Mavzu : Biologik ketma-ketliklarni ma`lumotlar bazalari bo`yicha taqqoslanishi uchun dasturlar

Mavzu : Biologik ketma-ketliklarni ma`lumotlar bazalari bo`yicha taqqoslanishi uchun dasturlar
Reja :

1. 
   Kirish
   
2. 
   Biologik ketma-ketliklarni taqqoslash
   
3. 
   Nukleotidlar ketma-ketligini taqqoslashda foydalaniladigan dasturlar
   
   1. 
      GenBank
      
   2. 
      DDBJ
      
   3. 
      EMBL
      
4. 
   Aminokislotalar ketma-ketliklarini taqqoslashda foydalaniladigan dasturlar
   
   1. 
      PDB Site Scan- oqsil strukturalarini aktiv saytlarni qidirish dasturlari
      
   2. 
      UniProt – eng yirik oqsil ma`lumot bazasi
      

Xulosa
Foydalanilgan adabiyotlar ro`yxati

Kirish
Biologik ketma-ketliklarni taqqoslash

Genetik ketma – ketliklar tahlili Sekvenirlash natijasida qo‘lga kiritilgan ulkan ma'lumotlarni qayta ishlash bioinformatikaning asosiy vazifalaridan biri sanaladi. Genlarni bir yoki har xil tur doirasida solishtirilishi oqsillar vazifasi yoki turlar o‘rtasidagi munosabatni namoyish etishi mumkin (aynan shu ko‘rinishda Filogenetik daraxtlar tuzilishi mumkin). Xozirgi kunda milliardlab juft nukleotidlardan iborat minglab organizmlar genomi bo‘yicha qidiruvni amalga oshirish uchun komp'yuter dasturlari qo‘llaniladi.
Evolyusion biologiya Evolyusion biologiya turlarning kelib chiqishi, vaqt o‘tishi bilan ularning rivojlanish jarayonini o‘rganadi. Informatika evolyusion biolog olimlarga bir necha yo‘nalishlarda yordam beradi:
Katta miqdordagi organizmlar evolyusiyasini nafaqat tuzilish yoki fiziologik nuqtai nazardan, balki ularning DNKsidagi o‘zgarishlarni ham tadqiq etish;
Butun boshli genomlarni taqqoslash, bu genlar duplikasiyasi, genlarning lateral tashilishi kabi kompleks evolyusion jarayonlarni o‘rganish va bakterial o‘ziga xos faktorlarni tahmin etish imkonini beradi;
Genom annotasiyasi Genomikaning kontekstida annotasiya – DNK ketma –ketliklarida gen va boshqa ob'ektlarning belgilash jarayoni kabi tavsiflanadi. Genomni annotasiyalovchi birinchi dasturiy tizim birinchi marotaba erkin yashovchi tirik organizm - Haemophilus influensae bakteriyasini genomini sekvenirlab, tahlil etib bergan gurux ishtirokchisi Ouen Uayt (ingl. Owen White) tomonidan 1995 yilda yaratilgan. Doktor Uayt genlar, tRNK va DNKning boshqa ob'ektlarini izlab topuvchi tizimni yaratdi va ushbu genlar vazifasiga birinchi marotaba tushuntirishlar kiritib o‘tdi. Ko‘pchilik zamonaviy tizimlar ham shunga o‘xshash tarzda ishlaydi, lekin bu dasturlar doimiy ravishda yangilanib va yaxshilanib boriladi.
Biologik xilma – xillikni baholash. Ekotizimning biologik xilma hilligi – aniq bir muhitni tashkil etuvchi, istiqomat qiluvchi barcha turlarning to‘liq genetik yig‘indisi kabi aniqlanishi mumkin. Ushbu soxaning eng muhim potensiallaridan biri – bu nobud bo‘lib borayotgan turlarning DNK ketma – ketligi yoxud butun genomining tahlil etilishi sanaladi. Bunda o‘sha turning genetik ma'lumotlari komp'yuterda saqlanib qoladi va kelajakda ushbu tur butunlay yo‘qolib ketgan taqdirda ham uning ma'lumotlaridan foydalanish imkoni bo‘ladi.

Nukleotidlar ketma-ketligini taqqoslashda foydalaniladigan dasturlar

GenBank
GenBank ketma - ketligi ma'lumotlar bazasi ochiq foydalanish mumkin bo'lgan barcha nukleotidlar ketma-ketligi va ularning oqsil tarjimalarining izohli to'plamidir . U Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi (NCBI; Qo'shma Shtatlardagi Milliy Sog'liqni saqlash institutlarining bir qismi ) tomonidan Xalqaro nukleotidlar ketma-ketligi ma'lumotlar bazasi hamkorlik (INSDC) doirasida ishlab chiqariladi va qo'llab-quvvatlanadi .
GenBank va uning hamkorlari butun dunyo bo'ylab laboratoriyalarda 100 000 dan ortiq turli organizmlardan ishlab chiqarilgan ketma-ketliklarni oladi . Ma'lumotlar bazasi 1982 yilda Valter Goad va Los Alamos milliy laboratoriyasi tomonidan boshlangan . GenBank biologik sohalardagi tadqiqotlar uchun muhim ma'lumotlar bazasiga aylandi va so'nggi yillarda har 18 oyda ikki baravar ko'payib, eksponentsial sur'atda o'sdi
2021-yil fevral oyida ishlab chiqarilgan 242.0 relizida 2 milliarddan ortiq ketma-ketlikda 12 trilliondan ortiq nukleotid asoslari mavjud. GenBank alohida laboratoriyalardan toʻgʻridan-toʻgʻri taqdim etish, shuningdek, keng koʻlamli sekvensiya markazlaridan ommaviy taqdimotlar asosida qurilgan.
enBankga faqat original ketma-ketliklarni topshirish mumkin. To'g'ridan-to'g'ri topshirishlar GenBankga Internetga asoslangan BankIt yoki mustaqil yuborish dasturi Sequin yordamida amalga oshiriladi. Taqdim etilgan ketma-ketlikni olgandan so'ng, GenBank xodimlari ma'lumotlarning originalligini tekshiradi va ketma-ketlikka kirish raqamini belgilaydi va sifatni tekshirishni amalga oshiradi. Taqdim etilgan ma'lumotlar ommaviy ma'lumotlar bazasiga chiqariladi, u erda yozuvlar Entrez tomonidan olinadi yoki FTP orqali yuklab olinadi . Expressed Sequence Tag (EST), Sequence-tagged sayt (STS), Genom Survey Sequence (GSS) va High-Throughput Genom Sequence- ning ommaviy yuborilishi(HTGS) ma'lumotlari ko'pincha keng ko'lamli ketma-ketlik markazlari tomonidan taqdim etiladi. GenBank to'g'ridan-to'g'ri topshirish guruhi to'liq mikrobial genom ketma-ketligini qayta ishlaydi.
Los Alamos Milliy Laboratoriyasining (LANL) nazariy biologiya va biofizika guruhidan Valter Goad va boshqalar 1979 yilda Los Alamos ketma-ketligi ma'lumotlar bazasini yaratdilar, bu 1982 yilda ommaviy GenBankning yaratilishi bilan yakunlandi. Moliyalashtirish Milliy Sogʻliqni saqlash institutlari , Milliy fan jamgʻarmasi, Energetika departamenti va Mudofaa vazirligi tomonidan taqdim etilgan. LANL GenBankda Bolt, Beranek va Newman firmalari bilan hamkorlik qildi va 1983 yil oxiriga kelib unda 2000 dan ortiq ketma-ketliklar saqlangan.
1980-yillarning o'rtalarida Stenford universitetidagi Intelligenetics bioinformatika kompaniyasi LANL bilan hamkorlikda GenBank loyihasini boshqargan. Internetdagi eng dastlabki bioinformatika hamjamiyat loyihalaridan biri sifatida GenBank loyihasi biosentlar oʻrtasida ochiq muloqotni targʻib qilish uchun BIOSCI /Bionet yangiliklar guruhlarini ishga tushirdi . 1989 yildan 1992 yilgacha GenBank loyihasi yangi tashkil etilgan Milliy Biotexnologiya Axborot Markaziga o'tdi .
162.0 (2007 yil oktabr) nashri uchun GenBank reliz eslatmalarida "1982 yildan hozirgi kunga qadar GenBank bazalari soni har 18 oyda taxminan ikki baravar ko'paygan" deyiladi. 2019-yil 15-iyun holatiga koʻra , GenBank relizi 232.0 213.383.758 ta joylashuv, 329.835.282.370 ta bazaga ega boʻlib, 213.383.758 ta xabar qilingan ketma-ketliklardan iborat.
GenBank ma'lumotlar bazasi asosiy ketma-ketlik ma'lumotlarini to'plashdan mexanik ravishda tuzilgan qo'shimcha ma'lumotlar to'plamlarini o'z ichiga oladi va shuning uchun bu hisobdan chiqarib tashlanadi.

Biotexnologiya ma'lumotlari milliy markazi (NCBI BLAST) mahalliy moslashuvni qidirish vositasi (NCBI BLAST) yordamida qidirilishi mumkin bo'lgan ommaviy ma'lumotlar bazalarida shtammlarning ko'rib chiqilgan ketma-ketligi va tur bo'lmagan shtammlar ketma-ketligi mavjud emas. Boshqa tomondan, tijorat ma'lumotlar bazalarida yuqori sifatli filtrlangan ketma-ketlik ma'lumotlari mavjud bo'lsa-da, cheklangan miqdordagi mos yozuvlar ketma-ketligi mavjud.