The platon crystallographic package

(or .cif).
1.3.6.3 - FCF-VALIDATION
This tool offers validation of .fcf files (in combination with the associated .cif) for 
completeness and unusual features. Given the files name.cif and name.fcf the FCF-
Validation can also be invoked as platon -V name.cif. The result of the analysis can be 
found in name.ckf Note: The 'data_' names in the .cif and .fcf should be identical. More 
information can be found in Chapter 8.
 
http://www.cryst.chem.uu.nl/spek/platon/FCF-VALIDATION.pdf
.
1.3.6.4 – DifFourier – Peak Search and Analysis of a Difference Density Map 
This tool provides an analysis of the (final) difference Fourier map. Required files are a .cif 
and a .fcf. This function can also be called via platon -D compound.cif. Density maxima 
and minima are listed along with their distances to the four nearest atoms in the model.
 
1.3.6.5 - Analysis of Variance 
This tool analysis Fobs versus Fcalc data. The graphical output consists of a Normal 
Probabilty Plot (Abrahams & Keve, 1971), a line plot of Iobs against Icalc and a Log-Log 
plot.The listing file reports R-values against resolution.
Sub-menu #0 – (Section 1.4.32) – Options
1.3.6.6 - Bijvoet-Pair Analysis and Bayesian Statistics
This tool offers a detailed analysis of the Bijvoet (Friedel) pairs found in an Fo/Fc reflection 
CIF, both as a Scatter Plot and in terms of Bayesian Statistics, to establish the absolute 
structure in terms of the Hooft parameter. Details on the theory behind the Hooft parameter 
can be found in  Hooft et al. (2008). See also 
Rob Hooft's Website on Absolute Structure 
Determination."
 
Required data are a .cif and an .fcf (including Friedel (Bijvoet) related reflection pairs) for 
the non-centrosymmetric structure. The structure factors that are used in the analysis are by 
default re-calculated from the parameter data in the .cif file. Alternatively, calculated 
structure factors can be taken from the .fcf by setting an appropriate switch (see warning 
below!). 
When the F(calc) values are chosen to be taken from the .fcf, that file should NOT be based 
on a BASF/TWIN refinement. Flack parameter contributions to F(calc) are incorporated by 
SHELXL-97 into the .fcf with a BASF/TWIN refinement, making them useless for this 
application. That is not the case with the default Flack parameter (hole-in-one) 
determination. 
The currently most used standard procedure for the determination of the absolute structure 
with X-ray diffraction techniques is based on the determination of the Flack parameter with 
its associated standard uncertainty as part of the least-squares refinement procedure 
(preferably with the BASF/TWIN instructions). The alternative post-refinement procedure 

---

that is implemented in PLATON (based on a theory developed by Dr. Rob Hooft) addresses 
in particular those marginal cases of relatively weak resonant power of enantiopure 
compounds where the results of the Flack analysis are inconclusive (the results of both 
procedures are consistent in cases of sufficient resonant power). 
Comparison of the Flack and Bayesian Statistics approach.
The Flack parameter can be estimated as part of the least squares refinement procedure even 
in the absence of any Friedel Pair. It has been shown that in such a case correlation may 
systematically affect its value and the positional parameters. The Hooft procedure explicitly 
needs sufficient Friedel Pair coverage in order to work. The values of the Flack and Hooft 
parameter are generally in agreement given sufficient Friedel coverage. The associated 
standard uncertainty of the latter is generally half of the former one. 
Example of a Heavy Atom Structure in P1
                                                                                                     
Example: [Flack x = -0.010(4), abs[F1(calc)**2 - F2(calc)**2] > 4 Sigma
Fig. 1.3.6.6-1 - Scatter Plot
. 
Calculated Bijvoet differences (Horizontal) are plotted against  
observed Bijvoet differences (Vertical). Vertical bars indicate one Sigma spread on the  
observed difference. Reflection indices are displayed for the strongest Bijvoet pair  
differences. Bijvoet pairs for which the observed and calculated differences have the same  
sign are shown in white and those with opposite signs in red. Only the 513 Bijvoet 
differences above the selectable sigma level (4 * Sigma in this example) are displayed in the  
scatter plot out of the total number of 7738 Bijvoet pairs. 
Sigma = sqrt(sigma**2(F1(obs)**2) + sigma**(F2(obs)**2)), where F1 and F2 represent  

---

the Friedel (Bijvoet) related reflections. 
Plot entries are expected to be located in the upper right (or inversion related lower left)  
quadrant for the correct absolute structure. Deviating entries (i.e. located in the other two  
quadrants) are in red. A least squares line (green) is calculated through the points. This line  
is expected to run from the lower left to the upper right corner for the correct absolute  
assignment. A change to the opposite absolute structure is indicated when this line runs  
from the upper left to the lower right corner. All except one of the 513 pairs that meet the  
4*Sigma criterium confirm the selected absolute structure (given that the compound is  
enantiopure). The Average Ratio parameter is expected to have a value close to 1.0 for a  
strongly determined absolute structure and is defined as: 
Sum(weight((Fo1**2-Fo2**2)/(Fc1**2-Fc2**2))) / Sum(weight) 
with: weight = abs(Fc1**2-Fc2**2) / sigma 
More details can be found in the listing file. 
Bayesian Statistics
An alternative analysis of the absolute structure is provided under the heading Bayesian 
Statistics. Three types of analysis are done: 
P2:Probability assuming two possiblities only (i.e one of the two possible enantiomorphs) 
P3:Probability assuming three possibilities only (i.e. P2 + the racemic twin option). 
Hooft:Probability based on a continuum of hypotheses. The displayed parameter is cast in 
the form of 'Flack Equivalent' Hooft parameter. The value of Hooft(S.u.) is to be compared 
with the value of Flack(s.u.). P2(true) gives the probability (scale 0 to 1) that the current 
absolute structure is the correct one, assuming that the compound is enantiopure. 
The Friedel Coverage is defined as the ratio of the number of Friedel pairs in the data set 
and the maximum possible number * 100%. 
Concluding remarks
I
t is advised to base the analysis on data with close to 100% Friedel coverage and on a fully 
refined structure. Having said that, it turns out that, in our experience, an analysis in the 
early isotropic refinement stage already predicts the correct absolute structure. 
The default analysis assumes a Gaussian error distribution. The validity of this assumption 
can be tested with a Normal Probability plot (below). 
                                                            
Sub-Menu #0 – (Section 1.4.29) – Options
                   
                     
1.3.6.7 – ASYM-EXPECT – Exact Expected Reflection Number  Count 
This tool calculates the exact number of reflections in the asymmetric unit for a given (e.g. 
in the CIF) theta-max. In non-centrosymmetric structures both the total number of 
reflections in the asymmetric unit (including Friedel/Bijvoet related reflections) and the 
number of 'Friedel-averaged' reflections are given. Systematic absences are not included in 
these counts. An approximate count as a function of theta is generated with the EXPECT-
HKL function. ASYM-EXPECT is run automatically as part of the PLATON/CALC 
instruction and as part of the VALIDATION check. 

---