Mavzu: Ekspressiya va protoeomika bo`yicha ma`lumotlar bazasi reja: Kirish i-bob. Proteomika ma'lumotlarini qayta ishlash

^MAVZU: Ekspressiya va protoeomika bo`yicha ma`lumotlar bazasi
REJA:
Kirish
I-bob. Proteomika ma'lumotlarini qayta ishlash
1.1 Algoritm va vositalar
1.2 Proteinlar uchun MS/MS peptid ma'lumotlarini o'zgartirish.
II-bob Protein miqdori bo'yicha ma'lumotlarning statistik tahlili
2.1 Proteomikada boyitish tahlili
2.2 Ma'lumotlar to'plamidagi etishmayotgan qiymatlarning ta'siri
Xulosa
Foydalanilgan adabiyotlar
Kirish

Proteinlar deyarli barcha biologik jarayonlarda muhim molekulalardir. Ular hujayralardagi strukturaviy iskalalarni ta'minlaydi va metabolizm, biosignalizatsiya, genlarni tartibga solish, oqsil sintezi, erigan moddalarni membranalar orqali tashish, immun funktsiyasi va fotosintez kabi ko'plab jarayonlarda ishlaydi. Protein funktsiyasining g'ayritabiiy tartibga solinishi kasallik patologiyalarining eng ko'zga ko'ringan omillaridan biridir;

Shunday qilib, proteomaning kasallik tomonidan qanday bezovtalanishini tushunish biomedikal tadqiqotlarning muhim maqsadi hisobl
Ma'lumki, mRNK ko'pligi kabi transkriptoma ma'lumotlari oqsil miqdorini aniqlash uchun etarli emas [1,2] va shuning uchun ko'pincha oqsil faolligini to'g'ridan-to'g'ri o'lchash zarur. An'anaviy yondashuvlar bir yoki bir nechta oqsillarga e'tibor berishga moyildir; ammo, namunalarni ajratish va massa spektrometriya texnologiyalaridagi so'nggi o'zgarishlar bilan endi murakkab biologik tizimni yaxlit birlik sifatida ko'rib chiqish mumkin . Proteomikaning eksperimental jihatlaridagi tezkor yutuqlar molekulyar darajadagi oqsillarni tartibga solish mexanizmlari va kasallikning rivojlanishi va rivojlanishi kabi fenotipik xatti-harakatlar o'rtasidagi bog'liqlikni aniqlashga yordam beradigan turli xil quyi oqim bioinformatika tahlil usullarini ilhomlantirdi [3,4].
MS asosidagi proteomikaning odatiy eksperiment strategiyasini MS tomonidan tahlil qilinadigan oqsil hajmiga qarab ikkita keng toifaga bo'lish mumkin : pastdan yuqoriga va yuqoridan pastga [5]. Ko'proq keng tarqalgan pastdan yuqoriga yondashuvda protein namunalari massa spektrometrida tahlil qilishdan oldin peptidlarga proteolitik hazm qilinadi [6]. Yuqoridan pastga proteomikada buzilmagan oqsillar bevosita tahlil qilinadi
Onormacs meos - bu matematiklar, statistiklar va kompyuter olimlari uchun rap eveopmenlari va o'z bilimlarini talab
Machine Transqlialatdeiladr. b1-yra Gsmodoa gmlaess-spektrometriyaga asoslangan proteomikada bioinformatika tahlilining umumiy ish jarayoni ko'rsatilgan.
Ushbu sharhda biz birinchi navbatda xom massa spektral ma'lumotlarini qayta ishlash uchun ishlatiladigan vositalar
va usullarni, shu jumladan peptidlar va oqsillarni identifikatsiya qilish va miqdorini aniqlashni tasvirlaymiz. Keyingi bo'limlarda, proteomika ma'lumotlarini qayta ishlash uchun ishlatiladigan turli xil bioinformatika usullarini muhokama qilamiz. Proteomikaning quyi oqim tahlili standart ish oqimiga ega emasligi va ma'lum bir tadqiqot maqsadiga juda xos bo'lishi mumkinligi sababli, biz birinchi navbatda uchta asosiy MSda qo'llaniladigan algoritmlar va vositalarni tanishtiramiz [7,8]. Ushbu sharhda biz asosan protein dasturlari uchun mo'ljallangan bioinformatika dasturlari va platformalariga e'tibor qaratamiz : ma'lumotlarni oldindan qayta ishlash, statistik tahlil va boyitish tahlili. Keyin biz pastdan yuqoriga proteomikada identifikatsiya, miqdor va quyi oqim tahlilini muhokama qilamiz. Mashinani o'rganishning quyi oqimidagi mashhur usullari va ularning muayyan biotibbiyot tadqiqot mavzularini tahlil qilishda qanday qo'llanilishi proteomikada oqsildan biologik ma'noni olish uchun ishlatiladigan turli xil ma'lumotlarni tahlil qilish usullarini anglatadi .

Shakl 1. Mass-spektrometriyaga asoslangan proteomikada bioinformatika tahlilining umumiy ish jarayoni. Shakl 1. Mass-spektrometriyaga asoslangan proteomikada bioinformatika tahlilining umumiy ish jarayoni. (a) (a) Oqsillarning differentsial ko'pligi tahlilidan olingan MA-syujeti. X-o'qi - oqsilning differensial ko'pligi tahlilidan olingan log2 o'zgartirilgan qatlam o'zgarishi MA-syujeti. X o'qi - log2 o'zgartirilgan qatlam o'zgarishi va Y o'qi - replikatsiyalardagi o'rtacha oqsil miqdori. (b) Protein ko'pligining taqsimlanishi Y o'qi replikatsiyalardagi o'rtacha oqsil ko'pligidir. (b) normalizatsiyadan oldin va keyin protein ko'pligi ma'lumotlarini taqsimlash . (c) Klasterlash bilan oqsil ko'pligi uchun issiqlik xaritasi; (d) normalizatsiyadan oldin va keyin protein to'plami . (c) Klasterlash bilan oqsil ko'pligi uchun issiqlik xaritasi; (d) Protein to'plamini boyitish tahlili, yuqoridagi chizmadagi Y o'qi tartiblangan ro'yxat ko'rsatkichini va pastki chizmada boyitish tahlilini ko'rsatadi, yuqoridagi chizmadagi Y o'qi tartiblangan ro'yxat ko'rsatkichini va pastki chizmada ishlaydigan boyitish balli. X o'qi - oqsillar ro'yxatidagi tartibli pozitsiya. (e) Mashinani o'rganish asosida ishlaydigan boyitish ballini ko'rsatadi. X o'qi - oqsillar ro'yxatidagi tartibli pozitsiya.