Mavzu: Ekspressiya va protoeomika bo`yicha ma`lumotlar bazasi reja: Kirish i-bob. Proteomika ma'lumotlarini qayta ishlash

Foydalanilgan adabiyotlar
Gillet, LC; Leitner, A.; Aebersold, R. Mass-spektrometriya pastdan yuqoriga proteomikaga qo'llaniladi: gipoteza sinovi uchun yuqori o'tkazuvchanlik davriga kirish. Annu. Rev. Anal. Kimyo. 2016, 9, 449–472. [CrossRef]
Tobi, TK; Fornelli, L.; Kelleher, NL Yuqoridan pastga proteomikadagi taraqqiyot va proteoformlarni tahlil qilish. Annu. Rev. Anal. Kimyo. 2016, 9, 499–519. [CrossRef]
Donnelli, DP; Rawlins, CM; DeHart, CJ; Fornelli, L.; Schachner, LF; Lin, Z.; Lippens, JL; Aluri, KC; Sarin, R.; Chen, B.; va boshqalar. Yuqoridan pastga massa spektrometriyasi uchun buzilmagan oqsil tahlilining eng yaxshi amaliyotlari va mezonlari. Nat. Usullar 2019, 16, 587–594. [CrossRef]
Domon, B.; Aebersold, R. Proteomika ma'lumotlarini tahlil qilishda qiyinchiliklar va imkoniyatlar. Mol. Hujayra. Proteom.
2006, 5, 1921. [CrossRef]
Eng, JK; Makkormak, AL; Yates, JR. Peptidlarning tandem massa spektral ma'lumotlarini oqsil ma'lumotlar bazasida aminokislotalar ketma-ketligi bilan bog'lash uchun yondashuv . J. Am. Soc. Massa spektri. 1994, 5, 976–989. [CrossRef]
Gear, LY; Markey, SP; Kovalak, JA; Vagner, L.; Xu, M.; Maynard, DM; Yang, X.; Shi, V.; Bryant, SH
Ochiq massa spektrometriyasini qidirish algoritmi. J. Proteome Res. 2004, 3, 958–964. [CrossRef] [PubMed]
Kreyg, R.; Beavis, RC TANDEM: Tandem massa spektrlari bilan oqsillarni moslashtirish. Bioinformatika 2004, 20, 1466–1467. [CrossRef]

Danchik, V.; Addona, TA; Clauser, KR; Vath, JE; Pevzner, PA De novo peptidlarni tandem orqali tartiblash

massa spektrometriyasi. J. Hisoblash. Biol. 1999, 6, 327–342. [CrossRef] [PubMed]
Frank, A.; Pevzner, P. PepNovo: Ehtimoliy tarmoq modellashtirish orqali yangi peptidlar ketma-ketligi. Analiz. Kimyo.
2005, 77, 964–973. [CrossRef]
Shevchenko, A.; Chernushevich, I.; Ens, V.; Tik turgan, kg; Tomson, B.; Vilm, M.; Mann, M.
Nanoelektrosprey, izotopik yorliqlash va to'rt kutupli/parvoz vaqti massasi spektrometrining kombinatsiyasi bilan tezkor 'de novo'peptid sekvensiyasi . Tez aloqa. Massa spektri. 1997, 11, 1015–1024. [CrossRef]
Eng, JK; Fisher, B.; Grossmann, J.; Maccoss, MJ Tezkor SEQUEST o'zaro bog'liqlik algoritmi. J. Proteom Res. 2008, 7, 4598–4602. [CrossRef]
Perkins, DN; Pappin, DJ; Kreasy, DM; Cottrell, JS Probability-based protein identifikatsiya qilish
mass-spektrometriya ma'lumotlaridan foydalangan holda ma'lumotlar bazalarini ketma-ketlashtirish. Elektroforez 1999, 20, 3551-3567. [CrossRef]
Tyanova, S.; Temu, T.; Koks, J. Mass-spektrometriyaga asoslangan ov miltig'i uchun MaxQuant hisoblash platformasi proteomika. Nat. Protok. 2016, 11, 2301–2319. [CrossRef]