Synthetic Biology Final Report

Synthetic Biology | List of Tables
 
 
81 
10
 
List of Tables 
Table 1: Possibilities for DNA assembly in synthetic biology (Ellis et al. 2011) ............................................................... 24 
Table 2: Genetic device projects presented at international genetically engineered machine (iGEM) competition..... 35 
Table 3: Types of parts available from the BioBrick™ Registry Repository (modified from iGEM (2014)). .................... 41 
Table  4:  Product  Matrix  for  biofuels  (SBP  2012)  “Inventory  of  synthetic  biology  products  –  existing  and  possible” 
(Synthetic Biology Project – Draft, July 2012) ................................................................................................................. 49 
Table 5: Classification of host (micro-) organisms by risk groups (NIH 2013) ................................................................. 58 
Table 6: Relation of risk groups to biosafety levels, practices and equipment (NIH 2013) ............................................ 59 
 

---

Synthetic Biology | Annex
 
 
82 
11
 
Annex 
11.1
 
Literature search - Methodology 
For  literature  search  the  bibliographic  database  Scopus,  officially  named  SciVerse  Scopus,  and  the  public 
access database PubMed were used.  
Scopus is described as the largest abstract and citation database of peer-reviewed literature, features smart 
tools to track, analyse and visualise research and delivers a comprehensive overview of global scientific output 
(online: http://www.elsevier.com/online-tools/scopus). 
PubMed, a database developed and maintained by the National Center for Biotechnology Information (NCBI), 
provides access to peer-reviewed literature of the fields of biomedicine and health, covering portions of the 
life  sciences,  behavioural  sciences,  chemical  sciences,  and  bioengineering,  and  additional  relevant  web  sites 
and links to the other NCBI molecular biology resources (online: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/). 
Literature search was performed in October 2013 and terms were searched in the field “Article Title, Abstracts 
and  Keywords”  and  reviews  from  the  years  2010  until  2013  were  included.  In  the  first  step  for  this  interim 
report documents were screened in order to select definitions for synthetic genomic and synthetic biology. 
Keywords for screening definitions in both databases:    
“synthetic genomics” 
 
 
“synthetic biology” 
Search results and selection of documents 
“synthetic genomics” (Scopus): 
year 
 
hits 
 
available full-texts 
 
number of definitions 
  2010   
  4 
 
   
  4 
 
 
 
 2 
  2011   
  0 
 
   
  0 
 
 
 
 0 
  2012   
  1 
 
 
  1 
 
 
 
 0 
  2013   
  1 
 
  
  1 
 
 
 
 1 
 
 

---

Synthetic Biology | Annex
 
 
83 
“synthetic genomics” (PubMed): 
year 
 
hits 
 
available full-texts 
 
number of definitions 
  2010   
3 
 
   
3 
 
 
 
0 
  2011   
0 
 
   
0 
 
 
 
0 
  2012   
2 
 
 
2 
 
 
 
2 
  2013   
2 
 
 
1 
 
 
 
1 
“synthetic biology” (Scopus): 
year 
 
hits 
 
available full-texts 
 
number of definitions 
  2010   
  77 
 
   
  63 
 
 
 
17 
  2011   
  93 
 
   
  65 
 
 
 
19 
  2012   
180 
 
 
136 
 
 
 
36 
  2013   
119 
 
  
  79 
 
 
 
13 
“synthetic biology” (PubMed): 
year 
 
hits 
 
available full-texts 
 
number of definitions 
  2010   
223 
 
   
126 
 
 
 
26 
  2011   
294 
 
   
122 
 
 
 
22 
  2012   
134 
 
 
48 
 
 
 
 46 
  2013   
349 
 
  
94 
 
 
  
9 
   
  
   
 
 
 
 
 
In  summary,  for  the  keyword  “synthetic  genomics”  12  documents  (available  full-texts)  were  screened  for 
definitions and 6 definitions are cited. For “synthetic biology” 733 articles (of 1469 hits) were screened, 188 
definitions were found. The list of selected definitions may be found in the Annex. 
Major elements identified in definitions published 2010-2013 
The definitions listed in the Annex contain several common elements (e.g. “design of novelty”, “design novel 
and redesign natural biological entities”, “to apply the principles of engineering”, “modularisation of biology”, 
“bottom-up  design”,  “understanding  by  synthesis”,  “understanding  by  manipulation”  and  “development  of 
tools for bio-design”). With reference to the relevant publications the most frequently found are:  
Engineering principles/Interface of engineering and biology 
•  Improve the process of genetic engineering 
•  Most have the scope of engineering an individual biosynthetic pathway 
•  Metabolic engineering as simplest form of synthetic biology 
 
•  Engineering of whole metabolisms, regulatory networks, and even ecosystems 

---