Computational Molecular Docking Models and Design of Diarylpentanoids for the Androgen Receptor

7.1.4
 
DBD – General 
Similar to the process completed for the LBD, new models were developed in the DBD no longer 
specifying to bind to the pocket. The same ligands were used, and the results are displayed below 
in table 4. The VLS Scores of interest are for PP (-24.85), ca27 (-24.46), ca58 (-36.61), and 
docetaxel (-15.72).
Figure 17 contains the various results from the models for the generalized DBD. Overall, the VLS 
Scores for the generalized DBD appear more preferable however some concerns are raised during 
further analysis. The positive control, PP, appears to be binding farther away from the AR and the 
benzene group that was previously in close proximity to the AR is now in the exact opposite 
orientation. Similar results are seen in the various analogs of ca27, most of these models showed 
improved VLS Scores compared to the previous model (which is logical) however, they all were 
binding farther away from the AR. It is possible that the binding of these ligands to DNA causes 
a conformational change in the DNA which then affects the AR but based off of our biochemical 
understanding of these molecules and this system, it is quite unlikely.

---

33 
Table 4: MolSoft ICM DBD-General Results 
Figure 17:
 
Docking Results for the various ligands in the general DBD. A is PP. B is 
ca27. C is ca51. D is ca58. E is ca27 without MA. F is ca27 with OH groups. G is 
Docetaxel. F is MG132. 

---

34 
One major concern of these models is the steady improvement of binding affinity for the negative 
controls. For the previous model, this improvement was not to the extent to raise a concern, but 
now docetaxel has a clearly favorable binding affinity, this leads to questions of the validity of 
these DBD models as the negative control is no longer unfavorable.