Genomni kartalashtirish reja: Genetik haritalash tarixi

Hisoblash ishlarida bunday yondashuvlarning qo‘llanilishi bir o‘zgartirish orqali o‘qish barcha chora-tadbirlarini ko‘rib chiqish imkoni hisoblanadi. Masalan: ACGTni o‘qish uchun ulardan 3tasi bo‘lishi kerak: AC, CG, GT.

• Hisoblash ishlarida bunday yondashuvlarning qo‘llanilishi bir o‘zgartirish orqali o‘qish barcha chora-tadbirlarini ko‘rib chiqish imkoni hisoblanadi. Masalan: ACGTni o‘qish uchun ulardan 3tasi bo‘lishi kerak: AC, CG, GT.
• Bu ma‘lumotlar xotirada ko‘p joy egallaydi, ishlatilayotgan xotira miqdorini kamaytirish uchun, dasturlarda nukleotidlarning bitta kodidan foydalanish (A 00, C 01, G 10, T 11) taklif etiladi, lekin bunday o‘qishlar va ketma-ketliklar genom uchun mavjud bo‘lishi mumkin noaniq ketma-ketlik ma‘lumotlarini o‘rganishda ko‘p xatoliklarga olib keladi.
• Turli algoritmlardan xisoblash ishlarini tezlashtirish va xatolarni oldini olish uchun foydalanish mumkin. Masalan, ketma-ketliklarning joylashgan joyini aniqlash ishlarida foydalanish mumkin. Ma’lum nukleotidni x deb belgilasak, LED algoritmidan foydalanilganda, acgxacg ga acgaacg va ACGCACGGA mos keladi, ushbu algoritm juda sezgir lekin ko‘p vaqt talab qiladi.

Ko‘pincha algoritmlar ketma-ketliklar tarkibini emas, balki ularning pozisiyasini aniqlashda qo‘llaniladi. Aksariyat dasturlar Needleman — Wunsch algoritmi yoki uning modifikatsiyasidan foydalanadi. Boshqalar, masalan, GASST, Euler dasturlari masofani o‘lchash va oraliq qadamni aniqlash dasturini qo‘shadilar, bunday dasturlar asosan bir xil harflardan iborat ketma-ketliklar sonini hisobga oladi. Masalan, 5 ta G ni o‘z ichiga olgan ketma-ketlik, 1 ta G ni o‘z ichiga olgan ketma-ketlik bilan haritaga tushirilganda, kamida 4 ta almashtirishga ega bo‘lish mumkin. Bunday yondashuv yaroqsiz hududlarning olib tashlanishiga va faqat istiqbolli ketmaketliklar hududlarining aniq qo‘llash imkonini beradi.

• Ko‘pincha algoritmlar ketma-ketliklar tarkibini emas, balki ularning pozisiyasini aniqlashda qo‘llaniladi. Aksariyat dasturlar Needleman — Wunsch algoritmi yoki uning modifikatsiyasidan foydalanadi. Boshqalar, masalan, GASST, Euler dasturlari masofani o‘lchash va oraliq qadamni aniqlash dasturini qo‘shadilar, bunday dasturlar asosan bir xil harflardan iborat ketma-ketliklar sonini hisobga oladi. Masalan, 5 ta G ni o‘z ichiga olgan ketma-ketlik, 1 ta G ni o‘z ichiga olgan ketma-ketlik bilan haritaga tushirilganda, kamida 4 ta almashtirishga ega bo‘lish mumkin. Bunday yondashuv yaroqsiz hududlarning olib tashlanishiga va faqat istiqbolli ketmaketliklar hududlarining aniq qo‘llash imkonini beradi.
• Demak Hash uslubi butun genom ketma-ketliklarini o‘qish uchun emas, balkim bir xil uzunlikdagi genom qismlarini o‘qishda qo‘llanilishi mumkin. MAC, RMAP va SeqMAPning dastlabki versiyalari bu yondashuvdan foydalangan, biroq hozirgi vaqtda bitta tajribada o‘qishlar soni sezilarli darajada oshdi va bunday yondashuv hozirgi kunda samarali hisoblanmaydi.