Microsoft Word D39 GuideToFacilities 11. doc

---

ETH 

H C I - D 2 6 7   C o m p u t e r   A d m i n i s t r a t i o n  

 

Chemie 

 

Biologie 

 

Physik 

 

Informatikgestützte Chemie (igc) 

HCI G241 

ETH Hönggerberg 

8093 Zürich 

 

Guide to Informatik Facilities

 

(D39)

 

Document Overview 

•  Data and Data Storage 

•  MS Windows Emulation 

•  Printing 

•  Software and Software Documentation 

•  Research Computations 

Data and Data Storage 

1)

 Your Home Directory 

 

a)

  Mounting your Home Directory 

On www.passwort.ethz.ch under me services->NAS-DFS you can find a guide how to 

mount your home directory. If you exceed your quota on this home directory you may 

no longer be able to logon at public work-stations (Unix or Windows) at the ETH and 

you won't be able to write to the disk if you exceed the limit. Then you must contact the 

Helpdesk. For this reason it is best to sporadically check your memory balance. To see 

how much disk space you are using, use on Linux the command du. Delete unused files 

or move files out to the local disk before you reach the limit. You may want to use data 

compression (gzip, tar ) for files that you don't need often.  

 

b)

  Security 

You can change your nethz-password on www.password.ethz.ch. Your password 

should contain numbers, punctuation marks, or unusual uppercase/lowercase letters and 

should not consist of a single word out of a dictionary. 

Do not grant write access to your home directory to anyone else. You may consider 

restricting read access too.  

c)

  Electronic Mail 

Use your e-mail address provided by ETH. Open it in a Web browser via 

www.mail.ethz.ch

. Go to “Outlook Web Access”. Log on with your nethz-

password and -username. 

2)

 Your “local” Disk Space  

There is no local disk space available any more. 

  

---

ETH 

H C I - D 2 6 7   C o m p u t e r   A d m i n i s t r a t i o n  

 

Chemie 

 

Biologie 

 

Physik 

 

Informatikgestützte Chemie (igc) 

HCI G241 

ETH Hönggerberg 

8093 Zürich 

 

3)

 Data backups 

To backup data, a gzipped tar archive ("tar" = "tape archive") is often of use. 

Common operations using the “tar” utility are described below.  

(The “man” pages for the tar utility should be consulted for details of more advanced 

uses.) 

a)

  To create an archive: 

a)

  Place the data for which a backup is to be made into a temporary directory. For 

example, suppose we are located in the home directory of user hanswurst, the 

following commands might be entered: 

$> whoami; 

hanswurst 

$> pwd ; 

/home/hanswurst 

$> mkdir tar_backup ; 

$> mv *data.to.backup tar_backup ; 

b)

  Make sure you are located one directory above the directory to be archived. 

c)

  Type tar cfvz < name_of_target_tarfile > 

source_directory

. 

In the present example the command would be: 

$> tar cfvz tar_backup.TAR.gz tar_backup 

This creates the archive in your current directory. So, we would have the file  

tar_backup.TAR.gz 

in directory /home/hanswurst. 

Note that this file has been automatically compressed by gzip during the 

archive process, because we used the "z" option. 

d)

  Copy the compressed archive to your CD or DVD. 

b)

  To check an archive 

Type tar tfvz  

c)

  To extract files form an archive 

Type tar xfvz  

 

For user hanswurst, located in its home directory, the command tar xfvz 

~/tar_backup.TAR.gz 

 

would make a directory ~/tar_backup (and would overwrite any directory of 

that name at that location), where ~ means the home of hanswurst, which is equal to 

/home/hanswurst

. 

 

 

---

ETH 

H C I - D 2 6 7   C o m p u t e r   A d m i n i s t r a t i o n  

 

Chemie 

 

Biologie 

 

Physik 

 

Informatikgestützte Chemie (igc) 

HCI G241 

ETH Hönggerberg 

8093 Zürich 

 

4)

 Removable Media: CD and DVD Drive 

 

a)

  Using the devices 

All machines are equipped with a CD–RW/DVD±RW drive.  

To use them: 

1)

  Put your CD/DVD disk in the drive.  

2)

  On your desktop, an icon for your CD/DVD disk should pop up. You should 

also find the media under “Places”  → “Computer” → “CD-RW/DVD±RW 

Drive:” on the top toolbar on the desktop.  

3)

  Double-click on the icon of the disk. A CD/DVD Creator is opened. Copy the 

data to be stored on the disk to this CD/DVD Creator Folder.  

4)

  Press “Write to Disk” and your CD/DVD will be written. 

5)

  Eject your disk by right-clicking on the icon for your disk and choosing “Eject” 

in the pop-up menu. 

Printing 

Printing works best via www.vpp.ethz.ch.  Select “Send VPP Job” for ps-files, “Send 

PDF VPP Job” for pdf-files. You have to give at least the following information: 

Destination: HCID267 

Device: PTS 

Username:  

File to print:  

At the end press “Send Print Job”. 

To convert a text file test.txt to a ps-file test.ps use a2ps –o test.ps 

test.txt

. Use ps2pdf –o test.pdf test.ps to convert a ps-file test.ps 

into a pdf-file test.pdf. 

For more information about the vpp-service of the ETH see www.vpp.ethz.ch. 

There is also a vpp command which one can execute from the console, but it doesn’t 

always work. The command to print a ps-file is:  

vpp –dest=HCID267 -dev=PTS file.ps

. See the vpp man page for more details. 

Software and Software Documentation 

In the following section, some software is described. The list may not be complete and may 

change.  

---

ETH 

H C I - D 2 6 7   C o m p u t e r   A d m i n i s t r a t i o n  

 

Chemie 

 

Biologie 

 

Physik 

 

Informatikgestützte Chemie (igc) 

HCI G241 

ETH Hönggerberg 

8093 Zürich 

 

1)

 Manual Pages 

Thorough descriptions of any command, with its behavior and options, are found in the 

so-called man pages. To get manual pages of a certain command, type man command. 

For an overview of commands according to a keyword, use apropos keyword or 

whatis keyword

 .  

2)

 Text Editors 

a)

  Emacs 

emacs

 is a powerful editor with unlimited functionality. It is especially suited for 

programming and supports various modes for different programming languages and 

multiple buffers. It is controlled via menu or key sequences. C-s or M-x for example 

mean: Hold control key and press s key, or hold meta key (equal to Alt key) and press x. 

Some useful commands: 

C-h t

 invoke a tutorial, useful before first use 

C-x C-f

 load a file 

C-x C-s

 save a buffer 

C-x C-w

 save a buffer under a different name 

C-g

 cancel command (type also if something does not operate as expected) 

C-x b

 switch between buffers 

C-s

 search for a string 

C-w

 kill marked region 

C-y

 yank (paste) region (previously killed or marked) 

C-x C-c

 exit emacs 

M-x cmd

 execute emacs command cmd 

b)

  Other editors 

gedit

 is a simple editor with menu control.  

vi

 is an old-style line-editor, but is quite powerful and (when one is familiar with it) 

fast.  

3)

 Word-Processing/Typesetting 

a)

  LaTeX 

Especially useful for reports containing many formulae and for people that don't 

want to spend time worrying about the layout: it always produces nice documents.  

---

ETH 

H C I - D 2 6 7   C o m p u t e r   A d m i n i s t r a t i o n  

 

Chemie 

 

Biologie 

 

Physik 

 

Informatikgestützte Chemie (igc) 

HCI G241 

ETH Hönggerberg 

8093 Zürich 

 

Source code and compile concept: write your latex source with .tex extension, 

e.g. report.tex . The command latex report.tex will compile the latex 

source into a dvi file (report.dvi) which can be viewed by xdvi report . 

dvi. Use dvips -o report.ps report.dvi 

to transform the dvi file 

into a PostScript file for printing.  

Latex source files may also be converted to PDF format using, in this case: 

pdflatex report.tex

 .  

b)

  Lyx 

LyX

 (type lyx ) is a graphical front end to LaTeX . It has the look and feel of 

standard WYSIWYG word-processors and shares their ease of use. However, it uses 

a meta language which it translates into regular LaTeX for post-processing. LyX is 

what we recommend to everybody who wants to use LaTeX but prefers intuitive 

user interfaces over complex formatting commands. Most of the commonly used 

LaTeX

 commands are integrated as buttons, pull-down menus, and keyboard 

shortcuts. Unavailable LaTeX commands can still be entered explicitly (in TeX 

mode).  

Even though development is still in its early stages, the product has matured 

considerably recently. The large memory requirements are a downside, however. 

Long documents (tens or even hundreds of pages) can still be handled, however, we 

recommend to use LyX only for editing. You should export files in LaTeX format, 

and use the normal command line sequence (latex report.tex; dvips -o 

report.ps report.dvi

 ) to produce a PostScript file. For short documents (a 

few pages) you can easily use the built-in functions for generating, viewing and 

printing the resulting PostScript file. You will find all of these in the file menu. 

For further information, contact the LyX home page www.lyx.org and the online 

documentation which consists of several extensive documents written in LyX . 

c)

  Interactive spell-checker 

ispell

 checks ascii and tex texts, english only. It provides suggestions for 

unknown words and learns new words using a personal dictionary. See man page 

for more details. 

d)

  PostScript and Portable-Data-Format (PDF) Viewers 

PostScript: Evince Document viewer, (evince) can be used to display PostScript 

files.  

PDF: Acrobat Reader, (acroread ) version 8.1.2 is installed to view PDF 

files. You could also use the Evince Document viewer (evince).  

4)

 Graphical Software 

gnuplot

 is an interactive plotting program. See the man page and the online help, 

type help at the gnuplot prompt. Other quite useful information is available at 

---

ETH 

H C I - D 2 6 7   C o m p u t e r   A d m i n i s t r a t i o n  

 

Chemie 

 

Biologie 

 

Physik 

 

Informatikgestützte Chemie (igc) 

HCI G241 

ETH Hönggerberg 

8093 Zürich 

 

www.gnuplot.info

. The big advantages of this plotting package are its ease of use 

and its 3D abilities. 

xmgr is much more powerful, but this comes at the expense of a more complex user 

interface. Note, however, that the development of xmgr has been discontinued in favor 

of a more user-friendly package, called xmgrace. On the computers only xmgrace is 

installed. Note that neither xmgr nor xmgrace can handle 3D plots. Information is 

available from the online help and from (for xmgrace) 

plasma-gate.weizmann.ac.il/Grace/doc/UsersGuide.html

. 

Other programs who allow you to look at graphs are xfig GIMP (gimp), Dia Diagram 

Editor (dia). Please read their help pages for more information. 

5)

 

Software Development Tools

 

a)

  GNU software  

• 

gcc

 

• 

g++

  

• 

g09

  

• 

gdb

  

b)

  Scripting Languages  

Unix Shells:  

• 

sh

 

• 

csh

  

• 

bash

  

• 

tcsh

  

Other scripting languages:  

• 

awk

 

• 

sed

  

• 

perl

  

• 

python

  

• 

tcl (tclsh)  

• 

tk (wish)  

6)

 Mathematical Software 

maple

 is a powerful symbolic mathematics  program. It can solve nearly any problem 

analytically. xmaple provides a nice graphical user interface. See the help menu for 

more information. 

matlab

 is especially strong for matrix calculations and high-end visualization. 

Mathematica is also available. You can open it via “Applications” on the top toolbar. 

See the help menu for more information. It can also be started by typing 

mathematica

. 

---

ETH 

H C I - D 2 6 7   C o m p u t e r   A d m i n i s t r a t i o n  

 

Chemie 

 

Biologie 

 

Physik 

 

Informatikgestützte Chemie (igc) 

HCI G241 

ETH Hönggerberg 

8093 Zürich 

 

There is also a statistical tool called R (type R). You can learn more about in on 

www.r-project.org

. 

7)

 

Chemical and Molecular modeling Software 

 

a)

  Packages for computation 

Gaussian: an extensive quantum chemistry package. In order to use the programs in 

the package one must create input files in the correct format. This may be done 

manually or with GaussView. Jobs may be run using GaussView, or using shell-

scripts. See www.gaussian.com for further information. Type g09 to start. 

NOTE: The two following programs are not yet installed but should be by the start 

of the spring semester (path may be different): 

TURBOMOLE: Program package for ab initio electronic structure calculations. 

You can find it in the directory /usr/supp/bin/TURBOMOLE. 

ADF: The Amsterdam Density Functional (ADF) package is software for first-

principles electronic structure calculations. The binaries are in 

/usr/share/adf2007/bin

. There you can also find adfview to start it. 

b)

  Programs to edit computational chemistry input files 

NOTE: The following program is not installed on the machines.  

MOLDEN: A pre- and post-processing program of molecular and electronic 

structure. Type gmolden. MOLDEN is a package for displaying molecular density 

from the ab initio packages GAMESS-UK , GAMESS-US and GAUSSIAN and the 

semi-empirical packages Mopac/Ampac, it also supports a number of other 

programs via the Molden Format. More information about it you will find on 

www.cmbi.ru.nl/molden/molden.html

. 

 

c)

  Programs to display chemical graphics  

Please note: The graphics software mentioned here should not be used remotely as 

this would disturb the operation of the network. 

Large molecules

  

vmd

: powerful molecular viewing program. Can handle several coordinate formats. 

For information consult the VMD user guide 

/usr/local/lib/vmd/doc/ug.pdf

, or the VMD home page at 

http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd

.