Oliy talim, fan va innovatsiyalar vazirligi urganch davlat universiteti tabiiy va qishloq xo

Filogenetik daraxtlarning qurilishi
BLAST turli organizmlar yoki genlar o'rtasidagi evolyutsion munosabatlarni aks ettiruvchi filogenetik daraxtlarni qurish uchun ishlatilishi mumkin.BLAST yordamida topilgan ketma-ketliklar orasidagi o'xshashliklar o'xshashlik matritsasini hisoblash va mos algoritmlar yordamida filogenetik daraxtlarni qurish uchun ishlatilishi mumkin.BLAST saqlangan va saqlanib qolgan motivlarni ketma-ketlikda tahlil qilishga yordam beradi.
Ketma-ketlikni ma'lum motivlar yoki naqshlarning ma'lumotlar bazalari bilan taqqoslash orqali evolyutsiya orqali saqlanib qolgan va muayyan funktsiyalar yoki xususiyatlar bilan bog'liq bo'lishi mumkin bo'lgan umumiy elementlar va tuzilmalarni aniqlash mumkin.
BLAST ko'plab boshqa maqsadlarga ega va ularni muayyan vazifalar va talablar uchun sozlash mumkin. U biologik ketma-ketlikni tahlil qilish uchun kuchli vosita bo'lib, tadqiqotchilarga farazlarni ishlab chiqish, xulosalar chiqarish va biologik ma'lumotlar haqidagi tushunchamizni kengaytirishga yordam beradi.
BLAST (Asosiy Local Alignment Search Tool) bioinformatikada DNK, RNK va oqsil ketma-ketligini solishtirish uchun foydalaniladigan dasturiy vositadir. BLAST biologiya va tibbiyotning turli sohalarida keng qo'llanilishiga ega. BLAST ilovalariga ba'zi misollar:
Gomologik genlar va oqsillarni identifikatsiya qilish: BLAST yangi ketma-ketliklarni gen va oqsil ma'lumotlar bazalari bilan taqqoslash, ularning allaqachon ma'lum bo'lgan ketma-ketliklarga o'xshashligini aniqlash imkonini beradi. Bu gomologik genlar yoki oqsillarni aniqlashga va ularning funktsiyasi va evolyutsion munosabatlarini aniqlashga yordam beradi.
BLAST genomlarga izoh berish, ya'ni organizm genomidagi genlarning funktsiyalarini aniqlash uchun ishlatilishi mumkin. Genomik ketma-ketliklarni ma'lumotlar bazalari bilan taqqoslash oqsil kodlovchi genlarni aniqlash, shuningdek, noma'lum genlarning allaqachon ma'lum genlarga o'xshashligi asosida funktsiyalarini bashorat qilish imkonini beradi.
Evolyutsion munosabatlar tahlili: BLAST turli organizmlar va turlar o'rtasidagi evolyutsion munosabatlarni o'rganish uchun ishlatiladi. Genomlar yoki oqsillar ketma-ketligini taqqoslash organizmlar o'rtasidagi o'xshashlik va munosabatlar darajasini aniqlashga, shuningdek evolyutsiya va divergentsiya jarayonlarini o'rganishga imkon beradi.
Konservalangan hududlar misollarini topish: BLAST turli organizmlarda saqlanib qolgan funktsional domenlar yoki motivlar kabi ketma-ketlikda saqlangan hududlarni qidirish uchun ishlatilishi mumkin. Bu funktsional jihatdan muhim hududlarni aniqlash va yangi ketma-ketliklarning funktsiyalarini bashorat qilishda yordam beradi.
Patogenni aniqlash: BLAST tibbiyotda genetik ma'lumotni taqqoslash asosida patogenlarni aniqlash uchun ishlatiladi. Mikrobial gen yoki RNK ketma-ketligini ma'lumotlar bazalari bilan taqqoslash mikrob turlarini aniqlashga yordam beradi va yuqumli kasalliklarni tashxislashda yordam beradi.
Bu BLASTdan qanday foydalanish mumkinligiga bir nechta misollar. Quvvati va moslashuvchanligi tufayli BLAST biologik tadqiqotlar, genetika, evolyutsion biologiya, tibbiyot va genetik ma'lumotni tahlil qilish va taqqoslashni talab qiladigan boshqa sohalarda keng qo'llaniladi.
Mahalliy ketma-ketlikni tekislash - ular orasidagi eng o'xshash hududlarni aniqlash uchun ikkita ketma-ketlikni (masalan, nukleotid yoki aminokislota) solishtirish usuli. Ketma-ketlikning barcha qismlarini moslashtirishga harakat qiladigan global tekislashdan farqli o'laroq, mahalliy tekislash yuqori o'xshashlikdagi mahalliy hududlarni aniqlashga qaratilgan.
Mahalliy tekislash kontseptsiyasi ikki ketma-ketlikni matritsa shaklida ifodalashga asoslangan bo'lib, ular tekislash matritsasi yoki o'xshashlik matritsasi deb nomlanadi. Ushbu matritsa ikkala ketma-ketlikdagi har bir juft element o'rtasidagi o'xshashlik darajasini ko'rsatadigan qiymatlarni o'z ichiga oladi. Matritsadagi qiymatlarni almashtirish matritsalari va bo'shliqni ochish/davom etish jazolari kabi turli usullar va modellar asosida aniqlash mumkin.
Hizalama matritsasini yaratish: ikkita ketma-ketlikdagi elementlarning har bir juftligi uchun tanlangan o'xshashlik matritsasi asosida o'xshashlik yoki o'xshashlik qiymati hisoblanadi. Ushbu qiymatlar tekislash matritsasiga kiritilgan.
Eng o'xshash hududlarni tanlash: Hizalama matritsasi eng katta o'xshashlikni ko'rsatadigan yuqori qiymatlarga ega bo'lgan mahalliy hududlar uchun qidiriladi. Bu qiymatlar ma'lum chegaradan oshib ketadigan yoki mahalliy maksimallar kuzatiladigan joylar bo'lishi mumkin.
Alignment: Tanlangan maydonlar asosida ikkita ketma-ketlik elementlari orasidagi moslikni ko'rsatadigan tekislash hosil bo'ladi. Hizalamada moslik, nomuvofiqlik yoki bo'shliqni ko'rsatadigan belgilar bo'lishi mumkin.
Statistik ahamiyatga egalikni baholash: Mahalliy moslashuvning statistik ahamiyatini baholash uchun odatda tasodifiy ketma-ketlik modellaridan kutilgan moslashish qiymatlarini hisoblash yoki almashtirishlarni amalga oshirish kabi usullar qo'llaniladi.
Mahalliy tekislash yuqori o'xshashlikdagi mahalliy hududlarni topish muhim bo'lgan hollarda foydalidir, masalan, ma'lumotlar bazasida gomologik fragmentni qidirishda yoki tadqiqotchilar ma'lum funktsiyalar yoki strukturaviy motivlarning saqlanishini ko'rsatadigan ketma-ketlikda saqlangan hududlarni aniqlamoqchi bo'lganda. Mahalliy tekislash bioinformatikada keng qo'llaniladi va ko'plab ilovalarga ega, jumladan genom tahlili, gen va oqsillarni aniqlash, mutatsiya va funktsional elementlarni aniqlash va boshqalar.