The platon crystallographic package

3.5 - PLUTON Keyboard Instruction Summary
The order of data input and instructions is fairly flexible. However, CELL, SPGR (or LATT 
and SYMM) or ANGSTROM data, if any, and atomic coordinate data should preceed any 
PLOT or qualifier instruction. CELL and SPGR (or LATT and SYMM) must come before 
ATOM. The order and number of content, style and viewpoint instructions is completely 
flexible, except for that all desired parameter values must be set before the next PLOT 
instruction. An interactive graphics session will consist of a repeated cycle of qualifier and 
PLOT instructions. The END line is the last instruction and may be used to finish the plot 
session in an orderly fashion (see also STOP and QUIT). 
By using the default settings associated with the chosen plot style (e.g. ROD) only a few of 
the available instruction types are absolutely required to produce a preliminary drawing of a 
structure. The absolute minimum input is a set of Angstrom coordinates, a PLOT instruction 
and END to stop the program. 
In the description of individual instructions below the following applies: 
- (Sub)keywords are in uppercase and user data in lower case. 
- Data in parentheses are optional. 
- Choices are separated by a slash. 
- Values in [] are default settings 
- Parentheses in atom names (on input) are ignored except for that Ag denotes the atom 
type and Ag() the individual atom in cases where no numerical part is associated with 
the label. 
-Lowercase input is automatically converted into uppercase characters except for the 
content of the TITL line that is left as is. 
3.5.1 - ANGLE atom-name1 atom-name2 atom-name3 
The angle between the three specified atoms with atom-name2 as apex is calculated. The 
three atoms are not necessarily bonded atoms, but should be present in the current atom list. 
This list can be inspected with a LIST ATOMS instruction. An individual angle may be 
calculated as an aid in the analysis of the geometry of the structure. Exhaustive geometry 
listings may be obtained with the companion program PLATON. (See also the GEOM 
instruction) 
Example: ANGLE C(2) O2 N(2) 
3.5.2 - ANGSTROM (scale [1.000]) 
The following data are in orthogonal Angstrom units after multiplication with 'scale'. The 
'scale' should be adequate in order to fit in the automatic connectivity search based on the 
build-in covalent radii. 
3.5.3 - ARU (color) (aru1 (aru2 ..) (resd) 
This instruction adds in a cumulative fashion asymmetric residue units (ARU's) to the list of 
ARU's to be drawn. It allows the user to have direct control over the list of residues to be 

---

drawn. This instruction is needed only when the automatic maintenance of this list with the 
JOIN RADII and/or PACK instructions is found to be not adequate. The ARU list may be 
inspected with the LIST ARU instruction. ARU's (e.g. aru1) are designated by a composite 
number (ARU) that may be split up into five parts: ARU = S*1000 + TX*100 + TY*10 + 
TZ + 555 + R*0.01, where S is the serial number of the symmetry operator (from the 
complete list to be inspected with a LIST SYMM instruction) to be applied to the input list 
of coordinates; TX, TY, TZ are the unit cell translations and R is the residue number. A 
negative sign of ARU means that the specified residue should not be drawn in the following 
plots, and may be used to eliminate residues temporarily from the list of residues to be 
plotted. This may useful in conjunction with the pack instruction. 
Often residue numbers are not explicitly indicated and the fractional part of ARU effectively 
set to zero. In this form the complete asymmetric structure unit (ASU) is meant. 
Example: ARU 3555 7564 -1555 
Example: ARU 3564.01 
Note: for packing reasons, the number of residues that can be coded is restricted to 9 with 
corresponding change in ARU coding. 
3.5.4 - ARU NONE/UNIQUE/INTER/RESTORE 
The effective ARU list is emptied with the NONE sub-keyword. (A LIST ARU will show 
that all ARU's now have negative values). The list is reset to what it was after a previous 
JOIN RADII UNIQUE or INTER instruction with the UNIQUE or INTER keywords 
respectively. A RESTORE sub-keyword resets all negative entries in the molecule list to 
their absolute value, so that they are active again. 
If the effective ARU list is empty when the PLOT instruction is read, a ARU 1555 
instruction will be executed automatically. 
Example: ARU NONE 
3.5.5 - BOX (ON/OFF[ON]) (SHRINK shr[90]) (RATIO ratio[1.333]) 
By default the drawing will be surrounded with a rectangular box outline. This setting may 
be changed with the ON and OFF sub- keywords. The structure is drawn with a shrinkage 
factor of 90 percent relative to the automatic scale factor that fits the drawing within the 
BOX-outline to provide a margin. This default percentage may be changed with the 
SHRINK shr option. This option may be also of use when a drawing which a non-default 
scale is required. The three numbers shown in the bottom right, top left and bottom left 
corner of the box are the cumulative rotation angles xr, yr and zr respectively. These 
numbers may be used to reconstruct this particular orientation in a later session directly 
from the default UNIT orientation via a VIEW UNIT XR xr YR yr ZR zr instruction. The 
default horizontal to vertical size ratio of the box is 4/3. A ratio of 1.0 results in a square 
box. 
Example: BOX RATIO 2 SHRINK 80 
3.5.6 - BWC TYPE atom-type bwc (atom-type bwc ...) 

---