Synthetic Biology Final Report

Synthetic Biology | References 
 
75 
Glasgow  (2014)  University  of  Glasgow.  Safety  &  Environmental  Protection  Services.  Controlling  risks  of  work  with 
genetically 
modified 
organisms. 
http://www.gla.ac.uk/services/seps/a-
z%20index/biological%20safety/gmriskassessment/controlling%20risks%20of%20work%20with%20geneticall
y%20modifie/. Accessed 25.07.2014  
Glass  JI  (2012)  Synthetic  genomics  and  the  construction  of  a  synthetic  bacterial  cell.  Perspectives  in  biology  and 
medicine 55 (4):473-489. doi:10.1353/pbm.2012.0040 
Guan  Z,  Schmidt  M,  Pei  L,  Wei  W,  Ma  K  (2013)  Biosafety  Considerations  of  Synthetic  Biology  in  the  International 
Genetically Engineered Machine (iGEM) Competition. Bioscience 63 (1):25-34 
Harris  DC,  Jewett  MC  (2012)  Cell-free  biology:  exploiting  the  interface  between  synthetic  biology  and  synthetic 
chemistry. Current opinion in biotechnology 23 (5):672-678. doi:10.1016/j.copbio.2012.02.002 
Haseloff J, Ajioka J (2009) Synthetic biology: history, challenges and prospects. Journal of the Royal Society, Interface 
/ the Royal Society 6 Suppl 4:S389-391. doi:10.1098/rsif.2009.0176.focus 
Haslam  RP,  Ruiz-Lopez  N,  Eastmond  P,  Moloney  M,  Sayanova  O,  Napier  JA  (2013)  The  modification  of  plant  oil 
composition  via metabolic  engineering--better  nutrition  by  design.  Plant  biotechnology  journal  11  (2):157-
168. doi:10.1111/pbi.12012 
Hatch  AD  (2010)  Four  suggestions  for  addressing  public  concern  regarding  synthetic  biology.  Journal  of  biological 
engineering 4:7. doi:10.1186/1754-1611-4-7 
Haynes KA, Silver PA (2009) Eukaryotic systems broaden the scope of synthetic biology. The Journal of cell biology 
187 (5):589-596. doi:10.1083/jcb.200908138 
Heinemann M, Panke S (2006) Synthetic biology--putting engineering into biology. Bioinformatics 22 (22):2790-2799. 
doi:10.1093/bioinformatics/btl469 
Hendrickson TL, de Crecy-Lagard V, Schimmel P (2004) Incorporation of nonnatural amino acids into proteins. Annual 
review of biochemistry 73:147-176. doi:10.1146/annurev.biochem.73.012803.092429 
iGEM 
(2014) 
Registry 
of 
Standard 
Biological 
Parts: 
Assembly 
standard 
23. 
http://parts.igem.org/Assembly_standard_23. Accessed 16.06.2014  
International Civil Society Working Group on Synthetic Biology (ICSWGSB) (2011) A Submission to the Convention on 
Biological  Diversity's  Subsidiary  Body  on  Scientific,  Technical  and  Technological  Advice  (SBSTTA)  on  the 
Potential  Impacts  of  Synthetic  Biology  on  the  Conservation  and  Use  of  Synthetic  Biology.  Available  at: 
https://www.cbd.int/doc/emerging-issues/Int-Civil-Soc-WG-Synthetic-Biology-2011-013-en.pdf, .  
Itaya M, Fujita K, Kuroki A, Tsuge K  (2008) Bottom-up genome  assembly  using the Bacillus subtilis genome  vector. 
Nature methods 5 (1):41-43. doi:10.1038/nmeth1143 
Jackson RJ, Ramsay AJ, Christensen CD, Beaton S, Hall DF, Ramshaw IA (2001) Expression of mouse interleukin-4 by a 
recombinant ectromelia virus suppresses cytolytic lymphocyte responses and overcomes genetic resistance 
to mousepox. Journal of virology 75 (3):1205-1210. doi:10.1128/JVI.75.3.1205-1210.2001 
Jain A, Bhatia P, Chugh A (2012) Microbial synthetic biology for human therapeutics. Systems and synthetic biology 6 
(1-2):9-22. doi:10.1007/s11693-012-9092-0 
JBEI  (2014)  Fuels  Synthesis.  Joint  BioEnergy  Institute.  http://www.jbei.org/research/divisions/fuels-synthesis/. 
Accessed 22.07.2014  
Jirschitzka  J, Mattern DJ, Gershenzon  J,  D'Auria  JC  (2013)  Learning  from  nature:  new approaches  to the  metabolic 
engineering  of  plant  defense  pathways.  Current  opinion  in  biotechnology  24  (2):320-328. 
doi:10.1016/j.copbio.2012.10.014 
Johnson  JA,  Lu  YY,  Van Deventer  JA,  Tirrell  DA (2010)  Residue-specific  incorporation  of  non-canonical  amino  acids 
into  proteins:  recent  developments  and  applications.  Current  opinion  in  chemical  biology  14  (6):774-780. 
doi:10.1016/j.cbpa.2010.09.013 
Karr JR, Sanghvi JC, Macklin DN, Gutschow MV, Jacobs JM, Bolival B, Jr., Assad-Garcia N, Glass JI, Covert MW (2012) A 
whole-cell  computational  model  predicts  phenotype  from  genotype.  Cell  150  (2):389-401. 
doi:10.1016/j.cell.2012.05.044 
Kitney  R,  Freemont  P  (2012)  Synthetic  biology  -  the  state  of  play.  FEBS  letters  586  (15):2029-2036. 
doi:10.1016/j.febslet.2012.06.002 
Kliebenstein DJ (2014) Synthetic biology of metabolism: using natural variation to reverse engineer systems. Current 
opinion in plant biology 19C:20-26. doi:10.1016/j.pbi.2014.03.008 
König H, Frank D, Heil R, Coenen C (2013) Synthetic genomics and synthetic biology applications between hopes and 
concerns. Current genomics 14 (1):11-24. doi:10.2174/1389202911314010003 

---

Synthetic Biology | References 
 
76 
Lartigue  C,  Glass  JI,  Alperovich  N,  Pieper  R,  Parmar  PP,  Hutchison  CA,  3rd,  Smith  HO,  Venter  JC  (2007)  Genome 
transplantation  in  bacteria:  changing  one  species  to  another.  Science  317  (5838):632-638. 
doi:10.1126/science.1144622 
Ledford H (2011) Transgenic grass skirts regulators. Nature 475 (7356):274-275. doi:10.1038/475274a 
Lee J (2013) Synthetic biology: A new opportunity in the field of plant biochemistry and physiology. J Plan Biochem 
Physiol 1 (1). doi:http://dx.doi.org/10.4172/jpbp.10000e101 
Li Y, Pfeifer BA (2014) Heterologous production of plant-derived isoprenoid products in microbes and the application 
of  metabolic  engineering  and  synthetic  biology.  Current  opinion  in  plant  biology  19C:8-13. 
doi:10.1016/j.pbi.2014.02.005 
Lipp 
E 
(2008) 
Synthetic 
Biology 
Finds 
a 
Niche 
in 
Fuel 
Alternatives. 
http://www.synbiosafe.eu/uploads/pdf/08_11_GEN_Synthetic_Biology_Finds_Niche_in_Fuel_Alternatives.p
df. Accessed 22.07.2014  
Liu CC, Schultz PG (2010) Adding new chemistries to the  genetic code. Annual review of biochemistry 79:413-444. 
doi:10.1146/annurev.biochem.052308.105824 
Liu  L,  Liu  Y,  Shin  HD,  Chen  RR,  Wang  NS,  Li  J,  Du  G,  Chen  J  (2013)  Developing  Bacillus  spp.  as  a  cell  factory  for 
production  of  microbial  enzymes  and  industrially  important  biochemicals  in  the  context  of  systems  and 
synthetic  biology.  Applied  microbiology  and  biotechnology  97  (14):6113-6127.  doi:10.1007/s00253-013-
4960-4 
Lorenz  MG,  Wackernagel  W  (1994)  Bacterial  gene  transfer  by  natural  transformation  in  the  environment. 
Microbiology and Molecular Biology Reviews 58:5563-5602 
Lusser M, Parisi C, Plan D, Rodriguez-Cerezo E (2011) New plant breeding techniques. State-of-the-art and prospects 
for  commercial  development.  European  Commission:  Joint  Research  Center  -  Institute  for  Prospective 
Technological Studies, Seville 
Marcheschi  RJ,  Gronenberg  LS,  Liao  JC  (2013)  Protein  engineering  for  metabolic  engineering:  current  and  next-
generation tools. Biotechnology journal 8 (5):545-555. doi:10.1002/biot.201200371 
Marliere  P  (2009)  The  farther,  the  safer:  a  manifesto  for  securely  navigating  synthetic  species  away  from  the  old 
living world. Systems and synthetic biology 3 (1-4):77-84. doi:10.1007/s11693-009-9040-9 
Marris C, Jefferson C (2013) Scoping report for workshop: Synthetic Biology: Containment and release of engineered 
micro-organisms. .  
Marshall J (2014) Solar energy: Springtime for the artificial leaf. Nature 510 (7503):22-24. doi:10.1038/510022a 
McFadden 
J 
(2012) 
Synthetic 
biology: 
the 
best 
hope 
for 
mankind’s 
future? 
http://wwwtheguardiancom/commentisfree/2012/mar/29/synthetic-biology-best-hope-mankind 
Menetrez  MY  (2012)  An  overview  of  algae  biofuel  production  and  potential  environmental  impact.  Environmental 
science & technology 46 (13):7073-7085. doi:10.1021/es300917r 
Moe-Behrens GH, Davis R, Haynes KA (2013) Preparing synthetic biology for the world. Frontiers in microbiology 4:5. 
doi:10.3389/fmicb.2013.00005 
Montague  MG,  Lartigue  C,  Vashee  S  (2012)  Synthetic  genomics:  potential  and  limitations.  Current  opinion  in 
biotechnology 23 (5):659-665. doi:10.1016/j.copbio.2012.01.014 
Moses  T,  Pollier  J,  Thevelein  JM,  Goossens  A  (2013)  Bioengineering  of  plant  (tri)terpenoids:  from  metabolic 
engineering  of  plants  to  synthetic  biology  in  vivo  and  in  vitro.  The  New  phytologist  200  (1):27-43. 
doi:10.1111/nph.12325 
Moya  A,  Gil  R,  Latorre  A,  Pereto  J,  Pilar  Garcillan-Barcia  M,  de  la  Cruz  F  (2009)  Toward  minimal  bacterial  cells: 
evolution vs. design. FEMS microbiology reviews 33 (1):225-235. doi:10.1111/j.1574-6976.2008.00151.x 
Mukunda  G,  Oye  KA,  Mohr  SC  (2009)  What  rough  beast?  Synthetic  biology,  uncertainty,  and  the  future  of 
biosecurity. Politics and the Life Sciences 28 (2):2-26 
Murray T (2010) Transcript from Meeting 3, Session 3 of the US Presidential Commission on Bioethics. Available at 
http://bioethics.gov/node/181.  
National Institutes of Health (NIH) (2013) Guidelines for Research Involving Recombinant or Synthetic Nucleic Acid 
Molecules Available at: http://oba.od.nih.gov/oba/rac/Guidelines/NIH_Guidelines.pdf, .  
Nielsen  AZ,  Ziersen  B,  Jensen  K,  Lassen  LM,  Olsen  CE,  Moller  BL,  Jensen  PE  (2013)  Redirecting  photosynthetic 
reducing  power  toward  bioactive  natural  product  synthesis.  ACS  synthetic  biology  2  (6):308-315. 
doi:10.1021/sb300128r 
Nielsen J, Keasling JD (2011) Synergies between synthetic biology and metabolic engineering. Nature biotechnology 
29 (8):693-695. doi:10.1038/nbt.1937 

---