The platon crystallographic package


- SAVE INSTRUCTIONS Toggle



Yüklə 5,01 Kb.
Pdf görüntüsü
səhifə35/74
tarix04.12.2017
ölçüsü5,01 Kb.
#13755
1   ...   31   32   33   34   35   36   37   38   ...   74

FDAT file. 
1.4.10.23 - SAVE INSTRUCTIONS Toggle
Toggle for activating the saving of the next instructions that are issued for the first structure 
up to the END instruction to be reused on all subsequent entries in a multi-entry CIF. 
PLATON can be run on multiple entry CIF and FDAT files originating from a CSD Search. 
An END instruction loads the next entry from the FDAT file. An instruction sequence is 
terminated by clicking on END (or by typing END). E.g. in order to examine a set of 
entries: 
Click 'SAVE-InstrS'
Click 'ORTEP/ADP'
Click 'END'
Click 'END'
(etc) 
1.4.10.24 - ENTRY Listing for Multiple entry file (e.g. FDAT, CIF)
Clicking on the Menu Option ENTRY LIST or with the keyboard instruction ENTRY a listing of 
all entries in a CIF or FDAT file will be presented. Specific datum entries can be selected either by 
clicking on  that item or as keyboard instructions with their sequence number or by name.
Examples: 
ENTRY 3 
ENTRY SUKCUC 
1.4.10.25 - RESET & END BUTTON
Clicking on RESET will initialize for the current dataset (or entry). This feature is useful in 
cases where previous calculations disallow the subsequent invocation of other calculations 
that are currently displayed in 'blue' on the PLATON main menu. Clicking on END skips to 
the next entry or terminates the calculations for the last entry on the input file. 
1.4.11 – PLATON SUB-MENU #1
1.4.11.2 - MaxRingSize
By default, rings up to a size of 24 members are identified automatically in a structure and 
analyzed. This number can be limited to 6 by clicking on this button. Note: The maximum 
default ring size is reduced automatically to 6 in case of more than 250 atoms or in case of 
disorder to avoid massive output. Alternatively, the ring size can be limited to the desired 
value on the CALC INTRA command: Example: CALC INTRA MAXRING 10 
1.4.11.3 - MaxNumRing Toggle
By default, the maximum number of rings per residue searched for is 25. The toggle raises 
this number to 1025. 


1.4.11.4 - D-H .. H-A Bond Toggle
This toggle allows for the search for H-Bonds includes 'di-hydrogen bonds' (i.e. N-H .. H-B) 
together with classical H-Bonds. 
1.4.11.5 -AUTO RENUM
Atoms are relabeled automatically according a topological scheme based on the 'tnr' 
numbers shown in the PLATON/CALC listing.
 
1.4.11.6 - INCLUDE DISORDER CONTACTS Toggle
Toggle to include/exclude disorder contacts. 
1.4.11.7 - TMA-HINCL Toggle
Toggle for the inclusion of anisotropic H-atoms in TMA analysis. 
1.4.11.8 - AltLablPack
Alternative (Internal) label packing scheme to handle labels of the type H159'. This is a 
rarely needed feature.
1.4.11.9 - SHELXL ATWT
By default (shown RED) the  Molecular Weight data for atoms compatible with those in 
SHELXL97 are used. The main difference is the number of decimals for the atomic weight 
of Hydrogen that is limited in SHELXL as compared to the official value.
1.4.11.10 - (UAE)WLSPL
The default weighting of atoms determining the least-squares planes is UNIT. Alternatives 
are weighting based on Atomic weight or s.u. 
1.4.11.11 - ExclDisOper Toggle
(Off/On) Toggle for the exclusion of disorder operations. E.g. Toluene disordered over 
symmetry element. 
1.4.11.12 - DirCos Toggle  
Toggle for the inclusion of direction cosines on the .hkp output file after correction for 
absorption. This feature may be useful for further inspection/correction of non-absorption 
systematic errors in the data with (semi)empirical correction techniques. 
1.4.11.13 - CheckDirCos Toggle
Toggle to switch on/off direction cosine checking. The keyboard instruction record option 
NOCHECK has the same effect. Example: CALC ABST NOCHECK 


1.4.11.14 - SORT ATOM Toggle
By default, the atom list is sorted on the atom type and the numerical value in the label. 
Heavy atoms will come first with hydrogen atoms at the end. Atom sorting will be ON 
(RED) by default. Atom sorting will be skipped when this feature is OFF (WHITE).
1.4.11.15 - DEBUG Toggle
Debug Output Toggle 
 
1.4.11.16 - Window Size
Window size setting. Preset Fractions 0.25, 0.50, 0.75 1.00.Alternatively: keyboard 
instruction 'SET WINDOW fraction'. E.g. SET WINDOW 0.9
 
1.4.11.17 - CoordRadDef
By default, the maximum distance for the calculation on the coordination geometry about an 
atom is 3.6 Angstrom. Clicking in one of the sub-menu boxes will change the default value 
to 3.0, 4.0, 5.0 or 6.0 Angstrom. The current value is displayed in the message window at 
the bottom of the display window.
1.4.11.18 - Uiso-H-Radius Toggle
By default, H stoms will be represented with a small sphere in an ORTEP presentation. 
Clicking on this option will change this into a sphere with a radius related to Uiso. 
 
1.4.11.20 - MinDistCrit 
'Q-peaks' at a distance shorter than a preset distance to a neighbor are deleted from the input 
for clarity. By default this distance is 1.0 Angstrom. The clicking positions give (from left to 
right) 0.00, 0.25, 0.50, 0.75 & 1.0 Angstrom.
 
1.4.11.22 - SET TOLM
Intramolecular molecular distances are considered 'bonds' when their separation is less than 
the sum of the covalent radii of the  partaking atoms plus of tolerance (TOLA + TOLM). 
TOLA applies to all distances and TOLM for Metal-Metal distances only. TOLA can be 
changed to the values 0.0, 0.2, 0.4, 0.6 respectively by clicking in the appropriate box (see 
section 1.4.11.23). TOLM can be changed to the values -0.4, -0.2 0.0 0.2 respectively by 
clicking in the appropriate box. The default TOLA value = 0.4 Angstrom [PAR(2)]. The 
default TOLM value = -0.4 Angstrom [PAR(27)]. The current values are displayed in the 
message window at the bottom of the display. A prior 'RESET' will be needed when clicking 
has no effect. 
1.4.11.23 - SET TOLA
Intramolecular molecular distances are considered 'bonds' when their separation is less than 


Yüklə 5,01 Kb.

Dostları ilə paylaş:
1   ...   31   32   33   34   35   36   37   38   ...   74




Verilənlər bazası müəlliflik hüququ ilə müdafiə olunur ©genderi.org 2024
rəhbərliyinə müraciət

    Ana səhifə