O„zbekiston respublikasi oliy va o„rta maxsus ta‟lim vazirligi samarqand davlat universiteti

 

---

[211] 
Genomning o„zgaruvchanligi va tartiblash xatolari.
Genomni haritalash ishlarida asosiy muammo shundaki, har qanday 
o‗rganilayotgan genomda o‗zgaruvchanlik mavjud bo‗lib, SNP ketma-
ketliklari va indellar orqali aniqlanadi, ushbu ketma-ketliklar albatta tartiblash 
xatolari tufayli farq qiladi. SHu sababli, genomni o‗qishda va uning "to‗g‘ri" 
holatda algoritm yozuvlarini hosil qilishda, genom har qanday joyida ko‗proq 
farqlar bo‗lishi kuzatiladi va haritalash dasturlarida noto‗g‘ri joylarni topish 
kerak bo‗ladi. Bu maqsadda turli xil yondoshuvlar qo‗llaniladi. Bunday 
tajribalarda RNK-seq usullari qo‗llanilganda, natijalar bilan ishlash muammo 
yanada murakkablashadi. Ketma-ketliklarni aniqlash va o‗qish ishlarini 
takroriy o‗tkazish natijasida qo‗shimcha xatolar kelib chiqishi mumkin. 
Bunday holatlarda, ketma-ketliklarning haritalashda joyini aniqlash imkoni 
bo‗lmaydi va ketma-ketliklarning tasodifiy joyini aniqlash yoki bir necha 
qismda joyini belgilash mumkin bo‗ladi.
Hisoblash muammosi.
Genom ketma-ketliklarin milliardlab nusxada 
hosil qilinsa, haritalash vaqti jiddiy muammo bo‗lishi mumkin. Alignment har 
doim juda katta resurs talab qiladi, lekin bunday hollarda asosiy 
muammolardan biri protsessor vaqt va xotira uchun juda oqilona va samarali 
algoritmlarni ishlatishni talab qiladi. 
Yondashuvlar.
Bu muammolarni hal qilishda ikki asosiy yondashuv 
mavjud: xesh-jadvallardan va suffiks shajaralaridan foydalanish mumkin. 
Hashing yondashuv asoslari.
Aralash ketma-ketliklarni qidiruv jarayoni 
Smit-Waterman algoritmi asosida dinamik dasturlash yordamida klassik 
algoritmlarga nisbatan ko‗p marta tezroq va iqtisoiy tejamkor usulardan 
biridir. 
Bu yondashuvda tez qidirish uchun Hash funksiyasidan foydalanadi. 
Eng oson yo‗li ketma-ketliklar uzunligidagi mos nukleotidlarga qarab 
bo‗linadi, lekin bu yondashuv ishlamaydi, uzoq so‗zlar noyob bo‗lishi 
ehtimoli ko‗proq va ularning saqlash xotirasida juda ko‗p joy egallaydi. 

---

[212] 
Buning o‗rniga, ular ancha keng tarqalgan qisqa va aralash ketma-ketliklardan 
foydalanish kerak. Hash funksiyasi tegishli o‗rinlarni olish uchun ishlatiladi. 
O‗qishni bir necha qismga bo‗lib yondashish algoritmda almashtirishlar 
imkoniyatini beradi. Demak, MAC dasturida ketma-ketliklar 4 qismga 
bo‗linadi. Agar olingan ketma-ketliklar bo‗yicha mukammal mos bo‗lsa, unda 
barcha 4 hil nukleotidlar mos keladi. Ehtimol SNP yoki tartiblash xatolarining 
mavjudligi tufayli paydo bo‗lgan ketma-ketliklarda bitta almashtirish mavjud 
bo‗lsa, u holda u nukleotidlardan biriga mos keladi, demak boshqa 3 hali ham 
mukammal mos kelmagan. Xuddi shunday, tiklash dasturlaridan LED 
mukammal hisoblanadi. SOAP, RMAP va SeqMAP shunga o‗xshash tarzda 
ishlaydi. 
Hisoblash ishlarida bunday yondashuvlarning qo‗llanilishi bir 
o‗zgartirish orqali o‗qish barcha chora-tadbirlarini ko‗rib chiqish imkoni 
hisoblanadi. Masalan: ACGTni o‗qish uchun ulardan 3tasi bo‗lishi kerak: AC, 
CG, GT.
Bu ma‘lumotlar xotirada ko‗p joy egallaydi, ishlatilayotgan xotira 
miqdorini kamaytirish uchun, dasturlarda nukleotidlarning bitta kodidan 
foydalanish (A 00, C 01, G 10, T 11) taklif etiladi, lekin bunday o‗qishlar va 
ketma-ketliklar genom uchun mavjud bo‗lishi mumkin noaniq ketma-ketlik 
ma‘lumotlarini o‗rganishda ko‗p xatoliklarga olib keladi.
Turli algoritmlardan xisoblash ishlarini tezlashtirish va xatolarni oldini 
olish uchun foydalanish mumkin. Masalan, ketma-ketliklarning joylashgan 
joyini aniqlash ishlarida foydalanish mumkin. Ma‘lum nukleotidni x deb 
belgilasak, LED algoritmidan foydalanilganda, acgxacg ga acgaacg va 
ACGCACGGA mos keladi, ushbu algoritm juda sezgir lekin ko‗p vaqt talab 
qiladi.
Ko‗pincha algoritmlar ketma-ketliklar tarkibini emas, balki ularning 
pozisiyasini aniqlashda qo‗llaniladi. Aksariyat dasturlar Needleman — 
Wunsch algoritmi yoki uning modifikatsiyasidan foydalanadi. Boshqalar, 

---

[213] 
masalan, GASST, Euler dasturlari masofani o‗lchash va oraliq qadamni 
aniqlash dasturini qo‗shadilar, bunday dasturlar asosan bir xil harflardan 
iborat ketma-ketliklar sonini hisobga oladi. Masalan, 5 ta G ni o‗z ichiga olgan 
ketma-ketlik, 1 ta G ni o‗z ichiga olgan ketma-ketlik bilan haritaga 
tushirilganda, kamida 4 ta almashtirishga ega bo‗lish mumkin. Bunday 
yondashuv yaroqsiz hududlarning olib tashlanishiga va faqat istiqbolli ketma-
ketliklar hududlarining aniq qo‗llash imkonini beradi. 
Demak Hash uslubi butun genom ketma-ketliklarini o‗qish uchun emas, 
balkim bir xil uzunlikdagi genom qismlarini o‗qishda qo‗llanilishi mumkin. 
MAC, RMAP va SeqMAPning dastlabki versiyalari bu yondashuvdan 
foydalangan, biroq hozirgi vaqtda bitta tajribada o‗qishlar soni sezilarli 
darajada oshdi va bunday yondashuv hozirgi kunda samarali hisoblanmaydi.