Çoxsaylı bərabərləşdirmə

Cüt bərabərləşdirmə

İki ardıcıllığın oxşar sahələrinin tapılması üçün istifadə olunur. 2 bölməyə ayrılır:

1. 
   Qlobal
   
2. 
   Lokal
   

Qlobal bərabərləşdirmədə - ardıcıllıq sətir boyu (uzunluq boyu) homologiyasıdır.Qlobal bərabərləşdirmə özündə iki giriş ardıcıllığını əks elətdirir.

Lokal bərabərləşdirmə - həm qohum (homoloji), həm də qohum olmayan sahələri ardıcıllıqda əks etdirir.
Lokal bərabərləşdirmənin nəticəsi olaraq sahələr seçilir və hər ardıcıllıqda bu sahələr arasında bərabərləşdirmə aparılır.

Cüt bərabərləşdirmənin alınması üçün dinamiki proqramlaşdırmanin müxtəllif növlərindən istifadə olunur: qlobal bərabərləşdirmə üçün - Nidlman – Vunşa alqoritmi, lokal bərabərləşdirmə üçün – Smit-Vaterman alqoritimlərindən istifadə olunur.

Çoxluqlu bərabərləşdirmə

3 və daha artıq ardıcıllığın eyniləşdirilməsidir. Homoloji ardıcıllıqların konservativ hissələrinin tapılmasında istifadə olunur. Əksər hallarda, çoxsaylı eyniləşdirmə tərtib etmək üçün filogenetik ağacın yenidən qurulması tələb olunur. Dinamik proqramlaşdırma üsulu ilə optimal çoxsaylı bərabərləşdirmənin tapılması coxsaylı vaxt mürəkkəbliyinə malikdir, ona görə də çoxsaylı bərabərləşdirmə müxtəllif everestik bazalar üzərində qurulur. Çoxsaylı bərabərləşdirməni çoxsaylı məşhur proqramlar həyata keçirir. Bunlara misal olaraq: Clustal, T- COFFEE, MUSCLE, MAFFT.

Çoxsaylı bərabərləşdirmənin baxışı və düzəliş edilməsi üçün də proqramlar mövcuddur. Məsələn: Jalviev və rusdilli UGENE.
Axtarış alqoritmi

Böyük baza verilənlərinin ardıcıllıqlarının axtarışı üçün istifadə olunur, göstərilmiş kriteriya üzrə başqa ardıcıllıqlarla oxşarlığı qeyd olunur. Burada lokal bərabərləşdirmədən istifadə olunur. Axtarış sürətinin artırılması üçün müxtəllif everestik metodlardan istifadə olunur. Bunlardan ən geniş istifadə olunan – BLAST və FASTA3x proqramlarıdır.

Struktur bərabərləşdirmə

Zülallara və ribonuklein turşularına (RNT) tətbiq olunur. Burada məqsəd eyni sahələrin tapılması və uyğunlaşdırılmasıdır. Struktur bərabərləşdirmə adətən uyğun sahələrin eyniləşdirilməsi ilə müşahidə olunur. Struktur bərabərləşdirmə seçilmiş molekullara müsbət təsir göstərir. Bunun üçün bir çox proqramlar mövcuddur.

ATTGCAGTGTCGAGCGTCAGGCT

ATTGCGTCGATCGCACGCACGCT