Genomni kartalashtirish reja: Genetik haritalash tarixi

Organizmlarning genomini o‘rganishning yakuniy maqsadi uning genetik, sitogenetik va fizikaviy haritalarini birlashtirishdir, shuningdek, ularning to‘liq genom ketma-ketlikligi aniqlashdan iborat.

• Organizmlarning genomini o‘rganishning yakuniy maqsadi uning genetik, sitogenetik va fizikaviy haritalarini birlashtirishdir, shuningdek, ularning to‘liq genom ketma-ketlikligi aniqlashdan iborat.
• Genetik haritani tuzishda genetik markerlar joylashishining ketmaketligi ma‘lum zichlikdagi barcha xromosomalarning uzunligi bo‘ylab, ya‘ni bir-biridan juda yaqin masofada joylashgan turli polimorf DNK lokusi va DNK tarkibidagi irsiy o‘zgarishlar orqali aniqlanadi.
• Inson genomini haritalash. 1990-yildan 2003-yilgacha inson genomi dasturi o‘zining genetik va fizik haritalari asosida inson genomi haqida to‘liq tasavvur hosil qildi. Markerli ketma-ketliklarning genetik haritasi barcha inson genlarini, ayniqsa, irsiy kasalliklar genlarini haritalashni osonlashtirish uchun mo‘ljallangan bo‘lib, bu dasturning asosiy maqsadlaridan biri bo‘lib hisoblangan. Uni amalga oshirish davomida bir necha ming gen nisbatan qisqa vaqt ichida genetik haritaga tushirilgan.
• Inson genetik haritalari hozirgi kunda og‘ir irsiy kasalliklarga tashxis qo‘yishda tibbiyotda ishlatiladi.

Qisqa ketma-ketlik algoritmi (qisqa ketma-ketliklarni haritalash) — genomning aniq qisqa ketma-ketliklarni aniqlash ehtimolini yoki transkriptomdagi pozitsiyalariga mos kelishini aniqlashdan iborat bo‘lgan ikkinchi avlod tartiblash natijalarini tahlil qilish uchun qo‘llaniladigan bioinformatik usul hisoblanadi. Bu, odatda, o‘rganilayotgan organizm genomi ma‘lum bo‘lsa, ma‘lumotlarni qayta ishlashning birinchi bosqichidir.

• Qisqa ketma-ketlik algoritmi (qisqa ketma-ketliklarni haritalash) — genomning aniq qisqa ketma-ketliklarni aniqlash ehtimolini yoki transkriptomdagi pozitsiyalariga mos kelishini aniqlashdan iborat bo‘lgan ikkinchi avlod tartiblash natijalarini tahlil qilish uchun qo‘llaniladigan bioinformatik usul hisoblanadi. Bu, odatda, o‘rganilayotgan organizm genomi ma‘lum bo‘lsa, ma‘lumotlarni qayta ishlashning birinchi bosqichidir.
• Usuli. Keyingi avlod platformalar turi qisqa 50-500 nukleotid juft uzunligiga ega bo‘lgan millionlab namunalar olish kabi samarali tartiblash imkonini beradi. Buning uchun DNK yoki kDNK molekulasi ko‘plab qisqa segmentlarga bo‘linib, ular parallel ravishda tartiblanadi. Bu qisqa segmentlarning ketma-ketliklarini olgandan so‘ng ulardan to‘liq genom yoki kDNK ketma-ketliklar to‘plamini tiklash kerak. Buning uchun, aniqlangan har bir qisqa ketliklarning genomdagi ketma-ketliklarga mos keladigan eng munosib ketma-ketliklarning o‘rnini aniqlash kerak bo‘ladi.