and for all!

Not so fast . . .

As is generally the case, especially for claims regarding the creative abilities of the Darwinian

mechanism, the devil is in the details.  And, when one looks a bit more closely at the details

of the Lenski experiment, it loses quite a bit of its luster.

What Dr. Lenski did was to grow E. coli under oxic

(oxygenated) conditions in citrate-rich media. E. coli

bacteria are generally unable to use citrate under oxic

conditions as a source of energy. However, they can use it

under anoxic conditions. In other words, they already have

the gene for citrase in their genome. It is just that it is

normally turned off under oxic conditions. How is it turned

off? Well, the promoter for the gene that transports citrate

into the bacterium (citT) is not active under oxic conditions.

So, all that needs to happen is to move the citrate

transport gene close to a promoter that is actually active

under oxic conditions. Once this is done, citrate will enter

the bacterium and be used for energy.

And, this is exactly what happened. Nothing structurally new needed to be evolved. After

about 31,000 generations, in a large population of bacteria, there was a single genetic

mutation in a bacterium that ended up moving the citT gene and placing it under the control

of a promoter (rnk) that is active under oxic conditions. The fact that just this single

translocation mutation took so long to achieve should clue everyone in to how difficult it is to

achieve even such low-level changes in function via random mutations. The protein product,

however, remained the same – i.e., <500aa with no required amino acid changes to achieve

a selectable effect. All that was required was to move a pre-existing gene close to a promoter

to turn it on during oxic conditions. That’s it. The protein itself didn’t need to be changed for a

useful advantage.

Now, at this point, multiple copies of the gene were rapidly produced in some colonies.

However, having just one copy was enough to produce a selectable growth/survival

advantage in the citrate-rich environment. It doesn’t matter if there are 1 – 9 copies of the

gene – the same function is realized to different levels – i.e., the cit+ function can exist, to a

selectable degree, with just one copy of the gene producing the the very same protein.

Additional “refinements” are easy once at least a minimum useful level of a particular type of

Fantastic Designs in Nature

Why Evolution Became Popular

La Sierra University gets 3-year AAA

Accreditation




Dr. Richard Lenski’s “Unicorns” | Educate Truth

http://www.educatetruth.com/featured/dr-richard-lenskis-unicorns/[12/16/2013 5:18:39 PM]

Beneficial Sequences in Sequence Space Ocean

function is realized – not a problem at all.

Again, Dr. Lenski’s pet “unicorn” is a very low-level example of evolution in action where

nothing structurally new was produced to achieve the function in question. The only thing that

happened was a mutational move of a pre-existing gene from one location to another within

the genome so that it could be turned on in a particular environment. That’s not a problem at

all for the Darwinian mechanism.  Statistically, such a mutation is very likely to happen, within

a few tens of thousands of generations, given a fairly large colony of bacteria.

Now, compare this with the challenge of

explaining how random mutations can

search through the vastness of protein

sequence space (a space comprised of

all possible sequences of a particular

length) to find the extremely rare islands

of novel beneficial sequences that could

produce something qualitatively new –

an entirely new type of function that

requires an new protein-based system –

a new physical structure.  Such unicorns

are much harder to find because

random mutations have to search

through vast oceans of non-beneficial

sequences before they can find the very rare isolated islands of beneficial sequences.  The

question is, are there any examples of this sort of evolution actually happening?

Well, yes, there are many examples were truly novel protein sequences with selectably

beneficial functionality are discovered by random mutations.  Most of these examples are

single-protein enzymes and the like that require a minimum of no more than a few hundred

specifically arranged amino acid residues (amino acids are the building blocks of proteins,

with a total of 20 different amino acid “characters” within the “alphabet” of proteins). 

However, there are no examples of evolution in action producing any protein-based system

that requires a minimum of more than 1000 specifically arranged amino acid residues – not

even close. The reason for this is because sequence space at this level is unimaginably

enormous (i.e., 20^1000 = 1e1301 sequences).  To get an idea as to how large this number

is, consider that the total number of atoms in the visible universe is about 1e80 atoms.  What

is more important, however, is that the ratio of potentially beneficial vs. non-beneficial

sequences in the 1e1301 sequence space is incredibly tiny – so miniscule that any cluster of

beneficial sequences in the enormity of sequence space is surrounded, on all sides, by an

enormous ocean of non-beneficial sequences that is so vast that, if the beneficial islands of

sequences were like stars in the sky, no other stars would be visible in the universe from the

perspective of one of these islands.  That means that getting from one of these islands to the

next closest beneficial island, by random mutations, would take trillions upon trillions of years

of time.


As a real life example, consider that the

famous rotary flagellar motility system

that exists within various types

of bacteria requires a minimum of over

5000 specifically arranged amino acid

residues.  No such system has ever

been shown to evolve nor has anyone

presented any statistically tenable

argument for how random mutations and

natural selection could gradually build

such a system.

The problem is that the proposed

beneficial steppingstones in a pathway

of a complex multi-protein system, like a

flagellar motility system, are themselves



Dr. Richard Lenski’s “Unicorns” | Educate Truth

http://www.educatetruth.com/featured/dr-richard-lenskis-unicorns/[12/16/2013 5:18:39 PM]

Featured, Media, Opinion

Cit+, Citrate, Creationist Resources, E. coli, evolution, featured, intelligent design, macroevolution,

Richard Lenski, sean pitman, sequence space, Unicorn

The Basis of Biblical Credibility

far far too widely separated in protein sequence space, by distances that would cover many

universes, for random mutations to get across any of the non-beneficial gaps this side of

trillions of years of time.  That is why evolutionary progress stalls out, in an exponential

manner, with each step up the ladder of functional complexity (i.e., minimum size and/or

specificity requirements for a system to work to a selectable level of usefulness).

For further information on the statistical limits to the Darwinian mechanism see the

Steppingstone Problem



“.

 

 



 

 

 



 

 

Share



Richard Gates

Reply

November 28, 2013 at 7:22 am



Holly Pham

Reply

November 28, 2013 at 8:43 am



James V. Kohl

Reply

November 29, 2013 at 3:19 am



11 Responses to “Dr. Richard Lenski’s “Unicorns””

This is precisely the kind of information that one needs to evaluate

scientific lab experiments.

It is impressive to read reports, even in reputable science journals, that

describe and often interpret experiments in a way which almost invariably

reflects the bias of the reporter. However someone knowledgeable in the

discipline is always needed to take a closer look at the issues, as has

happened in this case.

This is the kind of “peer review” that serves truth.

Thank you for respecting the reader’s intelligence!

  

(Quote)


Well-liked: 

 

15



Thanks Sean for telling us the “rest of the story!” Very interesting!

  

(Quote)



Like Comment: 

 

5



They eliminated natural selection for nutrients via the medium used to


Dr. Richard Lenski’s “Unicorns” | Educate Truth

http://www.educatetruth.com/featured/dr-richard-lenskis-unicorns/[12/16/2013 5:18:39 PM]



Bob Helm

Reply

November 29, 2013 at 8:16 am



Sean Pitman

Reply

November 30, 2013 at 6:43 pm



James V. Kohl

Reply

November 30, 2013 at 6:34 pm

grow the organisms. This limits the metabolism of nutrients to species-

specific secreted byproducts called pheromones that control the

physiology of reproduction. Thus, all biophysical constraints on conserved

molecular mechanisms of nutrient-dependent pheromone-controlled

adaptive evolution are eliminated and results are reported in terms of

mutations.

This experiment was designed before researchers knew anything about

molecular epigenetics. Nothing is illuminated by first eliminating variables

that include the epigenetic ‘landscape,’ which becomes the physical

landscape of DNA in the organized genomes of species from microbes to

man that adapt to their environment.

I am surprised at attempts to explain the evolution of organismal

complexity in the context of mutation-driven evolution, when no

experimental evidence from model organisms in their natural or typical

environments supports that idea. Instead, all experimental evidence

supports nutrient-dependent pheromone-controlled adaptive evolution.

Lenski and many others ignore an important fact; Darwin clearly stated

that ‘conditions of life’ precede any consideration of natural selection.

Conditions of life are nutrient-dependent and pheromone-controlled.

There’s nothing random about that, and obviously there never has been.

  

(Quote)


Like Comment: 

 

1



Sean, you really ought to try to publish this material in a mainstream

scientific journal or at least in a creationist journal like “Origins.” Simply

posting it on an obscure site like “Educate Truth” that few people read is

not enough. Just a friendly suggestion!

  

(Quote)


Like Comment: 

 

5



@

Bob Helm


:

Most of this information, in this particular article, has already been

published by others in various journals. The only thing I contributed

here of any uniqueness is the concept of changes in the ratio of

beneficial vs. non-beneficial sequences in sequence space at various

levels of functional complexity.

When I submitted the technical argument for sequence space to

Origins (a few years ago), they told me that it was too technical for

their readership to understand. I should probably try again to submit a

toned down version for more general readership.

  

(Quote)



Like Comment: 

 

8




Dr. Richard Lenski’s “Unicorns” | Educate Truth

http://www.educatetruth.com/featured/dr-richard-lenskis-unicorns/[12/16/2013 5:18:39 PM]



Sean Pitman

Reply

November 30, 2013 at 7:04 pm



James V. Kohl

Reply

November 30, 2013 at 7:17 pm

Sean and Bob,

I’ve published in Hormones and Behavior, Neuroendocrinology Letters,

Journal of Psychology and Human Sexuality, and twice in Socioaffective

Neuroscience & Psychology. No matter how clear it becomes that

mutation-driven adaptive evolution is not possible due to biophysical

constraints, each time random mutations are introduced into any

explanation helps the nonsense about mutation-driven evolution to

spread.


As a Creationist, Dobzhansky supported mutation-driven evolution in

1973 and attributed single amino acid substitutions to mutations. They

are obviously nutrient-dependent and facilitate rapid changes in

organismal complexity in 5-10,000 years, not millions of years, as

evidenced in the current literature.

The changes are clearly constrained by thermodynamically futile cycles

that enable de novo creation of olfactory receptor genes, which allow

nutrient uptake (as in the case of citrate in E.coli) and nutrients are

metabolized to pheromones that help to achieve the organism-level

thermoregulation that is required for species-wide epistasis.

If the epigenetic landscape changes, however, a novel nutrient can initiate

the same process of nutrient-dependent pheromone-controlled

adaptations (e.g., in species from microbes to man). Lenski has simply

showed that nutrient stress and thermal stress have the same effects on

seemingly futile cycles of protein biogenesis and degradation.

  

(Quote)



Like Comment: 

 

2



It doesn’t matter what stressors may or may not contribute to protein

biogenesis. The fact remains that whatever else might contribute to

mutagenesis, novel proteins are dependent upon novel genetic

mutations. In this particular Lenski experiment, no novel protein was

produced. However, there was a novel genetic mutation that gave

rise to the new functional abilities of the E. coli bacteria. This genetic

mutation simply allowed a protein-coding gene to be turned on in a

different type of environment by moving a gene to a different location

within the genome. Statistically, this isn’t a problem given the number

of bacteria in the steady-state population over the course of a few

tens of thousands of generations. It’s very predictable in fact –

statistically. What is not statistically tenable, however, is the evolution

of a qualitatively novel protein-based system of function that requires

more than 1000 specifically arranged residues. Such a feat is not

statistically feasible – and Lenski should know better than to suggest

otherwise.

  

(Quote)


Like Comment: 

 

7



Sean Pitman

:

novel proteins are dependent upon novel genetic mutations.




Dr. Richard Lenski’s “Unicorns” | Educate Truth

http://www.educatetruth.com/featured/dr-richard-lenskis-unicorns/[12/16/2013 5:18:39 PM]



Sean Pitman

Reply

November 30, 2013 at 7:21 pm



James V. Kohl

Reply

November 30, 2013 at 7:52 pm



Sean Pitman

Reply

November 30, 2013 at 8:13 pm

The ability of mutations to cause production of functional novel proteins is

biophysically constrained. Mutations perturb the required thermodynamics

and organism-level thermoregulation. Nutrient uptake enables seemingly

futile cycles of protein biogenesis to result in production of proteins that

contribute to increasing organismal complexity via controlled reproduction.

I am surprised that you immediately turned back to mutations theory,

when the de novo creation of olfactory receptor genes excludes

mutations theory from any further consideration whatsoever.

  

(Quote)


Like Comment: 

 

0



I’ve read your blog about the Lenski experiment “Microbes: living in

the past”. However, I think you’re mistaken. You wrote:

The adaptations arose [in the Lenski experiment] due to the de novo

creation of olfactory receptor genes under conditions that would

otherswise lead to death by starvation.

This simply isn’t true. No new receptor genes evolved at all –

olfactory or otherwise. The very same genes stayed exactly the

same. The only thing that changed is the location of the very same

genes within the genome. Also, the bacteria were not starving. They

simply started using citrate as an additional source of energy to the

nutrients that they were already being provided with – over the

course of the decades that Lenski has been running this particular

experiment. I see no evidence for epigenetic factors in play here or

thermodynamic instability before or after the changes in function.

Sean Pitman

http://www.DetectingDesign.com

  

(Quote)


Like Comment: 

 

8



“No new receptor genes evolved at all – olfactory or otherwise. The very

same genes stayed exactly the same.”

Perhaps I’m mistaken, but I don’t know of any other way for citrate uptake

to occur if it is not receptor-mediated. Should I refer to the de novo

creation of the olfactory receptor gene, as de novo creation of a chemical

receptor gene?

  

(Quote)


Hot debate. 

 

3




Dr. Richard Lenski’s “Unicorns” | Educate Truth

http://www.educatetruth.com/featured/dr-richard-lenskis-unicorns/[12/16/2013 5:18:39 PM]

 Notify me of follow-up comments by email.

 Notify me of new posts by email.



Leave a Reply

© 2013 Educate Truth. All Rights Reserved.

Powered by WordPress. Designed by 

There was no change in the citrate receptor or transport protein, or

any other protein. No structural change took place at all. You simply

don’t understand the Lenski experiment. All that happened was that

the gene that codes for the citrate transport protein, which already

existed and was active under anoxic conditions, was turned on in an

oxygenated environment by being placed next to an active promotor.

That’s it. There’s simply no new receptor being made here. No new

gene or protein – olfactory or otherwise.

  

(Quote)



Hot debate. 

 

10



Name (required)

Email (required)

Website (optional)

Submit Comment



Document Outline

  • et01
  • et02
    • educatetruth.com

Yüklə 451,74 Kb.

Dostları ilə paylaş:




Verilənlər bazası müəlliflik hüququ ilə müdafiə olunur ©genderi.org 2024
rəhbərliyinə müraciət

    Ana səhifə