Voice: ([phone]

---

Can Alkan

Contact

Information

Department of Computer Engineering

Voice: ([phone]

Bilkent University

Fax: [phone]

Engineering Building, EA 509

E-mail: [e-mail]

Bilkent, Ankara 06800

ORCID: 0000-0002-5443-0706

Turkey

ResearcherID: D-2982-2009

Research

Interests

Combinatorial algorithms for the analysis of next-generation sequencing data, genomic structural

variation, human and primate segmental duplications.

Education

University of Washington, Seattle, Washington, USA

Department of Genome Sciences and Howard Hughes Medical Institute

Postdoctoral Fellow, Genomics, October 2005 - December 2011

• Worked on computational methods to reconstruct the evolutionary history of alpha-satellite

DNA, de novo alphoid sequence prediction from whole-genome shotgun sequence data, and

detection of human structural variation and segmental duplications using next-generation

sequencing technologies.

• Advisor: Evan E. Eichler

Case Western Reserve University, Cleveland, Ohio, USA

Department of EECS

Ph.D., Computer Science, August 2005

• Dissertation Topic: “Computational Studies on Evolution and Functionality of Genomic Re-

peats”

• Advisor: S. Cenk S

¸ahinalp

Bilkent University, Ankara, Turkey

Department of Computer Engineering

B.Sc., Computer Science, May, 2000

Experience

Department of Computer Engineering, Bilkent University, Bilkent, Ankara, Turkey

Assistant Professor

January 2012 - present

Department of Genome Sciences, University of Washington, Seattle, Washington, USA

Acting Assistant Professor

June 2011 - December 2011

Senior Fellow

October 2005 - May 2011

School of Computing Science, Simon Fraser University, Burnaby, British Columbia, Canada

Visiting Researcher

January, 2004 - September 2005

Research Grants

• National Institutes of Health (R01 HG006004), 2011-2015

Title: Novel algorithms and hardware designs for ultra-fast next-gen sequence analysis

Goal: Developing specialized hardware architectures to accelerate mapping reads generated with

the high throughput sequencing platforms.

PI: Onur Mutlu

Co-PI: Can Alkan

---

• European Union Marie Curie Actions Career Integration Grant (PCIG10-GA-2011-303772), 2012-

2016

Title: Integrated approaches for genomic variation discovery using high throughput sequencing

Goal: Developing novel combinatorial algorithms to comprehensively and quickly discover ge-

nomic variation.

PI: Can Alkan

• Scientific and Technical Research Council of Turkey (T ¨

UB˙ITAK-1001-112E135), 2012-2015

Title: Development and application of novel genome assembly algorithms that use multiple data

sources

Goal: Developing assembly algorithms to more reliably construct de novo genome assemblies

using data from multiple sources.

PI: Can Alkan

• European Molecular Biology Organization Installlation Grant (IG-2521), 2013-2016

Title: Development and application of computational methods to analyze next generation se-

quence data to characterize both normal and disease causing variation, and build de novo genome

assemblies

Goal: Analysis of biological sequences generated with the next-gen sequencing platforms.

PI: Can Alkan

Publications

Journal Publications

Joint first authors are marked with * in case of equal contribution. Joint last authors are marked with ‡.

Fast and accurate mapping of Complete Genomics reads. D. Lee, F. Hormozdiari, H. Xin, F. Hach,

O. Mutlu

‡

, C. Alkan

‡

. Methods, Jun;79-80:3-10, 2015.

Shifted Hamming Distance: a fast and accurate SIMD-friendly filter to accelerate alignment

verification in read mapping. H. Xin, J. Greth, J. Emmons, G. Pekhimenko, C. Kingsford, C. Alkan

‡

,

O. Mutlu

‡

. Bioinformatics, May 15;31(10):1553-60, 2015.

Activating mutations of STAT5B and STAT3 in lymphomas derived from γδ-T or NK cell.s

C. Kucuk, B. Jiang, X. Hu, W. Zhang, J. Chan, W. Xiao, N. Lack, C. Alkan, J. Williams, K. Avery, P.

Kavak, A. Scuto, E. Sen, P. Gaulard, L. Staudt, J. Iqbal, W. Zhang, A. Cornish, Q. Gong, Q. Yang, H. Sun,

F. d’Amore, S. Lepp¨

a, W. Liu, K. Fu, L. de Leval, T. McKeithan. Nature Communications, Jan 14;6:6025,

2015.

Whole genome sequencing of Turkish genomes reveals functional private alleles and impact of

genetic interactions with Europe, Asia and Africa. C. Alkan, P. Kavak, M. Somel, O. Gokcumen,

S. U˘

gurlu, E. Dal, K. Bu˘

gra-Bilge, T. G¨

ung¨

or, S.C. Sahinalp, N. ¨

Oz¨

oren, C. Bekpen. BMC Genomics, 15

(1):963, 2014.

Comparative analysis of the domestic cat genome reveals genetic signatures underlying feline

biology and domestication. M.J. Montague, G. Li, B. Gandolfi, R. Khan, B.L. Aken, S.M.J. Searle, P.

Minx, L. Hillier, D.C. Koboldt, B.W. Davis, C.A. Driscoll, C.S. Barr, K. Blackistone, J. Quilez, B. Lorente-

Galdos, T. Marques-Bonet, C. Alkan, G.W.C. Thomas, M. W. Hahn, M. Menotti-Raymond, S.J. O’Brien,

R. Wilson, L.A. Lyons, W.J. Murphy, W.C. Warren. Proc Natl Acad Sci, Dec 2;111(48):17230-17235, 2014.

Annotated features of domestic cat – Felis catus genome. G. Tamazian, S. Simonov, P. Dobrynin, A.

Makunin, A. Logachev, A. Komissarov, A. Shevchenko, V. Brukhin, N. Cherkasov, A. Svitin, K-P. Koepfli,

J. Pontius, C. A Driscoll, K. Blackistone, C. Barr, D. Goldman, A. Antunes, J. Quilez, B. Lorente-Galdos,

C. Alkan, T. Marques-Bonet, M. Menotti-Raymond, V.A. David, K. Narfstr¨

om, S.J. O’Brien. GigaScience,

Aug 5; 3:(13), 2014.

mrsFAST-Ultra: a compact, SNP-aware mapper for high performance sequencing applica-

tions. F. Hach

∗

, I. Sarrafi

∗

, F. Hormozdiari, C. Alkan, E.E. Eichler, S.C. Sahinalp. Nucl Acids Research,

Jul;42(Web Server issue):W494-500, 2014.

Early postzygotic mutations contribute to de novo variation in a healthy monozygotic twin

pair. G.M. Dal, B. Erg¨

uner, M.S. Sa˘

gıro˘

glu, B. Y¨

uksel, O.E. Onat, C. Alkan, T. ¨

Oz¸

celik. J Med Genet,

51(7):455-459, 2014.

Genome Sequencing Highlights the Dynamic Early History of Dogs. A.H. Freedman, I. Gronau,

R.M. Schweizer, D. Ortega-Del Vecchyo, E. Han, P.M. Silva, M. Galaverni, Z. Fan, P. Marx, B. Lorente-

Galdos, H. Beale, O. Ramirez, F. Hormozdiari, C. Alkan, C. Vil`

a, K. Squire, E. Geffen, J. Kusak, A.R.

Boyko, H.G. Parker, C. Lee, V. Tadigotla, A. Siepel, C.D. Bustamante, T.T. Harkins, S.F. Nelson, E.A.

Ostrander, T. Marques-Bonet, R.K. Wayne, J. Novembre. PLoS Genetics, 10(1): e1004016, 2014.

---