Mavzu : Biologik ketma-ketliklarni ma`lumotlar bazalari bo`yicha taqqoslanishi uchun dasturlar

UniProtKB/TrEMBL 

UniProtKB/TrEMBL avtomatik izohlar bilan boyitilgan yuqori sifatli hisob-kitob asosida tahlil qilingan yozuvlarni o'z ichiga oladi. UniProtKB/Swiss-Prot-ning ko'p vaqt va mehnat talab qiladigan qo'lda izohlash jarayonini barcha mavjud protein ketma-ketliklarini qamrab olish uchun kengaytirib bo'lmagani uchun genom loyihalari natijasida ma'lumotlar oqimining ortishiga javoban joriy etildi. ^[10] EMBL-Bank/GenBank/DDBJ nukleotidlar ketma-ketligi ma'lumotlar bazasidagi izohli kodlash ketma-ketliklarining tarjimalari avtomatik tarzda qayta ishlanadi va UniProtKB/TrEMBL-ga kiritiladi. UniProtKB/TrEMBL shuningdek, PDB dan va genlarni bashorat qilishdan, jumladan Ensembl , RefSeq va CCDS dan ketma-ketlikni o'z ichiga oladi . 2021-yil 22-iyuldan boshlab u AlphaFold uchinchi darajali va Alphafold-multimer bilan bashorat qilingan, hatto to'rtlamchi ^[17] tuzilmalarni amalga oshirishi mumkin. 

UniParc 

UniProt arxivi (UniParc) keng qamrovli va ortiqcha bo'lmagan ma'lumotlar bazasi bo'lib, u asosiy, ommaviy mavjud bo'lgan oqsillar ketma-ketligi ma'lumotlar bazalaridagi barcha oqsil ketma-ketliklarini o'z ichiga oladi. Proteinlar bir nechta turli xil manba ma'lumotlar bazalarida va bir xil ma'lumotlar bazasida bir nechta nusxada mavjud bo'lishi mumkin. Ortiqchalikni oldini olish uchun UniParc har bir noyob ketma-ketlikni faqat bir marta saqlaydi. Bir xil ketma-ketliklar bir xil yoki boshqa turlardan bo'lishidan qat'i nazar, birlashtiriladi. Har bir ketma-ketlikka barqaror va noyob identifikator (UPI) beriladi, bu turli manba ma'lumotlar bazalaridan bir xil proteinni aniqlash imkonini beradi. UniParc faqat oqsil ketma-ketligini o'z ichiga oladi, izohsiz. UniParc yozuvlaridagi ma'lumotlar bazasining o'zaro bog'liqligi manba ma'lumotlar bazalaridan oqsil haqida qo'shimcha ma'lumot olish imkonini beradi. Manba ma'lumotlar bazasidagi ketma-ketliklar o'zgarganda, bu o'zgarishlar UniParc tomonidan kuzatiladi va barcha o'zgarishlar tarixi arxivlanadi.