Mavzu : Biologik ketma-ketliklarni ma`lumotlar bazalari bo`yicha taqqoslanishi uchun dasturlar

Filogenetik daraxtdan foydalanishga cheklovlar. O’ziga xos turlar genlar ketma-ketligi yoki butun genom asosida tuzilgan filogenetik daraxtlar evolyutsiya xaqida qandaydir tushuncha xosil qilsa ham ularda jiddiy cheklovlar mavjud. Filogenetik daraxtlar har doim ham (balki hech qachon) evolyutsiya jarayoni xaqida aynan aniq va to’liq tushuncha bermaydi. Cheklangan ma’lumotlar asosida tuzilgan filogenetik daraxtlar spetsifik yondashuvni talab etadi.
Genlarning gorizontal tashilishi hamda turlar orasidagi gibridlanish evolyutsiyani tavsiflash uchun daraxtlarni qo’llashni qiyinlashtiradi. Bir qator evolyutsion jarayonlar tadqiq etilayotgan gurux rivojlanishida muxim o’rin tutganida nisbatan murakkab usullar, masalan filogenetik to’rni qo’llash maqsadga muvofiqdir.
Evolyutsiya jarayonida nobud bo’lgan turlar filogenetik daraxtga kiritilganida ular daraxtning yakuniy nuqtasi xisoblanadi, chunki ularning hozirda mavjud turlar to’g’ridan –to’g’ri ajdodi bo’lish extimoli juda kichkina.

Xulosa
Bioinformatika fanidan “ Biologik ketma-ketliklarni ma`lumotlar bazalari bo`yicha taqqoslanishi uchun dasturlar “ mavzusida berilgan kurs ishida quyidagi ma`lumotlar o`rganildi :

1. 
   Biologik ketma-ketliklar haqida ma`lumotlarga ega bo`lindi;
   
2. 
   Biologik ketma-ketliklar nukleotid va aminokislotalarga ajratilgan holda tahlil qilindi;
   
3. 
   Nukleotidlar ketma-ketliklar ma`lumotlari bazalaridan GenBank, DDBJ,EMBL va boshqalar o`rganib chiqildi.
   
4. 
   Aminokislotalar ketma-ketliklari bo`yicha PDB,UniProt dasturlari o`rganib chiqildi.
   

Kurs ishida biologik ketma-ketliklarni o`zaro taqqoslashda foydalanilgan dasturlar to`g`risida ma`lumotlar turli manbalar, elektron darsliklar, saytlar hamda shu kabi manbalardan ma`lumotlar yig`ildi, o`rganib chiqildi va amaliyotda ushbu dasturlardan foydalanish va ulardan ma`lumotlar olish amlda sinab ko`rildi.

Foydalanilgan adabiyotlar ro`yxati

1. 
   UCSC -dagi yuklab olish sahifasida " NCBI GenBank ma'lumotlaridan foydalanish yoki tarqatishda hech qanday cheklovlar qo'ymaydi. Biroq, ba'zi topshiruvchilar o'zlari taqdim etgan ma'lumotlarning hammasi yoki bir qismi uchun patent , mualliflik huquqi yoki boshqa intellektual mulk huquqlarini talab qilishlari mumkin. NCBI. bunday da'volarning to'g'riligini baholash imkoniyatiga ega emas va shuning uchun GenBankdagi ma'lumotlardan foydalanish, nusxalash yoki tarqatish bo'yicha izoh yoki cheklovsiz ruxsat bera olmaydi."
   
2. 
   Benson D; Karsh-Mizrachi, I.; Lipman, DJ; Ostell, J.; Wheeler, DL; va boshqalar. (2008). "GenBank" . Nuklein kislotalar tadqiqoti . 36 (Ma'lumotlar bazasi): D25–D30. doi : 10.1093/nar/gkm929 . PMC 2238942 . PMID 18073190 .
   
3. 
   Benson D; Karsh-Mizrachi, I.; Lipman, DJ; Ostell, J.; Sayers, EW; va boshqalar. (2009). "GenBank" . Nuklein kislotalar tadqiqoti .