Volume Editors Joan Cabestany

Table of Contents – Part II

XLVII

30. Microarrays

CBR System with Reinforce in the Revision Phase for the Classification

of CLL Leukemia . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

964

Juan F. De Paz, Sara Rodr´ıguez, Javier Bajo, and Juan M. Corchado

An Evolutionary Approach for Sample-Based Clustering on Microarray

Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

972

Daniel Glez-Pe˜

na, Fernando D´ıaz, Jos´

e R. M´

endez,

Juan M. Corchado, and Florentino Fdez-Riverola

EDA-Based Logistic Regression Applied to Biomarkers Selection in

Breast Cancer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

979

Santiago Gonz´

alez, Victor Robles, Jose Maria Pe˜

na, and Oscar Cubo

Oligonucleotide Microarray Probe Correction by FixedPoint ICA

Algorithm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

988

Raul Malutan, Pedro G´

omez, and Monica Borda

31. Cluster

Group Method of Documentary Collections Using Genetic

Algorithms . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

992

Jos´

e Luis Castillo S., Jos´

e R. Fern´

andez del Castillo, and

Le´

on Gonz´

alez Sotos

Partitional Clustering of Protein Sequences – An Inductive Logic

Programming Approach . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1001

Nuno A. Fonseca, Vitor S. Costa, Rui Camacho,

Cristina Vieira, and Jorge Vieira

Segregating Confident Predictions of Chemicals’ Properties for Virtual

Screening of Drugs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1005

Axel J. Soto, Ignacio Ponzoni, and Gustavo E. Vazquez

Efficient Biclustering Algorithms for Time Series Gene Expression Data

Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1013

Sara C. Madeira and Arlindo L. Oliveira

32. Pattern Recognition

Robust Association of Pathological Respiratory Events in SAHS

Patients: A Step towards Mining Polysomnograms . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1020

Abraham Otero and Paulo F´

elix

Population Extinction in Genetic Algorithms: Application in

Evolutionary Studies . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1028

Antonio Carvajal-Rodr´ıguez and Fernando Carvajal-Rodr´ıguez

---

XLVIII

Table of Contents – Part II

Tabu Search for the Founder Sequence Reconstruction Problem: A

Preliminary Study . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1035

Andrea Roli and Christian Blum

Visually Guiding and Controlling the Search While Mining Chemical

Structures . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1043

Max Pereira, V´ıtor Santos Costa, Rui Camacho, and

Nuno A. Fonseca

Analysing the Evolution of Repetitive Strands in Genomes . . . . . . . . . . . . 1047

Jos´

e P. Lousado, Jos´

e Luis Oliveira, Gabriela R. Moura, and

Manuel A.S. Santos

33. Systems Biology

A SIS Epidemiological Model Based on Cellular Automata on

Graphs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1055

Mar´ıa J.

Fresnadillo, Enrique Garc´ıa, Jos´

e E.

Garc´ıa,

´

Angel Mart´ın, and Gerardo Rodr´ıguez

A Critical Review on Modelling Formalisms and Simulation Tools in

Computational Biosystems . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1063

Daniel Machado, Rafael S. Costa, Miguel Rocha, Isabel Rocha,

Bruce Tidor, and Eug´

enio C. Ferreira

A Software Tool for the Simulation and Optimization of Dynamic

Metabolic Models . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1071

Pedro Evangelista, Isabel Rocha, Eug´

enio C. Ferreira, and

Miguel Rocha

Large Scale Dynamic Model Reconstruction for the Central Carbon

Metabolism of Escherichia coli . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1079

Rafael S. Costa, Daniel Machado, Isabel Rocha, and

Eug´

enio C. Ferreira

34. Bioinformatic Applications

Intuitive Bioinformatics for Genomics Applications: Omega-Brigid

Workflow Framework . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1084

David D´ıaz, Sergio G´

alvez, Juan Falgueras, Juan Antonio Caballero,

Pilar Hern´

andez, Gonzalo Claros, and Gabriel Dorado

Current Efforts to Integrate Biological Pathway Information . . . . . . . . . . . 1092

Daniel Glez-Pe˜

na, Rub´

en Dom´ınguez, Gonzalo G´

omez-L´

opez,

David G. Pisano, and Florentino Fdez-Riverola

---

Table of Contents – Part II

XLIX

BioCASE: Accelerating Software Development of Genome-Wide

Filtering Applications . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1097

Rosana Montes and Mar´ıa M. Abad-Grau

DynamicFlow: A Client-Side Workflow Management System . . . . . . . . . . . 1101

Pedro Lopes, Joel Arrais, and Jos´

e Lu´ıs Oliveira

Bayesian Joint Estimation of CN and LOH Aberrations . . . . . . . . . . . . . . . 1109

Paola M.V. Rancoita, Marcus Hutter, Francesco Bertoni, and

Ivo Kwee

Development of a Workflow for Protein Sequence Analysis Based on

the Taverna Workbench

R

Software . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1118

Mariana B. Monteiro, Manuela E. Pintado, Francisco X. Malcata,

Conrad Bessant, and Patr´ıcia R. Moreira

Automatic Prediction of the Genetic Code . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1125

Mateus Patricio, Jaime Huerta-Cepas, Toni Gabald´

on,

Rafael Zardoya, and David Posada

35. Phylogenetic

Computational Challenges on Grid Computing for Workflows Applied

to Phylogeny . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1130

Ra´

ul Isea, Esther Montes, Antonio J. Rubio-Montero, and

Rafael Mayo

ZARAMIT: A System for the Evolutionary Study of Human

Mitochondrial DNA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1139

Roberto Blanco and Elvira Mayordomo

A First Insight into the In Silico Evaluation of the Accuracy of AFLP

Markers for Phylogenetic Reconstruction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1143

Mar´ıa Jes´

us Garc´ıa-Pereira, Humberto Quesada, and

Armando Caballero

A Method to Compare MALDI—TOF MS PMF Spectra and Its

Application in Phyloproteomics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1147

Ignacio Ortea, Lorena Barros, Benito Ca˜

nas, Pilar Calo-Mata,

Jorge Barros-Vel´

azquez, and Jos´

e M. Gallardo

36. Proteins

A Screening Method for Z-Value Assessment Based on the Normalized

Edit Distance . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1154

Guillermo Peris and Andr´

es Marzal

---