Maestro User Manual



Yüklə 8,42 Mb.
Pdf görüntüsü
səhifə7/173
tarix28.06.2018
ölçüsü8,42 Mb.
#52154
1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   ...   173

Contents

Schrödinger Software Release 2015-2

xiv

13.5.4  


Color Ramps ................................................................................................. 327

13.5.4.1  

The ramp.res File

............................................................................... 327

13.5.4.2  

Color Ramp Files

............................................................................... 327

13.5.5  


Column Data in the Project Table ................................................................. 328

13.5.6  


Property Families .......................................................................................... 329

13.5.7  


Maestro Menus ............................................................................................. 329

13.5.8  


Rotamers ...................................................................................................... 334

Chapter 14: 

Setting Preferences

............................................................................. 335

14.1  

General Preferences

........................................................................................... 336

14.1.1  

History........................................................................................................... 336

14.1.2  

Directories..................................................................................................... 336

14.1.3  

File extensions .............................................................................................. 337

14.1.4  

Appearance................................................................................................... 338

14.1.5  

Application Fonts .......................................................................................... 338

14.1.6  

Panels ........................................................................................................... 339

14.1.7  

Quitting Maestro............................................................................................ 339



14.2  

Project Preferences

............................................................................................ 340

14.2.1  

Opening and Closing Projects ...................................................................... 340

14.2.2  

Backups ........................................................................................................ 341

14.2.3  

Entry Changes .............................................................................................. 343

14.2.4  

Importing Structures ..................................................................................... 343



14.3  

Project Table Preferences

.................................................................................. 345

14.3.1  

Properties ..................................................................................................... 345

14.3.2  

Colors............................................................................................................ 347

14.3.3  

Groups .......................................................................................................... 348



14.4  

Workspace Preferences

..................................................................................... 348

14.4.1  

Picking .......................................................................................................... 348

14.4.2  

View Animation ............................................................................................. 349

14.4.3  

Translation..................................................................................................... 349

14.4.4  

Rotation......................................................................................................... 350

14.4.5  

Trackpad........................................................................................................ 350

14.4.6  

Transformations ............................................................................................ 350




Contents

Maestro 10.2 User Manual

xv

14.4.7  


Dipole Moment.............................................................................................. 351

14.4.8  


Clipping Planes ............................................................................................. 351

14.4.9  


Fonts ............................................................................................................. 352

14.4.10  

Fitting .......................................................................................................... 352

14.4.11  

Zooming ...................................................................................................... 353

14.4.12  

Depth View.................................................................................................. 354

14.4.13  

Changes...................................................................................................... 354

14.4.14  

Periodicity.................................................................................................... 355

14.4.15  

Crystal Mates .............................................................................................. 355

14.4.16  

Graphics...................................................................................................... 355

14.4.17  

Sequence Viewer ........................................................................................ 357

14.4.18  

Display/Undisplay Atoms ............................................................................ 357

14.5  

Feedback Preferences

........................................................................................ 358

14.5.1  

Atom.............................................................................................................. 358

14.5.2  

Properties ..................................................................................................... 358

14.5.3  

Job ................................................................................................................ 359



14.6  

Atom/Bond Labels Preferences

........................................................................ 360



14.7  

Measurements Preferences

............................................................................... 361



14.8  

Non-Bonded Interactions Preferences

............................................................ 362

14.8.1  

Criteria .......................................................................................................... 362

14.8.1.1  

H-Bonds


............................................................................................ 362

14.8.1.2  

Halogen bonds

.................................................................................. 363

14.8.1.3  

Contacts


............................................................................................ 364

14.8.2  


Display .......................................................................................................... 365

14.9  

Surfaces Preferences

......................................................................................... 365

14.9.1  

Creation ........................................................................................................ 365

14.9.2  

Viewing ......................................................................................................... 366

14.9.3  

Performance.................................................................................................. 368



14.10  

2D Structure Preferences

................................................................................ 369



14.11  

LIgand Detection Preferences

........................................................................ 370




Yüklə 8,42 Mb.

Dostları ilə paylaş:
1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   ...   173




Verilənlər bazası müəlliflik hüququ ilə müdafiə olunur ©genderi.org 2024
rəhbərliyinə müraciət

    Ana səhifə