Oliy talim, fan va innovatsiyalar vazirligi urganch davlat universiteti tabiiy va qishloq xo

Adabiyotlar sharhi
Ma'lumotlar bazasi 1982 yilda Valter Goad va Los Alamos milliy laboratoriyasi tomonidan boshlangan . GenBank biologik sohalardagi tadqiqotlar uchun muhim ma'lumotlar bazasiga aylandi va so'nggi yillarda har 18 oyda ikki baravar ko'payib, eksponentsial sur'atda o'sdi
2021-yil fevral oyida ishlab chiqarilgan 242.0 relizida 2 milliarddan ortiq ketma-ketlikda 12 trilliondan ortiq nukleotid asoslari mavjud. GenBank alohida laboratoriyalardan toʻgʻridan-toʻgʻri taqdim etish, shuningdek, keng koʻlamli sekvensiya markazlaridan ommaviy taqdimotlar asosida qurilgan.
enBankga faqat original ketma-ketliklarni topshirish mumkin. To'g'ridan-to'g'ri topshirishlar GenBankga Internetga asoslangan BankIt yoki mustaqil yuborish dasturi Sequin yordamida amalga oshiriladi. Taqdim etilgan ketma-ketlikni olgandan so'ng, GenBank xodimlari ma'lumotlarning originalligini tekshiradi va ketma-ketlikka kirish raqamini belgilaydi va sifatni tekshirishni amalga oshiradi. Taqdim etilgan ma'lumotlar ommaviy ma'lumotlar bazasiga chiqariladi, u erda yozuvlar Entrez tomonidan olinadi yoki FTP orqali yuklab olinadi . Expressed Sequence Tag (EST), Sequence-tagged sayt (STS), Genom Survey Sequence (GSS) va High-Throughput Genom Sequence- ning ommaviy yuborilishi(HTGS) ma'lumotlari ko'pincha keng ko'lamli ketma-ketlik markazlari tomonidan taqdim etiladi. GenBank to'g'ridan-to'g'ri topshirish guruhi to'liq mikrobial genom ketma-ketligini qayta ishlaydi.
Los Alamos Milliy Laboratoriyasining (LANL) nazariy biologiya va biofizika guruhidan Valter Goad va boshqalar 1979 yilda Los Alamos ketma-ketligi ma'lumotlar bazasini yaratdilar, bu 1982 yilda ommaviy GenBankning yaratilishi bilan yakunlandi. Moliyalashtirish Milliy Sogʻliqni saqlash institutlari , Milliy fan jamgʻarmasi, Energetika departamenti va Mudofaa vazirligi tomonidan taqdim etilgan. LANL GenBankda Bolt, Beranek va Newman firmalari bilan hamkorlik qildi va 1983 yil oxiriga kelib unda 2000 dan ortiq ketma-ketliklar saqlangan.
1980-yillarning o'rtalarida Stenford universitetidagi Intelligenetics bioinformatika kompaniyasi LANL bilan hamkorlikda GenBank loyihasini boshqargan. Internetdagi eng dastlabki bioinformatika hamjamiyat loyihalaridan biri sifatida GenBank loyihasi biosentlar oʻrtasida ochiq muloqotni targʻib qilish uchun BIOSCI /Bionet yangiliklar guruhlarini ishga tushirdi . 1989 yildan 1992 yilgacha GenBank loyihasi yangi tashkil etilgan Milliy Biotexnologiya Axborot Markaziga o'tdi .
162.0 (2007 yil oktabr) nashri uchun GenBank reliz eslatmalarida "1982 yildan hozirgi kunga qadar GenBank bazalari soni har 18 oyda taxminan ikki baravar ko'paygan" deyiladi. 2019-yil 15-iyun holatiga koʻra , GenBank relizi 232.0 213.383.758 ta joylashuv, 329.835.282.370 ta bazaga ega boʻlib, 213.383.758 ta xabar qilingan ketma-ketliklardan iborat.
GenBank ma'lumotlar bazasi asosiy ketma-ketlik ma'lumotlarini to'plashdan mexanik ravishda tuzilgan qo'shimcha ma'lumotlar to'plamlarini o'z ichiga oladi va shuning uchun bu hisobdan chiqarib tashlanadi.
Biotexnologiya ma'lumotlari milliy markazi (NCBI BLAST) mahalliy moslashuvni qidirish vositasi (NCBI BLAST) yordamida qidirilishi mumkin bo'lgan ommaviy ma'lumotlar bazalarida shtammlarning ko'rib chiqilgan ketma-ketligi va tur bo'lmagan shtammlar ketma-ketligi mavjud emas. Boshqa tomondan, tijorat ma'lumotlar bazalarida yuqori sifatli filtrlangan ketma-ketlik ma'lumotlari mavjud bMasalan, 1970-80 yillarda ishlatilgan DNKning sekvensiyalash usullari qo'lda qo'llanilgan Maksam-Gilbert ketma-ketligi va Sanger ketma-ketligi. Bir necha butun bakteriofag va hayvonlarning virusli genomlari ushbu usullar bilan tartiblangan, ammo 1990-yillarda tezroq, avtomatlashtirilgan sekvensiya usullariga o'tish katta bakterial va eukaryotik genomlarning ketma-ketligini osonlashtirdi.
Butun genomini tartiblashtirgan birinchi organizm bu edi Gemofilus grippi 1995 yilda. Undan keyin boshqa bakteriyalarning genomlari va ba'zilari arxey birinchi navbatda, asosan, ularning kichik genom hajmi tufayli. H. grippi 1,830,140 bazaviy juft DNK genomiga ega. Farqli o'laroq, eukaryotlar, ikkalasi ham bir hujayrali va ko'p hujayrali kabi Amoeba dubia va odamlar (Homo sapiens ) navbati bilan ancha katta genomlarga ega (qarang) S qiymati paradoksi ). Amoeba dubia 700 milliard genomga ega nukleotid juftliklar minglab kishilarga tarqaldi xromosomalar. Odamlarda kamroq bo'ladi nukleotid juftlik (har birida taxminan 3,2 mlrd jinsiy hujayralar - inson genomining aniq hajmi hali ham qayta ko'rib chiqilayotganiga e'tibor bering) nisbatan A. dubiya ammo ularning genom kattaligi alohida bakteriyalarning genom kattaligidan ustundir.
Birinchi bakterial va arxeologik genomlar, shu jumladan H. grippi, tomonidan tartiblangan Miltiqni ketma-ketligi. 1996 yilda birinchi ökaryotik genom (Saccharomyces cerevisiae ) ketma-ketligi S. cerevisiae, a model organizm yilda biologiya atigi 12 million atrofida genomga ega nukleotid juftliklar, va birinchi bo'ldi bir hujayrali eukaryot butun genomini tartiblash uchun. Birinchi ko'p hujayrali eukaryot va hayvon, uning butun genomini ketma-ketligini yaratish edi nematod qurt: Caenorhabditis elegans 1998 yilda. Eukaryotik genomlar ketma-ketlikda, DNKning qisqa parchalarini miltiq sekvensiyasi va undan kattaroq DNK klonlarini sekvensiyalash kabi bir necha usullar bilan ketma-ketlashtiriladi. DNK kutubxonalari kabi bakterial sun'iy xromosomalar (BAC) va xamirturushli sun'iy xromosomalar (YAC).
1999 yilda insonning butun DNK ketma-ketligi xromosoma 22, eng past odam autosome, nashr etildi. 2000 yilga kelib, ikkinchi hayvon va ikkinchisi umurtqasizlar (hali birinchi hasharotlar ) genom ketma-ketligi - mevali chivin Drosophila melanogaster - eksperimental tadqiqotlarda taniqli model model.Birinchi o'simlik genom - bu namunali organizm Arabidopsis talianasi - shuningdek, 2000 yilgacha to'liq ketma-ketlikda edi. 2001 yilga kelib, butun inson genomlari ketma-ketligining loyihasi nashr etildi. Laboratoriya sichqonining genomi Muskul mushak 2002 yilda qurib bitkazilgan.
2004 yilda, Inson genomining loyihasi inson genomining to'liq bo'lmagan versiyasini nashr etdi. 2008 yilda Gollandiyaning Leyden shahridan bir guruh birinchi ayol genomining sekanslanishi haqida xabar berdio'lsa-da, cheklangan miqdordagi mos yozuvlar ketma-ketligi mavjud.
Journal of Clinical Microbiology da chop etilgan maqolada GenBank bilan tahlil qilingan 16S rRNK genini ketma- ketlashtirish natijalari EzTaxon -e va boshqa erkin foydalanish mumkin boʻlgan, sifati nazorat qilinadigan, internetga asoslangan ommaviy maʼlumotlar bazalari bilan birgalikda baholangan. BIBI maʼlumotlar bazalari. Natijalar shuni ko'rsatdiki, EzTaxon -e (kappa = 0,79) bilan birgalikda GenBank yordamida o'tkazilgan tahlillar GenBank (kappa = 0,66) yoki boshqa ma'lumotlar bazalarini ishlatishdan ko'ra ko'proq diskriminativ edi.
Umumiy ma'lumotlar bazasi bo'lgan GenBank ma'lum bir turga noto'g'ri tayinlangan ketma-ketlikni o'z ichiga olishi mumkin, chunki organizmning dastlabki identifikatsiyasi noto'g'ri. Yaqinda Genome jurnalida chop etilgan maqola mitoxondrial sitoxrom c oksidaza I subbirliklari ketma-ketligining 75% baliq Nemipterus mezoprionga noto'g'ri tayinlanganligini ko'rsatdi, buning natijasida dastlab noto'g'ri identifikatsiya qilingan shaxslar ketma-ketligidan foydalanish davom etgan. Mualliflar noto'g'ri ilmiy nomlar bilan ommaga ochiq ketma-ketliklarni keyingi tarqatmaslik bo'yicha tavsiyalar beradi.

1.