The platon crystallographic package

COMPARE. Comparison of two reflection data sets with similar cell dimensions and 
symmetry (see Appendix VIII). This mode is entered with the -d option: platon -d 
name1.fcf name2.fcf. 
0.4 - Additional General Information.
PLATON generally operates with either a parameter data file or with a parameter data file 
and a reflection data file. PLATON will search for a reflection data file with extension .fcf 
when invoked with a CIF standard file. When such a file is not found it will search for a file 
with the same name but with extension  .hkl.  When invoked with a .res or .ins the program 
will first search for a corresponding file with extension .hkl and when not found a 
corresponding file with extension  .fcf. The active files are shown in the PLATON opening 
display (Fig. 0.1-1). An alternative display (Fig. 0.4-1) will appear in case that the the file 
given as argument is not found. 
Fig. 0.4-1 - This window will be shown when the file that is given as argument to PLATON  
is not found or specified as '-'  (i.e. platon -).
CIF files can contain multiple entries. The entries are each preceded with a data_name 
where name is unique for that entry. FCF files can also be multi entry with each entry also 
preceded by data_name. The name parts should be identical in both files for the same entry. 
The same applies for the unit cell dimensions. 
PLATON uses for its calculation of structure factors the same scattering factors (that are 

---

taken from the International Tables of Crystallography) as implemented in the SHELXL 
program.
Standard Uncertainties on derived quantities are calculated with the propagation of error 
formula from the variances of the primary parameters involved.
ARU (for Asymmetric Residue Unit) is a central concept within PLATON and PLUTON. 
Molecules and assemblies are build-up and manipulated in terms of ARU's. The general 
form is shkl.mn where s is the number of the symmetry operation, k,l,m the number of unit 
translations in the direction of the cell axes with reference to the unique location and mn the 
residue number. E.g. 3654.02 indicates residue number 2, symmetry operation number three 
and shifts of 1 unit in the a direction and -1 in the c direction. For details see Section 2.4.3.

---

Chapter 1 – How to Obtain, Implement and Run PLATON
Download and implementation information is available from either:
http://www.cryst.chem.uu.nl/platon/pl030000.html
 or
http://www.platonsoft.nl/platon/pl030000.html
(The top one [the university based server]  is to be preferred. This might change over time)
For the MS-Windows version see:
http://www.chem.gla.ac.uk/~louis/software/platon or
http://www.platonsoft.nl/platon/pl030000.html
 or
http://www.cryst.chem.uu.nl/platon/pl030000.html 
(The top one is to be preferred as the latest version)
 
For the LINUX and Mac OS X implementations of PLATON it is generally recommended 
to download PLATON as the most recent source code and compile it on the target computer. 
Executables for both platforms are available as well though not always compiled from the 
latest source or might not always execute on a particular system due to differering library 
version dependencies.  A Fortran-95 compiler will be needed (e.g the freely downloadable 
gfortran compiler or the commercial Intel compiler ifort.) For Mac OS X the Xcode 
package should have been prior installed as well from the installation disk.
1.0 – Download and Implementation Procedure of PLATON using gfortran 
1. Open a terminal window 
2.
Create a directory platon and change to that directory 
3.
Download (from the WEB page given above) platon.f.gz (Complete Fortran source 
of PLATON) in that directory
4.
Download xdrvr.c.gz (A small driver routine providing a C-language -Interface to 
the X-Window graphics library Xlib)
5.
gunzip both platon.f.gz and xdrvr.c.gz
6.
Compile as gfortran -o platon platon.f xdrvr.c -lX11 
7.
Download the test data file sucrose.spf
8.
Test run the executable as ./platon sucrose.spf and click on ORTEP in the main 
menu. An ORTEP illustration will appear. Terminate by clicking on the EXIT button.
9.
When step 8 went o.k., move the PLATON executable to a location is the $PATH. 
e.g. mv platon /usr/local/bin
10.
Download the file check.def (needed for structure validation).
11.
Include the equivalent for export CHECKDEF=/Users/user/platon/check.def in a 
file such as .bash_profile for Mac-OSX.
12.
PLATON searches for a usable BROWSER. Alternatively its location can be 
specified by setting the environment variable NETEXE. Help can be obtained in this 

---

way by right-clicking on menu items. The latest information comes over the network. 
Alternatively, the help tree can be installed locally. The tarred file 
platon_html.tar.gz should be untarred in a suitable location in the file system. It also 
untars in a new directory named 'platon' . The environment variable PLAHTM 
should be set to point to this platon directory.
Notes:
Sometimes additional directives should be added on the compile line to indicate the location 
of libraries such as for X11: -L /usr/X11/lib or -L /usr/X11R6/lib. 
Instead of downloading the individual components separately the file platon.tar.gz can be 
downloaded, gunzipped and untarred. The resulting directory platon includes all the above 
and examples.
Additional environment variables are available for
 programs etc. that are not in standard 
expected locations) 
POVEXE for POVRAY. E.g. 'setenv POVEXE /usr/local/bin/povray' 
(Note: Select the x-povray version from the distribution). 
RASEXE for RASMOL. E.g. 'setenv RASEXE /usr/local/bin/rasmol' 
R3DEXE for RASTER3D. E.g. 'setenv R3DEXE /usr/local/bin/render
QUESTEXE for the location of cqbatch. E.g. 'setenv QUESTEXE /csd/bin/cqbatch'

---