OOF-BIN
B
IOINFORMATIKA
Tantárgyfelelős:
D
R
.
G
RAMA
L
ÁSZLÓ
, egyetemi docens
Biofizikai Intézet
2 kredit
▪ félévközi jegy ▪ Fakultatív modul ▪ tavasszal ▪ ajánlott félév
: 4.
Foglalkozás/félév:
0 óra előadás
+ 14 óra gyakorlat
+ 14 óra szeminárium
= összesen
28 óra
Kurzus létszámkorlát:
min. 5 fő – max. 18 fő
Előfeltételek:
OOA-MB1 teljesített
Foglalkozás-egészségügyi vizsgálaton szerzett ALKALMAS minősítés esetén vehető csak fel!
Tematika
Egy egyszerű meghatározás szerint a bioinformatika molekuláris biológia számítógépen. Mára, többek között a Humán Genom
Projektnek köszönhetően, döbbenetes mennyiségű információ áll rendelkezésre génjeinkről és fehérjéinkről. Mit kezdhetünk ezzel az
információval? A bioinformatika célja ezen adatok rendszerezése, a számunkra fontos adatok megkeresése és elemzése. Tantárgyunk
ebbe nyújt bepillantást. Olyan kérdésekre keressük majd a választ, mint pl.
- hogyan kereshetjük meg egy adott fehérje DNS és aminosav szekvenciáját az interneten?
- hogyan különíthetők el egy génen belül a kódoló és nem kódoló régiók?
- hogyan jósolhatók meg DNS és fehérjemolekulák tulajdonságai a szekvenciájuk alapján?
- hogyan tervezhetjük meg egy fehérje klónozását?
- mennyire hasonlít ugyanaz a fehérje emberben és egérben?
- hogyan jósolható meg egy fehérje 3D szerkezete?
- hogyan ábrázolható és manipulálható egy fehérje 3D szerkezete?
A tantárgy során a fenti és számos további kérdésnek nemcsak az elméleti alapjait beszéljük meg, de a hallgatók a módszereket a
gyakorlatban is kipróbálhatják.
A félév elfogadásának feltételei
Legfeljebb 3 foglalkozásról történő hiányzás megengedett.
Félévközi ellenőrzések
Távolmaradás pótlásának lehetőségei
Nincs.
A tananyag elsajátításához szükséges segédanyagok
-
Kötelező irodalom
-
Saját oktatási anyag
http://biofizika.aok.pte.hu
-
Jegyzet
-
Ajánlott irodalom
Előadások
Gyakorlatok
1
Bevezetés
2
Molekuláris biológiai alapok
3
Alapvető eszközökről röviden
4
Fehérje adatbázisok
5
Nukleotid adatbázisok
6
Gén és genom adatbázisok. Restrikciós térképezés
7
PCR primer tervezés. Plazmid térképek
8
Klónozási példafeladat 1
9
Klónozási példafeladat 2
10
Hasonlóságkeresés (BLAST)
11
Többszörös szekvenciaillesztés. Filogenetikai fák
12
3D fehérjeszerkezetek
13
Fehérjeszerkezetek előrejelzése, szimulációk
14
Publikációs adatbázisok. Referenciakezelés
Szemináriumok
1
Bevezetés
2
Molekuláris biológiai alapok
3
Alapvető eszközökről röviden
4
Fehérje adatbázisok
5
Nukleotid adatbázisok
6
Gén és genom adatbázisok. Restrikciós térképezés
7
PCR primer tervezés. Plazmid térképek
8
Klónozási példafeladat 1
9
Klónozási példafeladat 2
10
Hasonlóságkeresés (BLAST)
11
Többszörös szekvenciaillesztés. Filogenetikai fák
12
3D fehérjeszerkezetek
13
Fehérjeszerkezetek előrejelzése, szimulációk
14
Publikációs adatbázisok. Referenciakezelés
Vizsgakérdések
http://biofizika.aok.pte.hu
Közreműködők
Dr. Grama László (GRLHAAO.PTE), Dr. Kengyel András Miklós (KEAFACO.PTE), Dr. Talián Csaba Gábor (TACRAAO.PTE)
OOF-CSU
É
LMÉNY
-
ÉS ÉLETSZERŰ BIOKÉMIA
Tantárgyfelelős:
D
R
.
V
ERES
B
ALÁZS
, habilitált docens
Biokémiai és Orvosi Kémiai Intézet
1 kredit
▪ félévközi jegy ▪ Fakultatív modul ▪ tavasszal ▪ ajánlott félév
: 4.
Foglalkozás/félév:
14 óra előadás
+ 0 óra gyakorlat
+ 0 óra szeminárium
= összesen
14 óra
Kurzus létszámkorlát:
min. 5 fő – max. 200 fő
Előfeltételek:
nincs
Foglalkozás-egészségügyi vizsgálaton szerzett ALKALMAS minősítés esetén vehető csak fel!
Tematika
A tantárgy célja azon, a mindennapokból is ismert, témák biokémiai hátterének megvilágítása, amelyek érdeklődésre tarthatnak számot
nem csak az orvosi tanulmányokat folytató hallgatók, de a természettudományok iránt érdeklődő más karon tanuló hallgatók körében
is. A tematika igen széles spektrumot ölel fel, kifejezetten fókuszálva a legfrissebb kutatási eredményekre és az aktuális „tudományos
trendekre” a szintetikus biológiától a sportban használt doppingszereken át egészen növények/gombák/állatok által termelt mérgek és
toxinok biológiai hatásáig. A tantárgy külön blokkban foglalkozik az elmúlt évtized fizikai, kémiai és orvosi Nobel-díjaival bepillantást
engedve e „trendmeghatározó” területekre.
A félév elfogadásának feltételei
Legfeljebb 15 % hiányzás megengedett
Félévközi ellenőrzések
TVSz
Távolmaradás pótlásának lehetőségei
Pótlásra nincs lehetőség.
A tananyag elsajátításához szükséges segédanyagok
-
Kötelező irodalom
-
Saját oktatási anyag
Az előadások anyaga, ami pdf formátumban a hallgatók rendelkezésére fog állni. A kapcsolódó irodalmat illetve internetes
tartalmakat az előadások szintén tartalmazzák.
-
Jegyzet
Az előadások anyaga, ami pdf formátumban a hallgatók rendelkezésére fog állni. A kapcsolódó irodalmat illetve internetes
tartalmakat az előadások szintén tartalmazzák.
-
Ajánlott irodalom
Az előadások anyaga, ami pdf formátumban a hallgatók rendelkezésére fog állni. A kapcsolódó irodalmat illetve internetes
tartalmakat az előadások szintén tartalmazzák.
Előadások
1
Humán genom projekt, humán génterápia, epigenetika
Dr. Veres Balázs
2
DNS szekvenálás, PCR, helyszínelők
Dr. Veres Balázs
3
Istent játszva: szintetikus biológia
Dr. Veres Balázs
4
Az vagy, amit megeszel: GMO
Dr. Veres Balázs
5
Superman: dopping a sportban és agyi doppingszerek
Dr. Veres Balázs
6
Függő játszma: alkohol és drog biokémia
Dr. Veres Balázs
7
Sejthalál: apoptózis, nekrózis, autofágia
Dr. Veres Balázs
8
Rák, AIDS: terápiás lehetőségek biokémiai háttere
Dr. Veres Balázs