O„zbekiston respublikasi oliy va o„rta maxsus ta‟lim vazirligi samarqand davlat universiteti

Mavzini mustahkamlash uchun savollar: 
1.Farmakogenetika yo‗nalishi mohiyatini ochib bering? 
2.Farmakogenetika sohasida farmakoterapiya samaradorligi qanday omillarga 
bog‘liq? 
3. Dorivor vositalarning ta‘siriga gen polimorfizmining ahamiyatini ochib bering? 
4. Onkologiya sohasida farmakogenetika ahamiyatini ochib bering? 

---

[206] 
13- BOB.KARTALASHTIRISH DASTURLARI, GENLARNING FILOGENETIK 
SHAJARALARINI O`RGANISH 
 
Genetik harita-strukturaviy genlar, boshqaruvchi gen qismlari va genetik 
markerlarning nisbiy joylashuvi hamda ular orasidagi nisbiy masofalarning 
xromosoma (birikish guruhlari) bo‗yicha diagrammasidir. Genetik haritalarni tuzish 
usuli genetik haritalash deb ataladi. 
Genetik haritalash tarixi.
Dastlab xromosomalarda genlarning o‗zaro 
joylashishi ular orasidagi krossingover chastotasi bilan aniqlandi. Birinchi marta 
xromosomalarning genetik haritalarini bu uslubda tuzish imkoniyati 1913-1915 
yillarda T. Morgan, A. Stertevant va Morganning laboratoriyasi hodimlari 
tomonidan genlarni birikish va krossingover hodisalariga asoslangan holda 
eksperimental usulda ishlab chiqildi. Ushbu tarihiy sanadan boshlab, genetik masofa 
odatda santimorgan-yoki santimorganidlar, sM sifatida o‗lchanadi, 1 sM 1% larda 
krossingover chastotasiga mos keladi.
Genetik harita ishlab chiqilgan birinchi organizm qorin qismi qora rangli
Drosophila melanogaster pashshasi bo‗lgan. Keyingi bosqichda boshqa turlar uchun 
genetik haritalash amalga oshirildi. SHunday qilib, genetik harita ishlab chiqilgan 
birinchi qush va birinchi xayvon uy tovug‘i hisoblanadi. Uy tovug‘ining birinchi 
genetik haritasini ishlab chiqgan va 1930 yilda uni nasr etgan olimlar A. S. 
Serebrovskiy va S. G. Petrovga tegishli edi. 
Haritalashning dasturiy turlari. 
BFAST.
Ingiliz abbreviaturasida 
Blat-like Fast Accurate Search Tool
. 
Dasturni ishlab chiqarganlar, 
SNP
va indellarga (insertsiya + deletsiya)
xatoliklariga nisbatan ta‘sirchanlikni xisobga olishgan, o‗tkazilgan tajriba va aniqlik 
o‗rtasidagi balans tanlanadi. 
Juftlashgan uchlarning sekvenirlanishi amalga oshiriladi. Tajriba oxirida 
tahrirlash uchun Smita-Vaterman algoritmidan foydalanadi. Parallel rejimda 
klasterda ishlay oladi. Dasturning bfast+bwa versiyasi mavjud. Illumina, ABI 
SOLiD 454, Helicos formatlariga ega. 

---

[207] 
BLAST.
BLAST – tahrirlash vositasi. Har bir o‗xshashlikda bitta 
almashtirish imkonini bajaradi. 
Bowtie.
Barrouz—Uiler algoritmidan indeksatsiya uchun foydalanadi. 
Dastur tezligi va xotiraning ishlashi bo‗yicha optimallashtirilgan, protsessor 
bir nechta yadrosini ishlatishga mo‗ljallangan. Bir xil sharoitda MAQ dan 35 
marta, SOAP ga nisbatan 300 marta tez tezlikda ishlaydi. Ketma-ketliklar 
to‗g‘ri kelmasligiga yo‗l qo‗yadi. Bowtie bazasida TopHat dasturi ishlab 
chiqilgan, RNA-seq taxriri uchun. 
BWA.
BWA (biologik ketma-ketliklarni taxrirlaydi) — dastur uch 
komplektdan iborat: BWA-backtrack, BWA-SW va BWA-MEM. BWA-
backtrack 100 juft nukleotidgacha o‗qiy oladi, BWA-SW va BWA-MEM 70 
dan 1 mln.gacha bo‗lgan uzun nukleotid qatorlarini o‗qiydi. BWA-MEM 
dasturning oxirgi versiyasi aniq va sifatl ishlab chiqilgan. 
BWA-SW va BWA-MEM ximerli ketma-ketliklarni topa oladi.
BWA-SW, Barrouza—Uiler qayta qurishlarini Smit—Vaterman taxriri 
orqali foydalanadi. Uzun ketma-ketliklar bilan ishlay oladi, BLAST ga 
nisbatan aniq va tezroq ishlaydi.
ELAND.
Efficient Local Alignment of Nucleotide Data ni anglatadi. 
Solexa kompaniyasi tomonidan ishlab chiqilgan keyinchalik Illumina sotib 
olgan. 
paired-end – o‗qishlardan foydalanadi, struktur variantlarni topa oladi, 
32 juft nukleotid uzunligigacha o‗qiy oladi, nukleotid ketma-ketligida 2 ta 
farqga yo‗l qo‗yadi, lekin indellar (insertsiya + deletsiya) bilan ishlay olmaydi.
MAQ.
Geplarsiz (gep inglizcha ―gap‖ dan olingan bo‗lib, indel ya‘ni 
qo‗shimcha nukleotid yoki deletsiyani bildiradi, bo‗shliqlar ―-‖ beligi bilan 
belgilanadi) taxrirlaydi. single-end – ketma-ketliklarni o‗qishda 3 hil farqlarni 
topa oladi, paired-end – ketma-ketliklarni o‗qishda 1 farqlarga yo‗l qo‗yadi.
Statistik model asosida konsensus quradi.

---

[208] 
SHRiMP.
SHRiMP2 dasturi yuqori aniqlikka qaratilgan, polimorfizmli 
qatorlarning taxririni o‗tkazadi va sekvenirlash xatoliklarini aniqlaydi. 
Smit-Vaterman algoritmidan foydalanadi, 1 versiyasi ketma-ketliklarni 
o‗qishni, 2 versiyasi esa genomni indeksatsiya qilishda foydalaniladi, shunga 
ko‗ra katta tezlikka ega. Illumina/Solexa, Roche/454 i AB/SOLiD 
kompaniyalari tomonidan ketma-ketliklarni o‗qishda va va parallel ravishda 
hisoblash ishlarini olib borishda qo‗llaniladi.
SOAP.
single-read va pair-end fragmentlarining taxririni bajaradi va 
asosan intronlarni aniqlashda qo‗llaniladi. 2way-BWT (2BWT) indeksini 
ishlatish qobiliyatiga ega. SOAP3 versiyasi GPU bilan ishlashga 
optimallashtirilgan va maxsus GPU-2BWT indeksidan foydalanadi. 
TopHat.
RNA-seq taxrirlarini o‗qishga moslashgan, Bowtie bazasi 
asosida ishlab chiqilgan. Illumina Genome Analyzer tomonidan ishlab 
chiqilgan va boshqa dasturlar tomonidan ishlangan taxrirlar bilan ishlaydi. 75 
nukleotid qatorlarigacha bo‗lgan nukleotid qatorlarini aniqlaydi, paired va 
single-end ni aralashtirishga yo‗l qo‗ymaydi. 
Normal inson karyotipining barcha xromosomalarining ideogrammalari 
sifatidagi grafik tasviri genetik haritalardan tashqari, boshqa xromosoma 
haritalari ham ishlab chiqilgan: 
Sitogenetik harita – xromosomalarning strukturaviy elementlarini 
(masalan, idiogrammalarda ularning differentsial rangli bo‗limlarini) o‗zaro 
joylashish tartibini yoki nishonli DNK namunalarining gibridlanish lokuslarini 
(in sitida lyuminestsent gibridlanish) fazoviy tasavvuridir. 
Fizik harita – fizik belgilar (DNK molekulasining bo‗laklari) 
nukleotidlar juftligida orasidagi masofalar uzunlagini tartiblashtirish 
hisoblanadi. 
Restriktsion harita – fizik harita bo‗lib, DNKning restriktaza ta‘sirida 
hosil bo‗lgan bo‗laklari orasidagi masofa va ularning ketma-ketligi aniqlanadi. 
Bu harita markerlariga restriktsion fragmentlar kiradi- restriktsiya saytlari.

---

[209] 
Organizmlarning genomini o‗rganishning yakuniy maqsadi uning 
genetik, sitogenetik va fizikaviy haritalarini birlashtirishdir, shuningdek, 
ularning to‗liq genom ketma-ketlikligi aniqlashdan iborat. 
rasm-1 
Genetik haritani tuzishda genetik markerlar joylashishining ketma-
ketligi ma‘lum zichlikdagi barcha xromosomalarning uzunligi bo‗ylab, ya‘ni 
bir-biridan juda yaqin masofada joylashgan turli polimorf DNK lokusi va 
DNK tarkibidagi irsiy o‗zgarishlar orqali aniqlanadi.