Oliy talim, fan va innovatsiyalar vazirligi urganch davlat universiteti tabiiy va qishloq xo

O‘ZBEKISTON RESPUBLIKASI
OLIY TALIM, FAN VA INNOVATSIYALAR VAZIRLIGI

URGANCH DAVLAT UNIVERSITETI
TABIIY VA QISHLOQ XO`JALIGI FANLARI FAKULTETI
BIOLOGIYA (TURLARI BO‘YICHA) SIRTQI YO‘NALISHI
192-GURUH TALABASI MARATOVA MATLUBANING BIOINFARMATIKA FANIDAN
KURS ISHI
Mavzu: BLAST ALGORITMI


Bajardi: Maratova Matluba
Qabul qildi: Kurbanbayeva X


URGANCH-2023


MUNDARIJA
Kirish............................................................................................................4
I-bob. Adabiyotlar sharhi..............................................................................7
II-bob. Asosiy qism......................................................................................11
2.1 BLAST ning ishlash printsipi va qo'llanilishi……………………11
2.2 BLASTdan biologik tadqiqotlarda foydalanishga misollar………..24
2.3BLASTning afzalliklari va cheklovlari………………………………31
Xulosa...........................................................................................................35
Foydalanilgan adabiyotlar..........................................................................38

	REJA: Kirish
I	Adabiyotlar sharhi
II	Asosiy qism
2.1	BLAST ning ishlash printsipi va qo'llanilishi
2.2	BLASTdan biologik tadqiqotlarda foydalanishga misollar
2.3	BLASTning afzalliklari va cheklovlari
III	Xulosa
IV	Foydalanilgan adabiyotlar

Kirish
Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) bioinformatikada DNK, RNK va oqsil ketma-ketligini qiyosiy tahlil qilish uchun eng keng tarqalgan va samarali vositalardan biridir. BLAST kirish ketma-ketligi va allaqachon ma'lum ketma-ketliklarni o'z ichiga olgan ma'lumotlar bazalari o'rtasidagi o'xshashlikni topish uchun mo'ljallangan.
BLAST 1990-yillarda ishlab chiqilgan va keyinchalik genomik ma'lumotlarni tahlil qilish va organizmlar o'rtasidagi evolyutsion munosabatlarni o'rganish uchun asosiy vositaga aylandi. U ikki yoki undan ortiq ketma-ketliklar orasidagi o'xshashlikni izlash va ularning o'xshashlik darajasini aniqlash imkoniyatini beradi. BLAST yuqori tezlik va aniqlikka ega, bu uni ko'plab biologik tadqiqotlar uchun bebaho vositaga aylantiradi.
BLAST ning ishlash printsipi mahalliy ketma-ketlikni tekislash algoritmiga asoslanadi. Butun ketma-ketlikni global miqyosda tekislash o'rniga, BLAST birinchi navbatda ketma-ketlikni "so'zlar" deb nomlangan kichik qismlarga ajratadi. Keyinchalik samarali tezkor qidiruv algoritmlaridan foydalangan holda ushbu so'zlar va ma'lumotlar bazasi o'rtasidagi o'xshashliklarni qidiradi.
BLAST turli xil tadqiqot turlari uchun mos keladigan bir nechta turli xil vositalar va algoritmlarni taqdim etadi. Masalan, BLASTn nukleotidlar ketma-ketligini solishtirish uchun ishlatiladi, BLASTp oqsil ketma-ketligini solishtirish uchun ishlatiladi va BLASTx nukleotidlar ketma-ketligini oqsil ma'lumotlar bazalari bilan solishtirish uchun ishlatiladi.
BLASTning muhim jihatlaridan biri ketma-ketliklar orasidagi o'xshashliklarning ahamiyatini baholashdir. BLAST ikkita ketma-ketlik o'rtasidagi tasodifiy moslashish ehtimolini ifodalovchi E-qiymatlarni (kutish qiymatlarini) hisoblab chiqadi. Pastroq E-qiymati ko'proq o'xshashlikni ko'rsatadi.
BLAST shuningdek, topilgan o'xshashliklar asosida filogenetik daraxt qurish yoki oqsil ketma-ketligidagi funktsional domenlarni tahlil qilish kabi turli operatsiyalarni bajarishga imkon beradi.
Bioinformatikada ketma-ketlik o'xshashligi tushunchasi muhim o'rin tutadi va ko'plab tahlillar va tadqiqotlar uchun asos bo'ladi. Ketma-ketlik o'xshashligi DNK, RNK yoki oqsil ketma-ketligida umumiy hududlar yoki naqshlarning mavjudligini anglatadi. Bu o'xshashliklar organizmlar, genlar yoki oqsillar o'rtasidagi biologik munosabatni ko'rsatishi mumkin.
Bu erda ketma-ketlik o'xshashligi tushunchasining ba'zi asosiy jihatlari va uning bioinformatikadagi roli:
Evolyutsion munosabatlar: ketma-ketlik o'xshashligi olimlarga organizmlar o'rtasidagi evolyutsion munosabatlarni o'rganish imkonini beradi. Agar ikkita organizm o'xshash gen yoki oqsil ketma-ketligiga ega bo'lsa, bu umumiy ajdodni ko'rsatishi va yaqin munosabatlarni ko'rsatishi mumkin. Ketma-ket taqqoslash filogenetik daraxtlarni qayta tiklash va evolyutsiya jarayonlarini o'rganish imkonini beradi.
Gen variantlari va mutatsiyalarni qidirish: ketma-ketlikni taqqoslash turli xil fenotipik belgilar va kasalliklar bilan bog'liq bo'lishi mumkin bo'lgan genetik variantlar va mutatsiyalarni aniqlashga yordam beradi. Bemor ketma-ketliklarini oddiy ketma-ketliklar bilan taqqoslash orqali kasallikning rivojlanishi uchun javobgar bo'lishi mumkin bo'lgan variantlarni aniqlash mumkin.
Gomologlar va funktsional izohlarni qidirish: Ketma-ketlik o'xshashligi gomologik genlar va oqsillarni, ya'ni umumiy ajdodi bo'lgan va o'xshash funktsiyalarni bajarishi mumkin bo'lganlarni aniqlash imkonini beradi. Ketma-ketlikni taqqoslash allaqachon o'rganilgan va yaxshi izohlangan ketma-ketliklarga o'xshashlik asosida ilgari noma'lum genlar yoki oqsillarga funktsional izohlarni belgilashga yordam beradi.

Protein tuzilishi va funktsiyasi: Protein ketma-ketligini solishtirish ularning tuzilishi va funktsiyasini bashorat qilish va solishtirish imkonini beradi. Agar ikkita oqsil yuqori ketma-ketlik o'xshashligiga ega bo'lsa, ularning tuzilishi va funktsiyalari ham o'xshash bo'lishi ehtimoli katta. Bu ma'lum analoglar asosida yangi oqsillarning funktsiyalari haqida taxmin qilish imkonini beradi.

Nopokliklar va oligonükleotidlarning dizayni: ketma-ketlik o'xshashligi aralashmalar va oligonükleotidlarni loyihalashda, masalan, maxsus genlarni kuchaytirish yoki oqsillar yoki nuklein kislotalar bilan gibridlanish uchun ishlatiladi. Ketma-ket taqqoslash aralashmaning optimal dizayni uchun yuqori o'xshashlikdagi hududlarni tanlash imkonini beradi.
Bioinformatikada ketma-ketlik o'xshashligining umumiy roli biologik ketma-ketliklarni aniqlash, tasniflash va izohlash hamda ularning tuzilishi va funktsiyasini tushunish va bashorat qilishdan iborat. Ketma-ket taqqoslash genomlar, genlar va oqsillarni o'rganish, ularning ma'lumotlari va aloqalarini ochish, kasalliklarni tashxislash, davolash va oldini olishning yangi usullarini ishlab chiqish uchun asosiy vositadir.