Synthetic Biology Final Report

Synthetic Biology | References 
 
73 
Boyle  PM,  Silver  PA  (2012)  Parts  plus  pipes:  synthetic  biology  approaches  to  metabolic  engineering.  Metabolic 
engineering 14 (3):223-232. doi:10.1016/j.ymben.2011.10.003 
Brune  KD,  Bayer TS  (2012)  Engineering  microbial consortia to  enhance  biomining  and  bioremediation.  Frontiers  in 
microbiology 3:203. doi:10.3389/fmicb.2012.00203 
Cabello JV, Lodeyro AF, Zurbriggen MD (2014) Novel perspectives for the engineering of abiotic stress tolerance in 
plants. Current opinion in biotechnology 26:62-70. doi:10.1016/j.copbio.2013.09.011 
Callaway E (2013) Glowing plants spark debate. Nature 498 (7452):15-16. doi:10.1038/498015a 
Cameron DE, Bashor CJ, Collins JJ (2014) A brief history of synthetic biology. Nature reviews Microbiology 12 (5):381-
390. doi:10.1038/nrmicro3239 
CBD  (2014)  New  and  emerging  issues  relating  to  the  conservation  and  sustainable  use  of  biodiversity  -  potential 
positive  and  negative  impacts  of  components,  organisms  and  products  resulting  from  synthetic  biology 
techniques  on  the  conservation  and  sustainable  use  of  biodiversity.  Convention  on  Biological  Diversity. 
Subsidiary 
body 
on 
scientific, 
technical 
and 
technological 
advice. 
http://www.cbd.int/doc/meetings/sbstta/sbstta-18/information/sbstta-18-inf-03-en.pdf. 
Accessed 
14.07.2014  
Cello  J,  Paul  AV,  Wimmer  E  (2002)  Chemical  synthesis  of  poliovirus  cDNA:  generation  of  infectious  virus  in  the 
absence of natural template. Science 297 (5583):1016-1018. doi:10.1126/science.1072266 
Check E (2005) Synthetic biology: designs on life. Nature 438 (7067):417-418. doi:10.1038/438417a 
Colussi IA (2013) Synthetic biology, concerns and risks: looking for a (constitutionally oriented) regulatory framework 
and a system of governance for a new emerging technology. Universtity of Trento,  
Comba  S,  Arabolaza  A,  Gramajo  H  (2012)  Emerging  engineering  principles  for  yield  improvement  in  microbial  cell 
design. Computational and structural biotechnology journal 3:e201210016. doi:10.5936/csbj.201210016 
Dana  GV,  Kuiken  T,  Rejeski  D,  Snow  AA  (2012)  Synthetic  biology:  Four  steps  to  avoid  a  synthetic-biology  disaster. 
Nature 483 (7387):29. doi:10.1038/483029a 
De  Lorenzo  V  (2010)  Environmental  biosafety  in  the  age  of  synthetic  biology:  Do  we  really  need  a  radical  new 
approach? Bioessays 32:926-931 
Denton  AK,  Simon  R,  Weber  AP  (2013)  C(4)  photosynthesis:  from evolutionary  analyses  to  strategies  for  synthetic 
reconstruction of the trait. Current opinion in plant biology 16 (3):315-321. doi:10.1016/j.pbi.2013.02.013 
Douglas T, Savulescu J (2010) Synthetic biology and the ethics of knowledge. Journal of medical ethics 36 (11):687-
693. doi:10.1136/jme.2010.038232 
Dyer GA, Serratos-Hernandez JA, Perales HR, Gepts P, Pineyro-Nelson A, Chavez A, Salinas-Arreortua N, Yunez-Naude 
A,  Taylor  JE,  Alvarez-Buylla  ER  (2009)  Dispersal  of transgenes  through  maize  seed  systems  in Mexico. PloS 
one 4 (5):e5734. doi:10.1371/journal.pone.0005734 
Dymond  JS,  Richardson  SM,  Coombes  CE,  Babatz  T,  Muller  H,  Annaluru  N,  Blake  WJ,  Schwerzmann  JW,  Dai  J, 
Lindstrom DL, Boeke AC, Gottschling DE, Chandrasegaran S, Bader JS, Boeke JD (2011) Synthetic chromosome 
arms  function  in  yeast  and  generate  phenotypic  diversity  by  design.  Nature  477  (7365):471-476. 
doi:10.1038/nature10403 
EC (2001) Directive 2001/18/EC of the European Parliament and of the Council of 12 March 2001 on the deliberate 
release into the environment of genetically modified organisms and repealing Council Directive 90/220/EEC. 
Official Journal of the European Communities, vol L 106.  
EC (2003) Regulation (EC) No 1829/2003 of the European Parliament and of the Council of 22 September 2003 on 
genetically modified food and feed. Official Journal of the European Communities, vol L 268.  
EC  (2005)  Synthetic  Biology.  Applying  Engineering  to  Biology.  Report  of  a  NEST  High-Level  Expert  Group. 
http://www.synbiosafe.eu/uploads///pdf/EU-highlevel-syntheticbiology.pdf. Accessed 31.07.2014  
EC (2013) Commission Implementing Regulation (EU) No 503/2013 of 3 April 2013 on applications for authorisation 
of  genetically  modified  food  and  feed  in  accordance  with  Regulation  (EC)  No  1829/2003  of  the  European 
Parliament  and  of  the  Council  and  amending  Commission  Regulations  (EC)  No  641/2004  and  (EC)  No 
1981/2006. Official Journal of the European Union, vol L 157/1.  
EFSA (2008) Safety and nutritional assessment of GM plants and derived food and feed: the role of animal feeding 
trials. Food and Chemical Toxicology 46 Suppl 1:S2-70 
EFSA (2009) Scientific Opinion on Guidance for the risk assessment of genetically modified plants used for non-food 
or non-feed purposes. The EFSA Journal 1164:1-42 
EFSA (2010a) Guidance of the GMO Panel on the environmental risk assessment of genetically modified plants. The 
EFSA Journal 8(11):1879:1-111 

---

Synthetic Biology | References 
 
74 
EFSA  (2010b)  Scientific  opinion  of  the  GMO  Panel  on  the  assessment  of  allergenicity  of  GM  plants  and 
microorganisms and derived food and feed. The EFSA Journal 8(7):1700:1-168 
EFSA (2011) Guidance of the GMO Panel for risk assessment of food and feed from genetically modified plants. The 
EFSA Journal 9(5):2150:1-37. doi:10.2903/j.efsa.2011.2150 
Ehrhardt DW, Frommer WB (2012) New technologies for 21st century plant science. The Plant cell 24 (2):374-394. 
doi:10.1105/tpc.111.093302 
Ellis DI, Goodacre R (2012) Metabolomics-assisted synthetic biology. Current opinion in biotechnology 23 (1):22-28. 
doi:10.1016/j.copbio.2011.10.014 
Ellis  T,  Adie  T,  Baldwin  GS  (2011)  DNA  assembly  for  synthetic  biology:  from  parts  to  pathways  and  beyond. 
Integrative biology : quantitative biosciences from nano to macro 3 (2):109-118. doi:10.1039/c0ib00070a 
Ellis  T,  Wang  X,  Collins  JJ  (2009)  Diversity-based,  model-guided  construction  of  synthetic  gene  networks  with 
predicted functions. Nature biotechnology 27 (5):465-471. doi:10.1038/nbt.1536 
Esvelt KM, Wang HH (2013) Genome-scale engineering for systems and synthetic biology. Molecular systems biology 
9:641. doi:10.1038/msb.2012.66 
Facchini PJ, Bohlmann J, Covello PS, De Luca V, Mahadevan R, Page JE, Ro DK, Sensen CW, Storms R, Martin VJ (2012) 
Synthetic biosystems for the production of high-value plant metabolites. Trends in biotechnology 30 (3):127-
131. doi:10.1016/j.tibtech.2011.10.001 
Ferrin LJ, Camerini-Otero RD (1991) Selective cleavage of human DNA: RecA-assisted restriction endonuclease (RARE) 
cleavage. Science 254 (5037):1494-1497 
Fesenko  E,  Edwards  R  (2014)  Plant  synthetic  biology:  a  new  platform  for  industrial  biotechnology.  Journal  of 
experimental botany 65 (8):1927-1937. doi:10.1093/jxb/eru070 
Filipovska  A,  Rackham  O  (2013)  Specialization  from  synthesis:  how  ribosome  diversity  can  customize  protein 
function. FEBS letters 587 (8):1189-1197. doi:10.1016/j.febslet.2013.02.032 
Fleming  DO  (2006)  Risk  Assessment  of  Synthetic  Genomics:  A  Biosafety  and  Biosecurity  Perspective.  In  Working 
Papers  for  Synthetic  Genomics:  Risks  and  Benefits  for  Science  and  Society.  105-164.  Available  at: 
http://www.jcvi.org/cms/fileadmin/site/research/projects/synthetic-genomics-report/Commissioned-
Papers-Synthetic-Genomics-Governance.pdf.  
Forster  AC,  Church  GM  (2006)  Towards  synthesis  of  a  minimal  cell.  Molecular  systems  biology  2:45. 
doi:10.1038/msb4100090 
French C, Mora K, Joshi N, Elfick A, Haseloff J, Ajioka J (2011) Synthetic biology and the art of biosensor design. In: 
Threats IoMUFoM (ed) The Science and Applications of Synthetic and Systems Biology: Workshop Summary. . 
National Academics Press, Washington DC,  
Gardner  TS,  Cantor  CR,  Collins  JJ  (2000)  Construction  of  a  genetic  toggle  switch  in  Escherichia  coli.  Nature  403 
(6767):339-342. doi:10.1038/35002131 
Garfinkel  MS,  Friedman  RM  (2010)  Synthetic  biology  and  synthetic  genomics.  In  Future  of  International 
Environmental Law, edited by David Leary and Balakrishna Pisupati, New York: UNU Press, 269-291.  
Garrett L (2011) The Bioterrorist Next Door: Man-made killer bird fle is here. Can – should – governments try to stop 
it? 
Foreign 
Policy. 
Available 
at 
http://www.foreignpolicy.com/articles/2011/12/14/the_bioterrorist_next_door, .  
Georgianna  DR,  Mayfield  SP  (2012)  Exploiting  diversity  and  synthetic  biology  for  the  production  of  algal  biofuels. 
Nature 488 (7411):329-335. doi:10.1038/nature11479 
Gibson  DG,  Benders  GA,  Andrews-Pfannkoch  C,  Denisova  EA,  Baden-Tillson  H,  Zaveri  J,  Stockwell  TB,  Brownley  A, 
Thomas DW, Algire MA, Merryman C, Young L, Noskov VN, Glass JI, Venter JC, Hutchison CA, 3rd, Smith HO 
(2008)  Complete  chemical  synthesis,  assembly,  and  cloning  of  a  Mycoplasma  genitalium  genome.  Science 
319 (5867):1215-1220. doi:10.1126/science.1151721 
Gibson DG, Glass JI, Lartigue C, Noskov VN, Chuang RY, Algire MA, Benders GA, Montague MG, Ma L, Moodie MM, 
Merryman C, Vashee S, Krishnakumar R, Assad-Garcia N, Andrews-Pfannkoch C, Denisova EA, Young L, Qi ZQ, 
Segall-Shapiro  TH,  Calvey  CH,  Parmar  PP,  Hutchison  CA,  3rd,  Smith  HO,  Venter  JC  (2010)  Creation  of  a 
bacterial  cell  controlled  by  a  chemically  synthesized  genome.  Science  329  (5987):52-56. 
doi:10.1126/science.1190719 
Gibson  DG,  Young  L,  Chuang  RY,  Venter  JC,  Hutchison  CA,  3rd,  Smith  HO  (2009)  Enzymatic  assembly  of  DNA 
molecules up to several hundred kilobases. Nature methods 6 (5):343-345. doi:10.1038/nmeth.1318 
Giuliano  G  (2014)  Plant  carotenoids:  genomics  meets  multi-gene  engineering.  Current  opinion  in  plant  biology 
19C:111-117. doi:10.1016/j.pbi.2014.05.006 

---