Mavzu: Ekspressiya va protoeomika bo`yicha ma`lumotlar bazasi reja: Kirish i-bob. Proteomika ma'lumotlarini qayta ishlash

I-bob. Proteomika ma'lumotlarini qayta ishlash
1.1 Algoritm va vositalar
Keyingi bo'limlarda biz proteomika ma'lumotlarini qayta ishlash uchun ishlatiladigan turli xil bioinformatika usullarini muhokama qilamiz. Pastki oqimdan boshlab 2.1. Proteomikaning peptid
va oqsillarni identifikatsiyalash tahlili standart ish jarayoniga ega emas va ma'lum bir narsaga juda xos bo'lishi mumkin. MS dan parchalanish spektrlari ma'lumotlari olingandan so'ng, birinchi protsedura tadqiqot maqsadini aniqlashdir , biz
birinchi navbatda uchta ishlatiladigan algoritm va vositalarni tanishtiramiz. asosiy ilovalar: peptidlarning ma'lumotlar ketma- ketligi. Ushbu vazifaga ikki xil strategiya qo'llanilishi mumkin: oldindan ishlov berish, statistik tahlil va boyitish tahliliga qarshi
qidiruv. Keyin biz mashhur mashinani o'rganish usullarini va ular proteomikadagi muayyan biotibbiyot tadqiqot mavzulariga
qanday qo'llanilishini muhokama qilamiz. Va nihoyat, biz proteomika ma'lumotlaridan oqsil o'zaro ta'siri va signalizatsiya tarmoqlarini qayta qurish uchun qanday foydalanish mumkinligini muhokama qilamiz.
Proteomikani tahlil qilish uchun ishlab chiqilgan barcha bioinformatika usullarini tavsiflash ushbu sharh
doirasidan tashqarida . Shuning uchun biz foydalanilayotgan eng mashhur dasturiy vositalarga,
shuningdek, yangi eksperimental texnologiyalar uchun ishlab chiqilgan ba'zi yangi usullarga e'tibor qaratamiz.
Int. J. Mol. Sci. 2020 yil, 21, 2873 yil 3 / 25
Mass-spektrometriya asosida oqsillarni aniqlash va miqdorini aniqlash
Peptid va oqsillarni aniqlash
MS dan parchalanish spektrlari ma'lumotlari olingandan so'ng, birinchi protsedura peptidlar ketma-ketligini aniqlashdir. Ushbu vazifaga ikkita turli strategiyani qo'llash mumkin: parchalanish spektrlari ma'lumotlar bazalarini qidirish [10-12] va de novo peptidlar ketma-ketligi [13-15]. 1 -jadvalda ushbu tadqiqotda ko'rib chiqilgan peptid va oqsillarni aniqlashda keng qo'llaniladigan dasturiy vositalar ro'yxati keltirilgan .
Ma'lumotlar bazasini moslashtirish yondashuvida maqsadli ma'lumotlar bazasi barcha ifodalangan yoki faraziy oqsil ketma-ketliklarini silika hazm qilish orqali o'rnatiladi. Keyin maqsadli ma'lumotlar bazasidan har bir parchalanish spektrlari va barcha nazariy parchalanish spektrlari ma'lumotlari uchun peptid spektri mosligi (PSM) hisobi hisoblanadi. Eng yuqori PSM balliga ega bo'lgan peptid so'rov peptidiga nomzod sifatida ishlatilishi mumkin. Ma'lumotlar bazalaridan yuqori sifatli peptid spektriga mos keladigan natijalarni beradigan tegishli qidiruv algoritmlarini tanlash har doim hal qiluvchi vazifadir . SEQUEST [16] kabi an'anaviy oqsil ma'lumotlar
bazasi qidiruv tizimlari ma'lumotlar bazalaridagi ma'lum aminokislotalar ketma-ketligi va tandem massa spektridan aniqlangan fragment ionlari bo'yicha bashorat qilingan massa -zaryad nisbatining normallashtirilgan o'zaro bog'liqligiga asoslangan skorlama funktsiyasini amalga oshiradi . MASCOT [17] keyinchalik ishlab chiqilgan yana bir mashhur dastur bo'lib , u oqsillarni identifikatsiyalash uchun ehtimollikka asoslangan ballni yaratish uchun massa o'lchovlarini oqsil ketma-ketligi ma'lumotlari, oqsil hazm qilishdan olingan peptid molekulyar og'irliklari va tandem massa spektrometriyasi ma'lumotlari bilan birlashtiradi .
Tandem massa spektrometriyasi orqali oqsillarni identifikatsiyalash uchun de novo ketma-ketligi va ma'lumotlar bazasini qidirishning gibridi.
Statistik baholash usuli bilan peptid MS/MS dan aniq ketma-ketlik teglari .
Tandem massa spektrlaridan peptidlarning posttranslatsion modifikatsiyasini (PTM) identifikatsiyalash uchun dastur.
Peptidlarni aniqlash uchun tegga asoslangan ma'lumotlar bazasini qidirish vositasi.
Gibrid de novo ketma-ketlik vositasi ma'lumotlar bazasini qidirish bilan parallel ravishda ishlaydi.
De novo transkriptom yig'ish va ma'lumotlar bazasini moslashtirishga asoslangan gibrid ramka.
Otish quroli proteomik ma'lumotlarini tahlil qilish uchun veb-ga asoslangan dasturiy ta'minot.
Ma'lumotlarni mustaqil olish proteomikasi uchun keng qamrovli hisoblash tizimi.