The platon crystallographic package

3.5.24 - GEOM atom-name 
Interactive calculation of geometry around atom, i.e bond distances and bond angles. 
3.5.25 - HELP 
(ALL/BOX/BWC/COLOUR/DATA/GEOMETRY/GRAPHICS/INCLUDE/JOIN/ 
LABEL/LIMITS/LIST/MOLES/PLOT/RADII/SEGMENT/SIZE/ STYLE/SPGR/VIEW) 
This gives on-line help on the specified type of instructions. In particular HELP GRAPHICS 
will inform on the way the graphics is implemented. HELP SPGR gives a listing of all the 
space group names known to the program. HELP ALL gives the full list of available 
instructions. 
Example: HELP STYLE 
3.5.26 - INCLUDE atom-names/atom-types/ALL/NONE/ORIG/*/& 
Include the specified atoms in the atom list. See EXCLUDE. 
3.5.27 - INORG 
I
nstruction modifies defaults to suitable values for inorganic compounds. 
3.5.28 - JOIN (RADII (UNIQUE (EXPAND)) (NOMOVE) (TOLE tole[0.7]) (TOL tol[0.2])/
(atom-type1 r1 atom-type2 r2 ...)) 
A PLOT instruction that, since the start of the program or after a RESET, was not preceded 
by any JOIN instruction will automatically invoke the execution of a JOIN RADII UNIQUE 
EXPAND instruction. This automatically produces a list of connections, an ARU-list and an 
atom list for the possibly symmetrical molecule(s) in the structure, based on internal 
covalent atomic radii. All distances between two, possibly symmetry transformed, atoms 
less than the sum of the covalent radii for the two atoms plus a tolerance (by default tol = 
0.2 Angstrom per atom) will be entered in the connection list and related changes or 
additions are made to the molecule and atom lists. Atoms are moved (unless NOMOVE 
disables it to do so) to symmetry-equivalent positions in order to form connected fragments. 
If the molecule has symmetry coincident with space group symmetry operators and only the 
asymmetric coordinate set supplied, the program will look for connections between the 
symmetry-related portions of the molecule. This involves the generation of dummy atoms 
and modification of the molecule list as well so that the PLOT instruction will show the 
complete molecule. The radii used for the automatic JOIN instruction can be inspected with 
the LIST TYPES instruction. The user may override this automatic feature by explicitly 
specifying the required JOIN instruction(s) before the first PLOT instruction. When the 
EXPAND sub-keyword is left out the molecules will not be fully symmetry expanded as is 
needed for molecules exceeding threefold site symmetry. Symmetry is not taken into 
account when in addition to this the UNIQUE sub-keyword is left out so that the user is held 
responsible to provide the correct set of atomic coordinates assumed to be already in 
bonding distance. Also the atomic radii used may be changed by their explicit specification: 
JOIN RADII C 0.85 BR 1.35 H 0.4 

---

This will find all C-C bonds less than 1.7, C-H less than 1.25 and C-Br less than 2.2 
Angstrom. Tolerance values are not added to explicitly specified radii. 
The ARU list is reset to the input set before entering the connection search routine when a 
JOIN RADII instruction is read and the connection list is also emptied. 
The TOL sub-keyword may be used to change the value of tol to be used along with the 
radii drawn from the internal tables (see Appendix V). The single keyword instruction JOIN 
is equivalent with the expanded form JOIN RADII UNIQUE EXPAND. 
When appropriate an additional 0.7 Angstrom is added to the tolerance value in the 
automatic radii mode to catch (earth-) alkali to non-metal contacts. 
3.5.29 - JOIN RADII INTER (HBONDS) (EXPAND) (TOL tol)/ (atom-type1 r1 atom-type2 r2 
..) 
To generate intermolecular connections (e.g. Hydrogen bonds), the keyword INTER must 
follow RADII. This also involves generating dummy atoms and modifying the molecule list 
so that a subsequent plot will show several molecules unless the list is changed by a 
MOLES or PACK instruction. 
Example: JOIN RADII INTER N 1.5 
would form the unique molecule first and then find all potential hydrogen bonding 
interactions between nitrogen atoms less than 3 Angstrom. Alternatively, the sub-keyword 
HBONDS may be used for which only H to acceptor contacts are generated: 
JOIN RADII INTER HBONDS 
For JOIN RADII INTER, the molecule list is reset to the list generated by a previous JOIN 
RADII UNIQUE; the connection list remains at the current setting and the intermolecular 
connections are added to the list as they are found. 
When no explicit radii are given on a JOIN RADII INTER card the program will use radii 
equal to the covalent radii + 0.8 + tol. When only part of the inter radii is specified it is 
implied that the radii for the remaining atom types is to be set to zero. The instruction JOIN 
HBONDS is equivalent to the expanded form JOIN RADII INTER HBONDS. 
3.5.30 - JOIN atom-name TO atom-names (aru) 
The first atom on the JOIN card is joined to each of the others. 
Example: JOIN Mn1 TO C1 C2 C3 C4 
3.5.31 - JOIN atom-names/atom-types 
This instruction sets up connections explicitly, adding them to those already existing. Each 
atom is to be joined to the one preceding it and the one following it in the list. Thus to draw 
a benzene ring with atoms C1, C2, C3, C4, C5 and C6: 
JOIN C1 C2 C3 C4 C5 C6 C1 
3.5.32 - JOIN DASH atom-name1 atom-name2 (radius nlines) 

---

Option for dashed bonds. 
3.5.33 - JOIN NONE/INTRA 
A JOIN INTRA instruction deletes intermolecular connections (those generated by JOIN 
RADII INTER), leaving only intramolecular bonds, including those between symmetry-
related parts of a molecule (generated by JOIN RADII UNIQUE). 
JOIN NONE empties the connection list. 
3.5.34 - LABEL atom-name1 (aru) (atom-name2 (aru) (...))/atom-type1 (aru).. 
The specified atoms are added to the current list of atoms to be labelled. The program tries 
to find a suitable position for the label close to the atom giving minimum overlap by other 
plot items. The sub-keyword MOLES causes the symmetry code of the molecules to be 
plotted against the first atom of each molecule. 
Examples: 
     LABEL Cu N O
     LABEL C1 C2 C3 N4 C5
     LABEL ARU
     LABEL ALL
     UNLABEL *
The effect of successive LABEL instructions is cumulative. 
3.5.35 - LABEL (ON/OFF) (ALL/NONE) (ATOMS) (ARU) (UNITCELL) ((NO)
PARENTHESES) (FULL/NUM) 
These label instructions are global. The ALL sub-keyword gives labelling of all atoms and is 
undone with UNLABEL ALL. ON and OFF have the same effect. Atom labels may be 
plotted with or without (default) parentheses. 
3.5.36 - LIST/INFO (ATOMS) (BONDS) (LINES) (MATR) (ARU) (STATUS) (TYPES) 
(GRAPHICS) 
This causes some of the lists held by the program to be displayed for inspection. The same 
lists are sent automatically to the trailer output file when a PLOT instruction is executed. 
The ATOMS option gives a list of the input atoms together with any dummy atoms 
generated by a JOIN instruction. For each atom, the coordinates and atom radius are shown, 
together with flags to show whether the atoms are currently included and/or to be labelled. 
BONDS list all the (active) connections currently held with their distance and plot style 
parameters. 
LINES lists the information set up by RADII BONDS instructions. 
MATR gives the current orientation matrix and the three decomposition angles to 
reconstruct this orientation with a VIEW UNIT XROT xr YROT yr ZROT zr instruction. 

---