Voice: ([phone]

A map of human genome variation from population scale sequencing. The 1000 Genomes Project

Consortium. Nature, Oct; 467(7319):1061-1073, 2010.

A large and complex structural polymorphism at 16p12.1 underlies microdeletion disease

risk. F. Antonacci, J.M. Kidd, T. Marques-Bonet, B. Teague, M. Ventura, S. Girirajan, C. Alkan, C.D.

Campbell, L. Vives, M. Malig, J.A. Rosenfeld, B.C. Ballif, L.G. Shaffer, T.A. Graves, R.K. Wilson, D.C.

Schwartz, E.E. Eichler. Nature Genetics, Sep; 42(9):745-750, 2010.

mrsFAST: a cache-oblivious algorithm for short-read mapping. F. Hach, F. Hormozdiari, C. Alkan,

F. Hormozdiari, I. Birol, E.E. Eichler, S.C. Sahinalp. Nature Methods, Aug;7(8):576-7, 2010.

A draft sequence of the Neandertal genome. R.E. Green, J. Krause, A.W. Briggs, T. Maricic, U.

Stenzel, M. Kircher, N. Patterson, H. Li, W. Zhai, M.H-Y. Fritz, N.F. Hansen, E.Y. Durand, A-S. Malaspinas,

J.D. Jensen, T. Marques-Bonet, C. Alkan, K. Pr¨

ufer, M. Meyer, H.A. Burbano, J.M. Good, R. Schultz, A.

Aximu-Petri, A. Butthof, B. H¨

ober, B. H¨

offner, M. Siegemund, A. Weihmann, C. Nusbaum, E.S. Lander,

C. Russ, N. Novod, J. Affourtit, M. Egholm, C. Verna, P. Rudan, D. Brajkovic, Z. Kucan, I. Gusic, V.B.

Doronichev, L.V. Golovanova, C. Lalueza-Fox, M. de la Rasilla, J. Fortea, A. Rosas, R.W. Schmitz, P.L.F.

Johnson, E.E. Eichler, D. Falush, E. Birney, J.C. Mullikin, M. Slatkin, R. Nielsen, J. Kelso, M. Lachmann,

D. Reich, S. P¨

a¨

abo. Science, 7 May, 328 (5979):710-722, 2010.

Recipient of the 2010 AAAS Newcomb Cleveland Prize.

Characterization of missing human genome sequences and copy-number polymorphic inser-

tions. J.M. Kidd, N. Sampas, F. Antonacci, T. Graves, R. Fulton, H.S. Hayden, C. Alkan, M. Malig,

M. Ventura, G. Giannuzzi, J. Kallicki, P. Anderson, A. Tsalenko, N.A. Yamada, P. Tsang, R. Kaul, R.K.

Wilson, L. Bruhn, E.E. Eichler. Nature Methods, May, 7 (5):365-371, 2010.

Next-generation VariationHunter: combinatorial algorithms for transposon insertion discov-

ery.

F. Hormozdiari, I. Hajirasouliha, P. Dao, F. Hach, D. Yorukoglu, C. Alkan, E.E. Eichler, S.C.

Sahinalp. Bioinformatics, Jun 15; 26(12):i350-i357, 2010.

also in Proc. of the 18

th

Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology

(ISMB 2010), July 11-13, 2010, Boston, MA, USA

Detection and characterization of novel sequence insertions using paired-end next-generation

sequencing. I. Hajirasouliha*, F. Hormozdiari*, C. Alkan*, J.M. Kidd, I. Birol, E.E. Eichler, S.C. Sahi-

nalp. Bioinformatics, May 15;26(10):1277-83, 2010.

also in HiTSeq 2010: Conference on High Throughput Sequencing Analysis and Algorithms, Special Interest

Group of ISMB 2010: July 9-10 2010, Boston, MA, USA

Complete Khoisan and Bantu genomes from southern Africa. S.C. Schuster, W. Miller, A. Ratan,

L.P. Tomsho, B. Giardine, L.R. Kasson, R.S. Harris, D.C. Petersen, F. Zhao, J. Qi, C. Alkan, J.M. Kidd,

Y. Sun, D.I. Drautz, P. Bouffard, D.M. Muzny, J.G. Reid, L.V. Nazareth, Q. Wang, R. Burhans, C. Riemer,

N.E. Wittekindt, P. Moorjani, E.A. Tindall, C.G. Danko, W.S. Teo, A.M. Buboltz, Z. Zhang, Q. Ma, A.

Oosthuysen, A.W. Steenkamp, H. Oostuisen, P. Venter, J. Gajewski, Y. Zhang, B.F. Pugh, K.D. Makova,

A. Nekrutenko, E.R. Mardis, N. Patterson, T.H. Pringle, F. Chiaromonte, J.C. Mullikin, E.E. Eichler, R.C.

Hardison, R.A. Gibbs, T.T. Harkins, V.M. Hayes. Nature, Feb, 463(7283):943-947, 2010.

Personalized copy-number and segmental duplication maps using next-generation sequencing.

C. Alkan, J.M. Kidd, T. Marques-Bonet, G. Aksay, F. Antonacci, F. Hormozdiari, J. O. Kitzman, C. Baker,

M. Malig, O. Mutlu, S.C. Sahinalp, R. A. Gibbs, E.E. Eichler. Nature Genetics, Oct, 41(10):1061-1067, 2009.

Highlighted in ”Mapping duplicated sequences”, DY Chiang and SA McCarroll, Nature Biotechnology, Nov;

27(11):1001-2, 2009.

Sequence and structural variation in a human genome uncovered by short-read, massively

parallel ligation sequencing using two base encoding. K.J. McKernan, H.E. Peckham, G.L. Costa,

S.F. McLaughlin, Y. Fu, E.F. Tsung, C.R. Clouser, C. Duncan, J.K. Ichikawa, C.C. Lee, Z. Zhang, S.S.

Ranade, E.T. Dimalanta, F.C. Hyland, T.D. Sokolsky, L. Zhang, J.A. Sheridan, H. Fu, C.L. Hendrickson,

B. Li, L. Kotler, J.R. Stuart, J.A. Malek, J.M. Manning, A.A. Antipova, D.S. Perez, M.P. Moore, K.C.

Hayashibara, M.R. Lyons, R.E. Beaudoin, B.E. Coleman, M.W. Laptewicz, A.E. Sannicandro, M.D. Rhodes,

R.K. Gottimukkala, S. Yang, V. Bafna, A. Bashir, A. MacBride, C. Alkan, J.M. Kidd, E.E. Eichler, M.G.

Reese, F.M. De La Vega, A.P. Blanchard. Genome Research, Sep, 19(9): 1527-1541, 2009.

New insights into centromere organization and evolution from the white-cheeked gibbon and

marmoset. A. Cellamare, C.R. Catacchio, C. Alkan, G. Giannuzzi, F. Antonacci, M.F. Cardone, G. Della

Valle, M. Malig, M. Rocchi, E.E. Eichler, M. Ventura. Mol Biol Evol, Aug; 26(8):1889-1900, 2009.

MoDIL: detecting small indels from clone-end sequencing with mixtures of distributions. S.

Lee, F. Hormozdiari, C. Alkan, M. Brudno. Nature Methods, Jul, 6(7):473-4, 2009.

---

Combinatorial algorithms for structural variation detection in high throughput sequenced

genomes. F. Hormozdiari*, C. Alkan*, E.E. Eichler, S.C. S

¸ahinalp. Genome Research, Jul, 19(7):1270-8,

2009.

also in Proc. of the Thirteenth Annual International Conference on Research in Computational Molecular

Biology (RECOMB 2009), May 18-21, 2009 Tucson, AZ, USA

Comparative analysis of Alu repeats in primate genomes. G.E. Liu, C. Alkan, L. Jiang, S. Zhao,

E.E. Eichler. Genome Research, 19(5):876-885, 2009.

Death and resurrection of the human IRGM gene. C. Bekpen, T. Marques-Bonet, C. Alkan, F.

Antonacci, M. B. Leogrande, M. Ventura, J.M. Kidd, P. Siswara, J. C. Howard, E.E. Eichler. PLoS Genetics,

March 2009; 5(3):e1000403, 2009.

A burst of segmental duplications in the genome of the African great ape ancestor. T. Marques-

Bonet, J.M. Kidd, M. Ventura, T.A. Graves, Z. Cheng, L.W. Hillier, Z. Jiang, C. Baker, R. Malfavon-Borja,

L.A. Fulton, C. Alkan, G. Aksay, S. Girirajan, P. Siswara, L. Chen, M.F. Cardone, A. Navarro, E.R.

Mardis, R.K. Wilson, E.E. Eichler. Nature, Feb 12 2009; 457(7231):877-881, 2009.

Mapping and sequencing of structural variation from eight human genomes. J.M. Kidd, G.M.

Cooper, W.F. Donahue, H.S. Hayden, N. Sampas, T. Graves, N. Hansen, B. Teague, C. Alkan, F. Antonacci,

E. Haugen, T. Zerr, N.A. Yamada, P. Tsang, T.L. Newman, E. T¨

uz¨

un, Z. Cheng, H.M. Ebling, N. Tusneem,

R. David, W. Gillett, K.A. Phelps, D. Saranga, A. Brand, W. Tao, E. Gustafson, K. McKernan, L. Chen,

M. Malig, J.D. Smith, S.A. McCarroll, D.A. Altshuler, D.A. Peiffer, M. Dorschner, J. Stamatoyannopoulos,

D. Schwartz, D.A. Nickerson, J.C. Mullikin, R.K. Wilson, L. Bruhn, M.V. Olson, R. Kaul, D.R. Smith, E.E.

Eichler. Nature, May 1, 2008; 453(7191):56-64, 2008.

Optimal design of oligonucleotide microarrays for measurement of DNA copy number. A.J.

Sharp, A. Itsara, Z. Cheng, C. Alkan, S. Schwartz, E.E. Eichler. Human Molecular Genetics, Nov 15;

16(22):2770-2779, 2007.

Organization and evolution of primate centromeric DNA from whole genome shotgun se-

quence data. C. Alkan, M. Ventura, N. Archidiacono, M. Rocchi, S.C. S

¸ahinalp, E.E. Eichler. PLoS

Computational Biology, 3(9): e181, September 2007.

taveRNA: a web suite for RNA algorithms and applications. C. Aksay, R. Salari, E. Karako¸

c,

C. Alkan, S.C. S

¸ahinalp. Nucleic Acids Research, July 1, 2007; Vol. 35 (Web Server Issue): W325-329,

2007.

RNA-RNA interaction prediction and antisense RNA target search. C. Alkan, E. Karako¸

c, J.

Nadeau, S.C. S

¸ahinalp, K. Zhang. Journal of Computational Biology, March 2006; Vol 13, No 2: 267-282,

2006.

also in Proc. of the Ninth Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology

(RECOMB 2005 - LNBI 3500), pp 152-171, May 14-18, 2005 Cambridge, MA, USA, 2005.

Manipulating multiple sequence alignments via MaM and WebMaM. C. Alkan, E. T¨

uz¨

un, J.

Buard, F. Lethiec, E.E. Eichler, J.A. Bailey, S.C. S

¸ahinalp. Nucleic Acids Research, July 1, 2005; Vol. 33

(Web Server issue): W295-W298, 2005.

The role of unequal crossover in alpha-satellite DNA evolution: a computational analysis.

C. Alkan, E.E. Eichler, J.A. Bailey, S.C. S

¸ahinalp, E. T¨

uz¨

un. Journal of Computational Biology, Vol. 11,

No.5: 933-944, 2004.

also in The 13th International Conference on Genome Informatics, December 16-18, 2002, Tokyo, Japan,

vol.18 pp 93-102, 2002.

The structure and evolution of centromeric transition regions within the human genome. X.

She, J.E. Horvath, Z. Jiang, G. Liu, T. S. Furey, L. Christ, R. Clark, T. Graves, C.L. Gulden, C. Alkan,

J.A. Bailey, S.C. S

¸ahinalp, M. Rocchi, D. Haussler, R.K. Wilson, W. Miller, S. Schwartz, E.E. Eichler.

Nature, Aug 19, 2004; 430(7002):857-64, 2004.

Analysis of primate genomic variation reveals a repeat-driven expansion of the human genome.

G. Liu, NISC Comparative Sequencing Program, S. Zhao, J.A. Bailey, S.C. S

¸ahinalp, C. Alkan, E. T¨

uz¨

un,

E.D. Green, E.E. Eichler. Genome Research, 13(3):358-368, 2003.

Divergent origins and concerted expansion of two segmental duplications on chromosome 16.

E.E. Eichler, M.E. Johnson, C. Alkan, E. T¨

uz¨

un, C. S

¸ahinalp, D. Misceo, N. Archidiacono, and M. Rocchi.

Journal of Heredity, 92: 462-468, 2001.

---