Markerlar

Masalan, polimorfizmlari SSRlar (qisqa ketma-ketlik takrorlari) PCR mahsulotlarining uzunligiga qarab farqlanishi mumkin: ma'lum bir SSR lokusuning bitta alleli 100bp diapazonni hosil qilishi mumkin, shablon sifatida boshqa allel bilan ishlatiladigan bir xil primerlar esa 120bp diapazonni hosil qilishi mumkin (Boshqa turdagi marker, a deb ataladi SNP (yagona nukleotid polimorfizmi), nukleotidlarning o'ziga xosligi bo'yicha o'zgarib turadigan, ammo uzunligi bo'lmagan polimorfizmga misoldir. SNPlar har qanday molekulyar markerlarning eng keng tarqalgani bo'lib, minglab SNP lokuslarining genotiplarini yangi, gibridizatsiyaga asoslangan asboblar yordamida parallel ravishda aniqlash mumkin. E'tibor bering, ko'pgina molekulyar belgilarning allellari dominantdir, chunki geterozigotaning molekulyar fenotipini har ikkala gomozigotadan ajratish mumkin.