The platon crystallographic package

1.3.5.5 – ABSX – Crystal Dimension Optimization
Crystal description optimization on the basis of psi-scan data. Numerically corrected psi-
scan data are displayed in comparison with the experimental curves. The geometry of the 
crystal can be changed manually in order to investigated its impact on the fit of both curves.
Sub-Menu #0 – (Section 1.4.16) – Options 
1.3.5.6 - ABSS - Spherical Absorption Correction 
Correction for absorption of a spherically shaped crystal. The correction is based on 
'Dwiggens (1975)' 
Sub-Menu #0 – (Section 1.4.16) – Options 
Two data input files are required: 
1.
name.ins : instruction file: 
2.
name.hkl : reflection file: (hkl F^2 sig(F^2) + direction cosines) with SHELXL 
HKLF 4 format (3I4, 2F8.2,I4,6F8.5). 
Input data on name.ins 
TITL titl
CELL lambda a b c alpha beta gamma
ABSS mu radius 
Notes: 
- mu and r should have the same (reciprocal) dimension. 
- r is radius, not diameter ! 
Calculations are invoked with: 
platon name.ins 
The corrected data are on: name.hkp 
1.3.5.7 - SHXABS - Empirical Absorption Correction
Empirical correction for absorption based on the modeling of the absorption surface with 
spherical harmonics using the difference between I(obs) and I(calc). This implementation is 
similar but not identical to SHELXA. I(obs) is calculated from the model present in the '.res' 
file. This file may contain a HKLF line carrying a transformation matrix. 
The correction is attempted, based on a .res and .hkl file. Structure factors are calculated 
based on the data in the '.res' file. 
The 'corrected' data are written to a .hkp file. 
Note: the usual warnings for the application of empirical correction techniques apply. 
1.3.5.14 -  XtlPlanAng – Crystal Plane Angle Calculation 
This option allows for the calculation of the angle between two crystal faces. The angle 

---

request can be entered as the keyboard instruction: ANGLE h1 k1 l1 h2 k2 l2 where h1 k1 
l1 and h2 k2 l2 are the respective sets of plane indices. The input to the program should at 
least contain the cell dimensions (e.g. a .res or a .cif).
1.3.5.15 - XTAL HABIT – Display of a Face Indexed Crystal
A drawing of a crystal is generated based on a supplied face-indexed description. 
Sub-Menu #0 – (Section 1.4.16) – Options 
Example file xtal.ins: 
TITL XTAL
CELL 3.1304 3.1349 16.9117 90 90 90
FACE 1 0 8 .0434
FACE -1 0 8 .0434
FACE 1 0 -8 .0434
FACE -1 0 -8 .0434
FACE 0 1 8 .0651
FACE 0 -1 8 .0651
FACE 0 1 -8 .0651
FACE 0 -1 -8 .0651
FACE 0 0 1 .0325
FACE 0 0 -1 .0325
Invoking PLATON with platon xtal.ins followed by either clicking on the XTAL HABIT 
menu-item or by typing XTAL will bring up a drawing of the crystal and the ABSCOR-
MENU. The crystal drawing can be stepwise rotated by clicking on the RotX, RotY and 
RotZ buttons. Faces may be added, changed or deleted (Either by clicking on the Menu-
items FaceAdd & FaceDelete or from the Keyboard)). E.g. adding an additional (1 0 0) 
plane is accomplished with the keyboard instruction FACE 1 0 0 0.06 and the deletion of 
the (0 0 1) face with DELF 0 0 1 . The current number of faces, edges and vertices is 
displayed on the drawing. The crystal is checked for finiteness using Eulers rule that: 
Number of Planes + number of Vertices = number of Edges + 2. If not, the message Crystal 
not Finite is issued. END or EXIT will terminate the session. 
1.3.6.1 - Validation – Validation Tests on CIF(+FCF) & CCDC-CIF-data
 
This Tool performs a CIF validation and, when supplied, also an FCF Validation. See 
Chapter 8 for more details. The CIF file can be a multi-entry file. The data names for 
corresponding entries in the two files should be identical. The result is displayed with copies 
on files extensions .chk and .ckf. The alternative terminal window command for this 
analysis is: platon -U name.cif. Documentation of the validation report can be found in 
http://www.cryst.chem.uu.nl/spek/platon/CIF-VALIDATION.pdf
  and
http://www.cryst.chem.uu.nl/spek/platon/FCF-VALIDATION.pdf.
1.3.6.2 – ASYM-VIEW – Inspect the Data in Diffraction Sphere Sections 
This PLATON tool may be used to get an overview over a data set in reciprocal space as a 
function of resolution, data quality, completeness and missing data. A .res or .cif parameter 

---

file and a .hkl or .fcf structured reflection file are needed. The tool is invoked via clicking 
on ASYM-VIEW on the PLATON main menu or with the keyboard instruction CALC 
ASYM VIEW. Data completeness (in particular with reference to missing low angle data or 
cusps of data) is an important issue for CCD and image plate derived data sets. 
Sub-Menu #0 – (Section 1.4.14) – Options
Example: Needed are the file asym.hkl and a file asym.ins with the following content:
 
TITL s521b
CELL 0.7107 23.302 8.259 16.871 90.00 115.70 90.00
SPGR C2/c
ASYM is invoked as platon asym.ins followed by clicking on ASYM VIEW. The graphics 
then looks like in Fig. 1.3.6.2-1. 
Fig. 1.3.6.2-1. The hk0 layer displayed with ASYM VIEW. A series of resolution rings is  
shown [sin(theta) / lambda)] starting at 0.50 Angstrom
-1
 in steps of 0.05. The red ring 
represents the 'critical' 0.6 (about 25 degrees for MoKa) minimum resolution level required  
for Acta Cryst. papers. Only a hemisphere of data is shown. Friedel related reflections are  
averaged. Reflections in the asymmetric section of the hemisphere are represented by 'L' for  
weak reflections with I < 2 sigma(I), '*' for those reflections with intensities > 10 sigma(I)  
or the number of sigma's. Symmetry related sections show a '+' for reflections with a  
symmetry related reflection in the asymmetric section. 'Blanc' areas either indicate missing  
reflections or systematic absences (Left out on the basis of the symmetry provided in the .res 

---