Genomni kartalashtirish reja: Genetik haritalash tarixi

Haritalashning dasturiy turlari.

• Haritalashning dasturiy turlari.
• BFAST. Ingiliz abbreviaturasida Blat-like Fast Accurate Search Tool. Dasturni ishlab chiqarganlar, SNP va indellarga (insertsiya + deletsiya) xatoliklariga nisbatan ta‘sirchanlikni xisobga olishgan, o‘tkazilgan tajriba va aniqlik o‘rtasidagi balans tanlanadi.
• Juftlashgan uchlarning sekvenirlanishi amalga oshiriladi. Tajriba oxirida tahrirlash uchun Smita-Vaterman algoritmidan foydalanadi. Parallel rejimda klasterda ishlay oladi. Dasturning bfast+bwa versiyasi mavjud. Illumina, ABI SOLiD 454, Helicos formatlariga ega.
• BLAST. BLAST – tahrirlash vositasi. Har bir o‘xshashlikda bitta almashtirish imkonini bajaradi.

Bowtie. Barrouz—Uiler algoritmidan indeksatsiya uchun foydalanadi. Dastur tezligi va xotiraning ishlashi bo‘yicha optimallashtirilgan, protsessor bir nechta yadrosini ishlatishga mo‘ljallangan. Bir xil sharoitda MAQ dan 35 marta, SOAP ga nisbatan 300 marta tez tezlikda ishlaydi. Ketma-ketliklar to‘g‘ri kelmasligiga yo‘l qo‘yadi. Bowtie bazasida TopHat dasturi ishlab chiqilgan, RNA-seq taxriri uchun. BWA. BWA (biologik ketma-ketliklarni taxrirlaydi) — dastur uch komplektdan iborat: BWA-backtrack, BWA-SW va BWA-MEM. BWAbacktrack 100 juft nukleotidgacha o‘qiy oladi, BWA-SW va BWA-MEM 70 dan 1 mln.gacha bo‘lgan uzun nukleotid qatorlarini o‘qiydi. BWA-MEM dasturning oxirgi versiyasi aniq va sifatl ishlab chiqilgan.

• Bowtie. Barrouz—Uiler algoritmidan indeksatsiya uchun foydalanadi. Dastur tezligi va xotiraning ishlashi bo‘yicha optimallashtirilgan, protsessor bir nechta yadrosini ishlatishga mo‘ljallangan. Bir xil sharoitda MAQ dan 35 marta, SOAP ga nisbatan 300 marta tez tezlikda ishlaydi. Ketma-ketliklar to‘g‘ri kelmasligiga yo‘l qo‘yadi. Bowtie bazasida TopHat dasturi ishlab chiqilgan, RNA-seq taxriri uchun. BWA. BWA (biologik ketma-ketliklarni taxrirlaydi) — dastur uch komplektdan iborat: BWA-backtrack, BWA-SW va BWA-MEM. BWAbacktrack 100 juft nukleotidgacha o‘qiy oladi, BWA-SW va BWA-MEM 70 dan 1 mln.gacha bo‘lgan uzun nukleotid qatorlarini o‘qiydi. BWA-MEM dasturning oxirgi versiyasi aniq va sifatl ishlab chiqilgan.