Microsoft Word Materiallar Full
II INTERNATIONAL SCIENTIFIC CONFERENCE OF YOUNG RESEARCHERS
Yüklə 18,89 Mb. Pdf görüntüsü
|
- Bu səhifədəki naviqasiya:
- II INTERNATIONAL SCIENTIFIC CONFERENCE OF YOUNG RESEARCHERS
- ANTİXƏRÇƏNG XASSƏLI TRİPEPTİD MOLEKULUNUN FƏZA QURULUŞU
II INTERNATIONAL SCIENTIFIC CONFERENCE OF YOUNG RESEARCHERS 13
Qafqaz University 18-19 April 2014, Baku, Azerbaijan GLU-LYS DİPEPTİD MOLEKULUNUN FƏZA QURULUŞUNUN TƏDQİQİ Türanə KƏRİMLİ, Niftalı QOCAYEV Qafqaz Universiteti, Bakı Dövlət Universiteti turane.kerimli.1990@mail.ru AZƏRBAYCAN Peptidlərin bioloji funksiyaları və quruluşları arasındakı əlaqənin tədqiqi onların fəaliyyət mexanizminin molekulyar səviyyədə öyrənilməsinin əsasını təşkil edir.Məhz bu səbəbdən peptidlərin öyrənilməsi hal hazırda aktual mövzulardan biri olmaqda davam edir. Bir sıra dipeptid molekullarının sintezi və bioloji sınaqları nəticəsində onların neyroprotektor və antidepressiv təsirləri aşkar olunmuşdur. Hüceyrə modellərində müəyyən olunmuşdur ki ,yüklü reaksion qrupları olan aminturşularının qalıqlarından təşkil olunmuş dipeptidlər neytrofinlərin aqonist və antoqonist aktivliyinə malikdirlər [1,2]. Glu-Lys dipeptidi belə dipeptidlərdən biridir. Müxtəlif kimyəvi qruplar əhatəsində Glu-Lys dipeptidinin beyindaxili qan dövranının pozulması ilə bağlı xəstəliklərin müalicəsində istifadə edilməsi tövsiyyə olunur. Glu-Lys dipeptidinin təsir mexanizmini öyrənmək üçün ilk öncə bu molekulun fəza quruluşunun və konformasiya imkanlarının öyrənilməsi çox böyük elmi maraq kəsb edir. Dipeptid Glu-Lys molekulunun fəza quruluşu və bu quruluşun dəyişmə imkanları nəzərikonformasiya analizi üsulu ilətədqiq olunmuşdur. Glu-Lys dipeptid molekulunun konformasiyalarını müəyyənləşdirmək üçün onların xüsusiyyətləri- elektrik yüklərinə sahib olduqları nəzərə alınmalıdır.Dipeptid molekulunun konformasiyaları molekulyar mexanika üsulundan istifadə etməklə müəyyənləşdirilmişdir. Aparılan hesablamalar nəticəsində Glu-Lys dipeptidi üçün mümkün olan bütün optimal konformasiyaların həndəsi və enerji parametrlərinin qiymətləri əldə olunmuşdur.Təqdim olunmuş işdə bioloji aktiv olan Glu-Lys molekulunun hesablamalar nəticəsində əldə olunan konformasiya xüsusiyyətləri göstərilmişdir. Təqdim olunan işdə Glu-Lys dipeptid molekulunun fəza quruluşu və konformasiya xassələri nəzəri konformasiya analizi üsulu ilə tədqiq olunaraq modelləşdirilmişdir. Nəzəri konformasiya analizi üsulunda molekulun tam daxili potensial enerjisi onun tərkibində valent rabitəsində olmayan hər cüt atomların qarşılıqlı təsirlərin enerji qiymətlərinin cəminə bərabərdir. Peptid molekullarının konformasiya enerjisi mexaniki model əsasında valent bucaqları və rabitələri dəyişməz olmaq şərti ilə, qeyri-valent, torsion, elektrostatik qarşılıqlı təsirlərin və hidrogen rabitələrinin enerjilərinin cəmi kimi təyin olunmuşdur. Təqdim edilmiş işdə bioloji aktivliyə malik olan Glu-Lys dipeptidinin fəza quruluşu nəzəri konformasiya analizi üsulu ilə polyar mühit üçün (dielektrik sabiti =10) tədqiq olunmuşdur [3,4].Enerjinin minimumlaşması birinci tərtib törəmələrə görə qradient üsulu ilə aparılır. İkiüzlü bucaqların hesablanması İUPAC-İUB nomenklaturasına əsasən aparılmışdır [6].Konformasiya analizi zamanı tədqiq olunacaq dipeptidin Van der Vaals ,elektrostatik,torsion qarşılıqlı təsirlərin enerji payları və hidrogen rabitəsi enerjisi nəzərə alınmışdır. Quruluş məsələlərin həlli zamanı N.M.Qocayev və İ.S.Maksumov tərəfindən tərtib edilmiş universal proqram və alqoritmdən tripeptidin konformasiya analizindən istifadə edilmişdir [5]. Məlumdur ki, dipeptid molekulun əsas zəncirində yalnız dörd şeyp yarana bilər: ee,ef,fe,ff. Əsas zəncirin φ və ψ bucaqlarının qiymətləri aşağıdakı intervalda dəyişir: ( , ) are: R (, =-180 -0
), B ( = -180
-0 , =0
-180
), L (
, = 0 -180 ) and P ( =0 -180 , =-180 -0 ). Yan zəncirlərinin müxtəlif vəziyyətləri nəzərə alınmışdır: 1,2,3 rəqəmləri müvafiq olaraq daxili fırlanma bucaqlarının 60 º ,180
º və -60
º qiymətlərini ifadə edir. Konformasiya hesablanmaları zamani 45 variant nəzərə alınmışdır. Hesablamalar nəticəsində Glu-Lys molekulunun optimal konformasiyalarının stabilləşməsində rol oynayan enerji payları müəyyən edilmişdir (Cədvəl 1).
N
Konformasiya Şeyp
Qarşılıqlı təsirin enerji payları (kkal/mol) E q.v E el E tor E ümumi E nisbi 1 R
221 R 12222 f -8.87 1.28 0.77 -6.82 0 2 R
221 R 32222 f -8.35
1.92 0.23
-6.19 0.63
3 B 121
L 32222
f -7.86 1.39 1.28 -5.19 1.63 4 B
221 L 32222 f -7.92 1.04 1.9 -4.97 1.85
II INTERNATIONAL SCIENTIFIC CONFERENCE OF YOUNG RESEARCHERS 14
Qafqaz University 18-19 April 2014, Baku, Azerbaijan Cədvəl 1-dən göründüyü kimi, dipeptid molekulun ən aşağı enerjili konformasiyalar f şeypinə mənsub olan RR formasına aiddir.Hesablamalar nəticəsində Glu-Lys molekulunun optimal konformasiyalarını müəyyənləşdirən həndəsi parametrlər müəyyənləşdirilmişdir.Alınan nəticələrdən qlobal konformasiyaya (E nisbi =0) uyğun həndəsi parametrlər- daxili fırlanmanın ikiüzlü bucaqlarının qiymətləri cədvəl 2-də verilmişdir. Cədvəl 2. Glu-Lys molekulunun optimal konformasiyalarında ikiüzlü fırlanma bucaqlarının qiyməti (RR) Amin turşu qalığı
Yan zəncir φ ψ
χ 1 Χ 2 Χ 3 Χ 4 Χ 5
Glu -104.8 -67.7 187.8 177.1 182.2
90.1 - - Lys
-140.9 -36.4 179.6 59.1 183.2 178.2 182.7 -180.1 Aparılan təqdiqatlarGlu-Lys molekulunun mühüm quruluş əlamətlərini müəyyənləşdirməyə imkan verə bilər. Əlavə olaraq onu da qeyd etmək lazımdır ki, əldə olunan nəticələr yeni növ dərman vasitələrinin sintezinin proqnozlaşdırılmasında da istifadə oluna bilər. Ədəbiyyat 1. Gudasheva T.A., Rosantsev G.G., Ostrovskaya R.V., Trofimov S.S., Voronina T.A., Sklodinov A.P., Seredenin S.B. , Pharmaceutical Chemistry Journal (1995) , 29, 1, 14-17. 2. Gudasheva T.A., Zaitseva N.I., Pharmaceutical Chemistry Journal (2005), 39, 5, 6-11 3. Popov E.M.,Molec.biol.(Russian) (1985), 19, 1107-1118. 4. Popov E.M., Godjaev N.M.,Ismailova L.I.,Musaev S.M., Aliev R.E., Akhmedov N.A., Maksumov I.S., Bioorgan. Chem. (Russian)(1982), 8, 776-791. 5. Godjaev N.M., Maksumov I.S.,Ismailova L.I., J.Chem.Struc. (Russian), 24, (1983)147-152. 6. IUPAC-IUB, Biochem. J. (1971) 121,577-585.
ANTİXƏRÇƏNG XASSƏLI TRİPEPTİD MOLEKULUNUN FƏZA QURULUŞU
Gülşən AĞAYEVA Qafqaz Universiteti, Bakı Dövlət Universiteti binnatova@inbox.ru AZƏRBAYCAN Təqdim olunan işdə H-Tyr-Ser-Leu-OH tripeptid molekulu nəzəri konformasiya analizi üsulu ilə tədqiq olunmuşdur. Bioloji tədqiqatlardan məlumdur ki, Tyr-Ser-Leu tripeptid molekulu qaraciyərdə BEL-7402 xərçəng hüceyrələrinin inkişafını dayandırır [1-4]. Bu keyfiyyətinə görə tripeptidin farmakoloji xüsusiyyətləri terapevtik marag kəsb edir və onun xərçəng xəstəliyinin müalicəsində istifadəsi nəzərdə tutulur. Son illər dərman əhəmiyyətli peptidlərə elmi maraq artmışdır. Məlumdur ki, kiçik peptid molekulları sərbəst halda fizioloji mühitdə özlərinəməxsus stabil konformasiya vəziyyətlərində bioloji təsir göstərə bilirlər. Peptidlərin təsir mexanizmlərini öyrənmək üçün ilk növbədə onların konformasiya vəziyyətlərini müəyyən etmək vacibdır. Bu baxımdan molekulun konformasiya imkanlarının öyrənilməsi onun təsir mexanizminin aşkarlanmasına və yeni daha təsirli analoqların yaranmasına səbəb ola bilər. Nəzəri konformasiya analizi üsulunda atomlar arasındakı qarşılıqlı təsirin ümumi enerjisi Van-der-Vaals, elektrostatik, torsion qarşılıqlı təsir enerjiləri və hidrogen rabitəsi enerjisinin cəmi kimi hesablanır [5]. Bucaqların hesablanması İUPAC-İUB nomenklaturasına əsasən aparılıb [6]. Quruluş məsələlərin həlli zamanı N.M.Qocayev və İ.S.Maksumov tərəfindən tərtib edilmiş universal proqram və alqoritm bütün tələbləri tamamilə nəzərə alır və müxtəlif peptidlərin fəza quruluşlarının tədqiqində istifadə edilir [7]. Enerjinin minimumlaşması birinci tərtib törəmələrə görə qradient üsulu ilə aparılır. Molekulun əsas zəncirin müxtəlif formaları iki sinfə ayrılır: bükülü (f) və açıq (e) şeyplər. Tripeptid üçün yalnız dörd şeyp yaranır. Hesablamada tədqiq olunan tripeptidin atom modeli 54 atomdan ibarətdir və bu modeldə 18 ikiüzlü bucağı nəzərə alınmişdır. Peptidin əsas zəncirində birqat C α -N,C α -C ' ,N-C ' rabitələri və yan zəncirlərin bucaqları ətrafinda fırlanma nəticəsində həndəsi paremetrlər, qarşılıqlı təsirin enerji payları, qalıqlararası qarşılıqlı təsirin enerji payları, optimal konformasiya vəziyyətlərin ikiüzlü bucaqların qiymətləri və ümumi enerji təyin edilmişdir. Yüklə 18,89 Mb. Dostları ilə paylaş:
|