The platon crystallographic package

2.5.1.11 - FIT atom_name1 atom_name2 .... 
Pairwise Molecule FITTING. PLATON contains a FIT routine based on quaternion rotation 
(Mackay, 1984). The general instruction to fit two molecules or residues is: 
FIT At11 At21 At12 At22 .....(etc) 
where atoms to be fitted are given pairwise. 
Note: The FIT instruction may be broken up over more than one line. Lines that are to be 
continued should end with '='. 
There are two modes of operation: 
1.
when specified before any CALC instruction, the actual calculation will be done 
along with the subsequent CALC GEOM or CALC INTRA calculation. Listing of the 
results will be on the .lis file only. 
2. when specified after a CALC INTRA or CALC GEOM calculations will be done directly. 
Listing of the results of the calculation are both on the interactive output window and in the 
listing file. 
A PLUTON window is brought up with a display of the fit. 
A special case is the situation where the two molecules to be fitted have similar numbering of the 
atoms. The automatic sorting feature of PLATON will put the atoms in the same order. In such a 
case, specification of only one atom from each of the molecules will be sufficient to fit all non-
hydrogen atoms in both molecules 
Example: FIT O11 O21 
In the interactive mode, an automatic fit will be attempted with the specification of two residue 
numbers 
Example: FIT 1 2 
2.5.2 – GEOMETRY CALCULATIONS
2.5.2.1 - CALC 
The full range of molecular geometry calculations will be carried out automatically with a 
the single keyword instruction CALC. This includes all the calculations that may be 
executed alternatively with the instruction sequence CALL ADDSYM, CALC INTRA, 
CALC INTER, CALC COORDN and CALC METAL, CALC SOLV, VALIDATION. 
Appendix VI details the output.
Example: CALC 
2.5.2.2 - CALC INTRA (El1 r1 (El2 r2) (..)) (TOLA p1) (NOBOND) (NOANG) (NOTOR) 
(NOLSPL) (NORING) (NOTMA) (NOBPA) (NOSTD) ((A/U/E)WLSPL) (NOPESD) 
(NOMOVE) (NOSYMM) (TOLP p2) (TOLEA p3) (TOLM p4) (MAXDEV p5) (NOSORT) 
The default instruction CALC INTRA produces a full calculation and listing of all intra-
molecular geometrical parameter options relevant for the structure at hand using default 
covalent radii drawn from internal tables. Atoms with distances less than the sum of their 
covalent radii plus a tolerance TOLA (Default = 0.4 Angstrom) are considered to be bonded. 
The default radii values may be modified by explicit specification (in which case the default 

---

for TOLA is set to zero, unless
 specified explicitly). Alternatively the parameter TOLA may be 
modified in order to include longer distances as bonds. 
Example: CALC INTRA O 1.0 C 0.8 
Sub-Keyword Options: 
- In the automatic radii mode an additional TOLEA (Default = 0.6 Angstrom) is added to the 
tolerance TOLA to catch (Earth)alkali to non-metal contacts. A tolerance TOLM [default = 
-0.4 Angstrom] is added for Metal-Metal contacts. 
- The calculation and listing of bonds, angles, torsion angles, least-squares planes, rings, 
angles between bonds and least-squares planes and thermal motion analysis may be 
suppressed with the specification of the sub-keywords NOBOND, NOANG, NOTOR, 
NOLSPL, NORING, NOBPA and/or NOTMA. 
- The calculation of standard deviations may be suppressed with NOSTD. 
- The NOMOVE sub-keyword has the effect that atoms are left at their input positions in the 
course of the generation of a connected set. 
- TOLP is an out-of-plane deviation parameter (by default 0.1 Angstrom) that determines the 
inclusion of an atom in the process of automatic least-squares plane search. 
- NOPESD , when specified, has the effect that the e.s.d. of the plane parameters is not 
included in the calculation of the e.s.d. in out-of-plane deviations. 
- WLSPL invokes mass-weighted least-squares plane calculations as opposed to unit 
weighted. 
- NOSYMM limits the search for connections within the input coordinate set without the 
application of translation or rotation symmetry. 
- MAXDEV limits the listed distance-to-plane entries to those within p5 Angstrom [Default 
= 1.5 Angstrom]. 
Alternatively, this parameter can be set with a SET PAR instruction: 
Example: SET PAR 16 2.5 
- NOSORT keeps the order of atoms as found on input, 
Example: CALC INTRA NOLSPL NORING 
The search for rings (default up to 24-membered) can be limited to 6 with the instruction 
SET IPR 219 6 before the CALC INTRA instruction. 
2.5.2.3 - CALC GEOM (SHELX/OMEGA/MOGLI/EUCLID) (NOMOVE) (EXPAND) 
This instruction executes a short version intra calculation, mainly producing a list of bond 
distances, bond angles and torsion angles, as an alternative for the exhaustive CALC 
INTRA calculations. The sub-keyword SHELX may be used to generate an ordered 
coordinate file suitable for SHELX; OMEGA generates a file suitable for the tabulation of 
primary and derived parameters; MOGLI results in a DGE-file suitable for the program 
MOGLI and EUCLID gives a new SPF style file. The NOMOVE sub-keyword has the 
effect that atoms are left at their input positions in the course of the generation of a 
connected set. 
The EXPAND option may be useful for the generation of a file with the complete molecule 

---

as opposed to just the unique part.
Example: CALC GEOM EUCLID EXPAND 
2.5.2.4 - CALC TMA (Rmax[0.25]) (Atmin[7]) (HINCL) (CARTESIAN) 
This invokes the execution of a rigid-body thermal motion analysis and the calculation of 
derived quantities. It is automatically included in a CALC INTRA calculation. Note: No 
TMA analysis is done when the residue contains too few atoms or when the R-index of the 
observed and calculated Uij's is too high. (Rmax = 25 by default). 
Example: CALC TMA 0.30 8
2.5.2.5 - CALC INTER (El1 p1 El2 p2 ..)/(TOLR p1) 
Short inter-molecular contacts are listed with this instruction. By default van der Waals radii 
drawn from internal tables are used in conjunction with a default tolerance (TOLR = 0.2 
Angstrom). Hydrogen bonds are automatically found and analyzed. 
2.5.2.6 - CALC HBONDS (NONA) (DISORDER) (p1 p2 p3) 
This instruction provides a subset of the information generated with the CALC INTER instruction 
and may be of use when interest is concentrated on H-bonds. 
The parameters p1,p2 & p3 are the same as described for the HBOND directive. 
Specification of the sub-keyword NONA will suppress the network analyses section of the H-Bond 
calculation. 
The search for hydrogen bonds is by default done only for the full weight or major disorder atoms. 
The sub-keyword DISORDER may be used to include minor disorder positions as well in the 
analysis. 
Example:
2.5.2.7 - CALC COORDN (p1/El1 r1 El2 r2 .. FIVE (TBA))(NOANG) 
This instruction gives an analysis of the coordination sphere for the atom types specified 
with El1 etc. Bond distances and bond angles are calculated for atoms within the specified 
radii. By default (i.e. no specific options and data specified) such a calculation is done for 
all atom types, excluding C and H, and with a radius of 3.6 Angstrom. This default radius 
may be changed with the specification of the desired value p1. Alternatively a list of 
selected elements and their corresponding coordination radii may be specified for the 
coordination geometry calculations. Bond angles may be excluded from the listings with the 
NOANG sub-keyword. A Berry pseudo rotation analysis is carried out automatically when 
an atom is found to be bonded to exactly 5 atoms. Such a calculation may be enforced for 
the five shortest contacts with the sub-keyword FIVE optionally followed with the value for 
the Trans-basal-Angle (default TBA = 150 degree). 
Example: CALC COORDN 4.0 NOANG 
Example: CALC COORDN P 3.0 FIVE 

---