The platon crystallographic package

Sub-Menu #0 – (Section 1.4.16) – Options 
MULABS as implemented in PLATON requires two files: 
1.
name.hkl : A reflection file containing the redundant data set (SHELXL HKLF 4 
FORMAT + DIRECTION COSINES) 
2.
name.ins : A small pertinent data/instruction file 
name.ins should contain the following (free format) data: 
TITL ..
CELL lambda a b c alpha beta gamma
SPGR name
MULABS (mu radius (tmin tmax l0max l1max))
Notes: 
- The CELL should correspond to that of the dataset. 
- SPGR can be either P21/c or P2/m etc. 
Thus essentially the LAUE group used to collect the set of equivalent reflections.
Can also be LATT & SYMM Lines. 
- mu should be in mm
-1
 
- radius = equivalent radius (mm) of the crystal. (Not diameter !)
- tmin & tmax are minimum and maximum crystal dimensions 
- l0max & l1max are the even and odd order limits of spherical harmonic expansion. 
Generally, only mu and Radius are needed on input. 
example: 
TITLE test
CELL 0.71073 10.1 10.2 10.3 90 90 90
LATT P C
SYMM -x, y, -z
MULABS 6.5 0.3
MULABS without parameter data gives a correction without the theta dependence (i.e. 
average transmission value = 1.0). Parameters may be set interactively when MULABS is 
invoked from the PLATON main menu, with MU (for mu in mm) and RADIUS (mm) 
instructions. The MULABS implementation of the Blessing algorithm is EXPERIMENTAL 
and may change somewhat on the basis of future experience. MULABS can also be called 
from the main PLATON menu (MULABS button). In that case leave out the MULABS line 
from 'name.ins' . MULABS should be useful in particular for redundant data sets collected 
with area detectors (e.g. KCCD & SMART, APEX2). However it can be also useful for 
redundant datasets originating from serial detector diffractometers. This implementation is 
independent from the particular brand/type of diffractometer used; all information needed is 
included in the (SHELX-style) direction cosines.! (apart from the cell dimensions and Laue 
symmetry). A new file (name.hkp) is written (SHELX HKLF 4 style) implementing the 
absorption correction. 
Some additional information is written to compound.lis 

---

The MULABS feature in PLATON may be run from the shell via: 
platon name.ins 
The required reflection file (SHELX HKLF 4 format) may be obtained using the 'cifin 
shelx.hkl' utility that comes with the SMN-DENZO distribution for the Nonius KCCD.
Worked Example
In general, MULABS will be run as a filter, without any further interaction. However, when 
the input file does not contain any instructions on the type of absorption correction to be 
applied or insufficient data, a graphics window/menu will come up. 
This section follows an interactive MULABS section for data available below. 
Sample data on shelx.ins: 
TITL S1564A - J.Org.Met.Chem 551(1998)67-79
CELL 0.71073 12.0908 13.6731 17.0346 90 90 90 
SPGR PMMM
Invoking PLATON with platon shelx.ins in the terminal window will bring up the 
PLATON main menu showing the varies correction for absorption options available under 
column heading ABSORPTION (Fig 0.1-1). MULABS can now be invoked by clicking on 
'MULscanABS' giving the absorption correction window and sub-menu (Fig. 1.3.5.1-1). 
Two messages in RED tell that two more data items will be needed. The (estimated) radius 
of the crystal can be supplied via the keyboard by typing 'radius 0.4'. The resulting window 
looks now like 
Fig3.
 

---

Note that the radius datum has now been accepted (green) and the next data item ready to go 
(mu 1.5). 
The next window (alter entering the mu value) looks like 
Fig. 4
. 
The actual calculations are started by clicking on 'next-step'. 
A summary of the results of the calculations is shown in 
Fig.5
 
The transmission range without (around 1.0) and including spherical correction are given in 
the lower left corner. 
The calculations are terminated by clicking on 'END'. 
The corrected data are on shelx.hkp and a more detailed listing on shelx.hkl. 
1.3.5.2 - ABSP - PSI-Scan Based Correction for Absorption
This correction method for absorption is meant for serial detector CAD4 data only !
The related Keyboard Instruction: ABSP (NOCHECK)(LIST) 
Sub-Menu #0 – (Section 1.4.16) – Options 
PLATON/ABSP for psi-scan based absorption correction requires two files 

---

1.
shelxl.ins : An instruction file 
2.
shelxl.hkl : A reflection file (SHELX HKLF 4 + Direction Cosines) 
The content of the instruction file (shelxl.ins) should look like 
TITL S588A
CELL 0.71073 11.1364 12.0577 15.3782 90 90 90
ABSP 
Notes: 
- The shelxl.hkl file should contain two sections, separated by a blank line. 
- The psi-scan data should go in the second section. 
- Such a file is produced for CAD4 data using the (local) data reduction program 
HELENA which is included in the PLATON source (see Appendix VII). 
- Each psi-scan (10 degree steps) should consist of 36 measurements. (or 37 with 
endpoint = begin + 360 degrees). 
- Include the instructions 'MENU OFF' and 'SET DISPLAY OFF' before 'ABSP' for a 
non-interactive graphics run. 
-Theta dependence of the absorption may be modelled with an additional spherical 
correction by supplying a MuR value on the ABSP instruction line or from the menu. 
The calculations may be invoked through: 
platon shelxl.ins 
The corrected data are written to: shelxl.hkp 
See for      
EXAMPLE DATA
 s588a.ins, s588a.hkl & s588a.lis 
1.3.5.3 - ABST - Analytical Absorption Correction  
Analytical absorption correction following the de Meulenaer & Tompa (1965) algorithm 
(see. Alcock (1970).  The de Meulenaer,Tompa & Alcock code for numerical absorption 
correction has been implemented in PLATON and adapted to fit into the direction cosine 
regime introduced with SHELX-76 (compatible with SHELXL97). 
Sub-Menu #0 – (Section 1.4.16) – Options
The related keyboard instruction: ABST mu (NOCHECK)(LIST) 
Where mu linear absorption coefficient (mm or cm depending on FACE) 
NOCHECK Optional: for accepting direction cosines without checking. This option should 
be used with care. 
LIST Optional listing of reflections with corrections. 
Two files are needed for the calculations: 
1.
name.ins : instruction file: 
2.
name.hkl : reflection file: (hkl F^2 sig(F^2) + direction cosines)

---