Mavzu : Biologik ketma-ketliklarni ma`lumotlar bazalari bo`yicha taqqoslanishi uchun dasturlar

Journal of Clinical Microbiology  da chop etilgan maqolada GenBank bilan tahlil qilingan 16S rRNK genini ketma- ketlashtirish natijalari EzTaxon -e va boshqa erkin foydalanish mumkin boʻlgan, sifati nazorat qilinadigan, internetga asoslangan ommaviy maʼlumotlar bazalari bilan birgalikda baholangan. BIBI maʼlumotlar bazalari. Natijalar shuni ko'rsatdiki, EzTaxon -e (kappa = 0,79) bilan birgalikda GenBank yordamida o'tkazilgan tahlillar GenBank (kappa = 0,66) yoki boshqa ma'lumotlar bazalarini ishlatishdan ko'ra ko'proq diskriminativ edi.
Umumiy ma'lumotlar bazasi bo'lgan GenBank ma'lum bir turga noto'g'ri tayinlangan ketma-ketlikni o'z ichiga olishi mumkin, chunki organizmning dastlabki identifikatsiyasi noto'g'ri. Yaqinda Genome jurnalida chop etilgan maqola mitoxondrial sitoxrom c oksidaza I subbirliklari ketma-ketligining 75% baliq Nemipterus mezoprionga noto'g'ri tayinlanganligini ko'rsatdi, buning natijasida dastlab noto'g'ri identifikatsiya qilingan shaxslar ketma-ketligidan foydalanish davom etgan. Mualliflar noto'g'ri ilmiy nomlar bilan ommaga ochiq ketma-ketliklarni keyingi tarqatmaslik bo'yicha tavsiyalar beradi.

DDBJ - DNA DATA BANK OF BANK

Yaponiyaning DNK ma'lumotlar banki ( DDBJ ) DNK ketma-ketliklarini to'playdigan biologik ma'lumotlar bazasidir. U Yaponiyaning Sidzuoka prefekturasidagi Milliy Genetika Institutida (NIG) joylashgan . Shuningdek, u Xalqaro nukleotidlar ketma-ketligi ma'lumotlar bazasi hamkorlik tashkiloti yoki INSDC a'zosidir . U o'z ma'lumotlarini Evropa bioinformatika institutidagi Evropa molekulyar biologiya laboratoriyasi va Milliy biotexnologiya ma'lumotlar markazidagi GenBank bilan almashadi .kundalik ravishda. Shunday qilib, ushbu uchta ma'lumotlar banki istalgan vaqtda bir xil ma'lumotlarni o'z ichiga oladi.
DDBJ ma'lumotlar banki faoliyatini 1987 yilda NIGda boshlagan va Osiyodagi yagona nukleotidlar ketma-ketligi ma'lumotlar banki bo'lib qolmoqda. 
DDBJ o'z ma'lumotlarini asosan yapon tadqiqotchilaridan oladigan bo'lsa-da, u boshqa har qanday mamlakatdan ma'lumotlarni qabul qilishi mumkin. DDBJ asosan Yaponiya Ta'lim, Madaniyat, Sport, Fan va Texnologiya Vazirligi (MEXT) tomonidan moliyalashtiriladi. DDBJ xalqaro maslahat qo'mitasiga ega bo'lib, u to'qqiz a'zodan iborat bo'lib, har biri Yevropa, AQSh va Yaponiyadan 3 tadan a'zodir. Ushbu qo'mita yiliga bir marta DDBJ ga texnik xizmat ko'rsatish, boshqarish va kelajak rejalari haqida maslahat beradi. Bundan tashqari, DDBJ xalqaro hamkorlik qo'mitasiga ega bo'lib, u xalqaro hamkorlik bilan bog'liq turli texnik masalalar bo'yicha maslahat beradi va ishchi darajadagi ishtirokchilardan iborat.
EMBL
Yevropa nukleotidlar arxivi
Evropa nukleotidlar arxivi ( ENA ) izohli DNK va RNK ketma-ketliklariga bepul va cheklanmagan kirishni ta'minlovchi ombordir . Shuningdek, u eksperimental protseduralar, ketma- ketlikni yig'ish tafsilotlari va ketma- ketlik loyihalari bilan bog'liq boshqa metama'lumotlar kabi qo'shimcha ma'lumotlarni saqlaydi . Arxiv uchta asosiy ma'lumotlar bazasidan iborat: Sequence Read Archive , Trace Archive va EMBL Nukleotid Sequence Database (shuningdek, EMBL-bank sifatida ham tanilgan).  ENA Yevropa bioinformatika instituti tomonidan ishlab chiqariladi va qoʻllab-quvvatlanadi va tashkilotning aʼzosi hisoblanadiYaponiyaning DNK ma'lumotlar banki va GenBank bilan birgalikda nukleotidlar ketma- ketligi ma'lumotlar bazasining xalqaro hamkorligi (INSDC) .
ENA nukleotidlar ketma-ketligi ma'lumotlari uchun birinchi xalqaro qo'llab-quvvatlanadigan resurs sifatida 1982 yilda chiqarilgan EMBL ma'lumotlar kutubxonasidan chiqdi. 2012 yil boshidan boshlab ENA va boshqa INSDC aʼzolari maʼlumotlar bazalarida 5682 ta organizmning toʻliq genomlari va deyarli 700.000 tasi uchun ketma-ketlik maʼlumotlari mavjud edi. Bundan tashqari, ma'lumotlar hajmi taxminan 10 oylik ikki baravar ko'payib, eksponent ravishda o'sib bormoqda. 
Evropa nukleotidlar arxivi alohida ma'lumotlar bazalaridan kelib chiqqan bo'lib, ulardan eng birinchisi EMBL ma'lumotlar kutubxonasi bo'lib, 1980 yil oktyabr oyida Geydelbergdagi Evropa molekulyar biologiya laboratoriyasida (EMBL) tashkil etilgan . Ushbu maʼlumotlar bazasining birinchi nashri 1982-yil aprel oyida chiqarilgan va taxminan 500 000 ta asosiy juftlikdan iborat jami 568 ta alohida yozuvni oʻz ichiga olgan . 1984 yilda EMBL ma'lumotlar kutubxonasiga murojaat qilib, Kneale va Kennard "bir necha yil oldin ma'lum bo'ldiki, ketma-ketliklarning katta kompyuterlashtirilgan ma'lumotlar bazasi molekulyar biologiya bo'yicha tadqiqotlar uchun zarur bo'ladi". 

Nukleotidlar ketma-ketligi ma'lumotlari kitob shaklida.
O'sha paytdagi asosiy tarqatish usuli magnit lenta orqali bo'lishiga qaramay, 1987 yilga kelib, EMBL ma'lumotlar kutubxonasi xalqaro miqyosda taxminan 10 000 olimlar tomonidan foydalanilgan. Oʻsha yili BITNET , EARN va dastlabki Internet orqali maʼlumotlar bazasi yozuvlariga xizmat koʻrsatish uchun EMBL fayl serveri taqdim etildi . 1988 yil may oyida Nuklein kislotalari tadqiqoti jurnali " [Nuklein kislotalari tadqiqoti] ga taqdim etilgan va ketma-ketlik ma'lumotlarini o'z ichiga olgan yoki muhokama qiladigan qo'lyozmalar ma'lumotlar EMBL ma'lumotlar kutubxonasiga saqlanganligini tasdiqlovchi dalillar bilan birga bo'lishi kerak" siyosatini joriy qildi.
1990-yillarda EMBL maʼlumotlar kutubxonasi EMBL nukleotidlar ketma-ketligi maʼlumotlar bazasi deb oʻzgartirildi va rasmiy ravishda Heidelbergdan Yevropa bioinformatika institutiga (EBI) koʻchirildi. 2003-yilda nukleotidlar ketma-ketligi maʼlumotlar bazasi maʼlumotlar bazasidagi barcha joriy va oldingi yozuvlarning yozuvlarini saqlaydigan Sequence Version Archive (SVA) qoʻshilishi bilan kengaytirildi. Bir yildan soʻng 2004-yil iyun oyida har bir yozuv uchun maksimal ketma-ketlik uzunligi boʻyicha cheklovlar olib tashlandi (keyinchalik 350 kilobaza ), bu butun genom ketma-ketliklarini yagona maʼlumotlar bazasi yozuvi sifatida saqlashga imkon berdi.
Sanger sekvensiyasini o'zlashtirgandan so'ng , Wellcome Trust Sanger instituti (o'sha paytda The Sanger Centre deb nomlanuvchi) The Trace Archive deb nomlangan ma'lumotlar bazasida sifatli ma'lumotlar bilan birga ketma-ketlikni o'qishni kataloglashni boshladi.  Trace Arxive Roche va Illumina kabi kompaniyalar tomonidan yuqori oʻtkazuvchanlikka ega parallel ketma-ketlik texnologiyalarini tijoratlashtirish natijasida sezilarli darajada oʻsdi . 2008 yilda EBI ENA ni tashkil etish uchun Trace Archive, EMBL Nukleotid Sequence Database (hozirda EMBL-Bank nomi bilan ham tanilgan) va yangi ishlab chiqilgan Sequence (yoki Qisqa) Oʻqish Arxivini (SRA) birlashtirdi. keng qamrovli nukleotidni ta'minlashdaketma-ketlik arxivi.  Xalqaro nukleotidlar ketma-ketligi maʼlumotlar bazasi hamkorlik tashkiloti aʼzosi sifatida ENA har kuni Yaponiyaning DNK maʼlumotlar banki va GenBank bilan maʼlumotlarni almashadi.