The platon crystallographic package

Molecular geometry and other tools. 
10.11.18 - PLUTON
Molecular Graphics. Also used for the display of (intermediate) results, atom renaming and 
the introduction of HFIX-ed atoms.
10.11.19 - RELINK
Go to earlier context. See log-file. 
10.11.20 - SHELXL
Least-squares refinement on F^2. 
Current options are: ISO, ANISO, HATOMS, WEIGHTS and the number of refinement 
cycles (default = 5 cycles). 
Example: SHELXL ISO 3 
Alternatively, SHELXL ISO 0 will provide a difference map that can be used in the cycle of 
model completion as an alternative for EXOR and EXORS. 
10.11.21 - SHELXS86
Alternative for the lastest SHELXS (SHELXS86 occasionally solves structures that turn out 
to be more difficult with the latest version). 
10.11.22 - SHELXS
Default (Current version SHELXS-97-2) (I.e. fast) choice for the phase determination of 
light atom structures 
10.11.23 – SIR97 & SIR2004
SIR97 provides an excellent alternative for SHELXS. It is slower but often gives results with large 
poorly reflecting (low resolution) data sets. 
10.11.24 - SPGR
By default, a list of space groups consistent with the current lattice, Laue symmetry and 
systematic extinctions is presented with an indication of a plausible first choice. 
10.11.25 - TRMX/TRNS
Transformation matrix (direct axes) for the transformation of the supplied reflection data to 
the desired lattice. By default, a selection may be done from a list of possibilities
10.11.26 - Z
Z times FORMULA should specify the unit cell content. Z is not necessarily equal to the 
number of symmetry operations. It can be more or less. 
The Default (Return) will suggest a suitable value (to be confirmed or overruled) giving 
reasonable density and volume-per-atom values. 

---

Chapter 11 – HOW TO - Solutions 
Most How-Do's below will refer back to appropriate sections in this document in order to 
avoid too much repetition.  
11.1 - How to Run Structure Validation with PLATON
11.2 - How to do an Exhaustive Geometry Calculation and Listing
−
Terminal window instruction: platon -c name.cif . The result is in name.lis & 
name.lps.
−
Terminal window instruction: platon name.cif.  Click in main menu 'CALC ALL'. 
The result is in name.lis & name.lps.
See Appendix-VI for an explanation of the content of the listing file
11.3 - How to Prepare a default ORTEP plot 
−
Terminal window instruction: platon -a name.cif.  The result is on the display 
screen.
−
Terminal window instruction: platon -O name.cif. The result is in file name.ps.
−
Terminal window instruction: platon name.cif. Click in main menu  'ORTEP'. 
11.4 - How to Look for Missed or Pseudo Symmetry
11.5 - How to Search for Voids in a Structure
11.6 - How to Run SQUEEZE
11.7 - How to Fit two Molecules
11.8 - How to Make and Manipulate Contoured (Difference) Maps
11.9 - How to Transform Reflection Data Including Direction Cosines
 
Information on the PLATON HKLF4  transformation tool can be found in Section 1.3.7.6.
11.10 - How to Apply the Same Instruction on the Entries of a Multi-Entry CIF.
 

---

Chapter 12 – Frequently Asked Questions
 
Issues that are not addressed as HOW-DO's in Chapter 11 are treated in this chapter. Many 
answers will point back to sections in this manual to avoid too much repetition.
Why do the values of bond distances and bond angles calculated  by PLATON  differ  
sometimes in the last reported decimal from those reported by SHELXL ?
The difference is the effect of rounding. Distances and angles calculated by SHELXL are 
based on the unrounded coordinates available within SHELXL. Distances and angles 
calculated by PLATON are based on the rounded coordinates as reported in the SHELXL 
created CIF.
Why is there sometimes a difference between the symmetry codes for hydrogen bonds  
calculated by SHELXL as opposed to those reported by PLATON ?
PLATON uses a set of standardized symmetry operators that might differ from those 
available in SHELXL (either user supplied or created internally by inversion). In particular, 
SHELXL does not standardize the translational part of symmetry operations to be in the 
range 0 to 1. 
Why is there a slight difference between the s.u.'s reported by SHELXL and those reported  
by PLATON ? 
Standard uncertainties reported by SHELXL are based on the full covariance matrix that is 
available from the least squares refinement. PLATON has only access to the parameter 
variances reported in the CIF. Differences are generally small.
Why are there label format restrictions ?
PLATON was designed (1980) to work with SHELX76 that had only up to four character 
labels. In addition, labels are interpreted to find out the atom type that is used for sorting and 
geometry analysis. Also, for geometry tables and molecular graphics, short and clean labels 
might be preferable. In order to add some flexibility the concept of label aliases was 
implemented. Labels that do not fit in the PLATON regime are given a temporary label that 
fits in the regime. Original labels are listed and shown wherever possible.
Why does PLATON transform my I2/a structure to standard C2/c ?
There are many pro's and con's for either the standard setting C2/c or the I2/a setting with a 
closer to 90 degrees beta angle. Some are historical such as parameter correlation in non-full 
matrix least squares refinement. The default in PLATON (e.g. ADDSYM) is the standard 
setting. However, this can be overruled with the KEEP instruction.

---