9-MAVZU:
Biologik makromolekulalarni
RasMol
programmasida
vizualizatsiyalashtirish
Lektor: Behruz TOSHBADALOV
Reja:
1.
Biologik makromolekulalarning birlamchi
strukturasi asosida ularni vizualizatsiyalashtirish
2.
RasMol
programmasi va unda ishlash tartibi
3.
RasMol
programmasi orqali
yaratilgan fazoviy
strukturani PDB maʼlumotlar bazasiga joylashtirish
Agarda ketma–ketlik tahlilida qandaydir yutuqlarga
erishilgan bo„lsa, yuqori strukturalarni to„liq tahlil etish
uchun hali ko„p yillar davomida ish olib borishga to„g„ri
keladi. Ketma–ketliklarni to„g„ri joylashtirish
muammosi–zamonaviy molekulyar biologiyaning
asosiy mavzusi hisoblanadi. Aminokislotalarning
chiziqli ketma–ketligi qanday qilib oqsilning uchlamchi
strukturasini belgilaydi?
1961 yilda ribonukleazaning to„liq denaturatsiyaga
uchraganligi, fermentativ faolligi va dastlabki
strukturasining to„liq qayta tiklanganligi namoyish
etilgan. Shundan so„ng birlamchi struktura uchlamchi
strukturani belgilaydi degan xulosaga kelingan.
1998 yilda ikkilamchi strukturani belgilovchi
usul 50-60% ishonchlilik darajasiga ega
bo„lgan. Biologik makromolekulalarning
birlamchi strukturasi asosida ularning fazoviy
strukturalarini aniqlash, ularning to„g„ri taxlanish
qonuniyatlarini tushunish uchun
RasMol
,
PyMol
,
Modeller
kabi bir qancha
bioinformatsion dasturlar mavjud. Ular
yordamida ketma-ketligi aniqlangan
makromolekulalarni vizualizatsiyalashtirish
mumkin.
Molekulyar modellashtirish
–molekulalar strukturasi
va uning xususiyatlari haqidagi maʼlumotlarga tayangan
holda uning molekulasini vizuallashtirish jarayonidir.
Buning natijasida molekulalarning fazoviy strukturasini
namoyon etuvchi uchlamchi strukturalar shakllanadi.
Molekulyar modellashtirish usullari
kompyuterli kimyo,
hisoblash biologiyasi
va molekulyar sistemalardagi
bog„lanishlarning tiplarini individual ko„rinishda
tasvirlash uchun qo„llaniladi.
RasMol
- programmasi haqida
•
RasMol
- kompyuterli programma bo„lib,
molekulalarning vizualizatsiyasi va biologik
makromolekularni fazoviy strukturasining tuzilishini
olishda qo„llaniladi. Birinchi o„rinda oqsil va nuklein
kislotalar strukturalarini vizualizatsiyasi uchun
qo„llaniladi.
RasMol
programmasi birinchi bo„lib
1990- yillarda Rodjer Seyl tomonidan ishlab
chiqilgan.
RasMol
bioinformatika va molekulyar
biologiyada aktiv qo„llaniladigan
molekulalarning vizualizatsiyalovchi eng
yaxshi o„quv dastur sanaladi.
“
RasMol
” so„zi – ingl. “molekulalar rastri” so„zining
qisqartmasi bo„lib, “rastr” so„zi odatda kompyuter
ekranidagi piksellar matritsasini bildiradi. Molekulyar
grafikaning bu dasturi, oqsillar, nuklein kislotalar va
uchlamchi strukturasi maʼlum bo„lgan kichik
molekulalarni vizualizatsiyalashtirishga mo„ljallangan.
Molekulani namoyish etish uchun “
RasMol
”ga
atomlarning molekuladagi fazoviy dekart kordinatalari
asosida joylashishlarini aks ettiruvchi atom
koordinatalari kerak bo„ladi. “
RasMol
” kordinatalarning
turli xil formatlarini aks ettiradi, xususan, “BDB”
formatida ham. Dasturning asosiy oynasining adresi :
www.umass.edu/microbio/rasmol
“
Chime
” va «
Protein explorer
»
dasturlari – “RasMol” ning hosilalari
bo„lib, molekulalarni dastur oynasida
vizualizatsiyalashtirish imkonini
beradi. Ushbu dasturlarga kirish
quyidagi adres orqali amalga
oshiriladi:
www.umass.edu/microbio/chime
Dostları ilə paylaş: |