17 amaliy mashg‘ulot mavzu

SARS-CoV-2 virusining genom bo'yicha tuzilishi va funktsiyasini 
TASSER da modellashtirish
Ushbu sahifada 
SARS-CoV-2
 , shuningdek, 2019-nCoV nomi bilan ham tanilgan, 
COVID-19 pandemiyasini keltirib chiqargan yangi koronavirus genomi tomonidan 
kodlangan barcha oqsillar uchun 3D strukturaviy modellar va funksiya izohlari 
mavjud. Struktura modellari DI-TASSER/ 
CI-TASSER quvur liniyasi tomonidan yaratilgan 
bo'lib, u I-TASSER
 fragmentlarini yig'ish simulyatsiyasini boshqarish uchun chuqur 
konvolyutsion neyron tarmoqqa asoslangan masofa xaritasi/kontakt xaritasi 
bashoratlaridan foydalanadi . Benchmark va ko'r CASP testlari shuni ko'rsatdiki, 
DI-TASSER/CI-TASSER I-TASSERga qaraganda ancha yuqori aniqlikdagi 
modellarni yaratadi, ayniqsa gomologik shablonlarga ega bo'lmagan oqsil 

---

maqsadlari uchun. Ko'p domenli maqsadlar uchun alohida domenlarning DI-
TASSER/CI-TASSER tuzilmasi 
DEMO tomonidan yig'iladi.
to'liq uzunlikdagi tuzilishga.
 
Ikki usul turli maqsadlar modellarini takomillashtirish uchun I-
TAISSERquvuriga kiritilgan. Umuman, FG-MD gomolog andozalari bilan oson 
maqsadlar uchun ishlatiladi va Modrefiner FG-MD tomonidan ta’qib qilinadi, 
to’liq atom modellari ishlab chiqarish uchun gomolog andozalari holda qattiq 
maqsadlar uchun ishlatiladi. Benchmark va CASP testlaridan olingan 
ma’lumotlar shuni ko’rsatdiki, I-TAISSERmodellarining HB-score (vodorod-
bog’lanish tarmog’ining sifatini o’lchash) va molprobity score (steric clash va 
Ramachandran muntazamligini o’lchash) rafinatsiya simulyatsiyalari bilan 
sezilarli darajada yaxshilanishi mumkin. 
 
 
Nazorat savollari: 
1.
I-TAISSER nima? 
2.
Modeller nima? 
3.
I-TAISSER ga qanday kiriladi?